重大水利基金按下列原則籌集和分配:
(一)三峽工程建設基金向重大水利基金平穩過渡,保持三峽工程建設基金現行徵收政策基本不變;
(二)南水北調和三峽工程直接受益省份籌集的重大水利基金,專項用於南水北調工程建設和三峽工程後續工作;
(三)南水北調和三峽工程非直接受益省份籌集的重大水利基金,留給所在省份用於本地重大水利工程建設。
原“三峽水利建設基金”
相關資料顯示,1992年,全國人大通過興建三峽工程議案後,國務院決定全國(西藏、貧困地區的農業排灌用電、縣及縣以下的孤立電網除外)用電加價0.3分錢/千瓦時,與葛洲壩電廠上交的利潤一併作為三峽工程建設基金,專項用於三峽工程建設。1994年,三峽工程建設基金按照每千瓦時0.4分錢的標準徵收。1996年2月1日起,在三峽工程直接受益地區和經濟發達地區的十六個省、直轄市每千瓦時提高到0.7分錢。
2009年12月31日,財政部印發《國家重大水利工程建設基金徵收使用管理暫行辦法》。該辦法稱,2010年1月1日起,三峽工程建設基金停止徵收,但為其籌資的電價附加不取消,繼續以新設立的國家重大水利工程建設基金(以下簡稱重大水利基金)的名義徵收。