撥付程式
國債專項資金撥款按現行基本建設預算內資金的撥付程式撥付，轉貸地方的國債資金，按財政部《國債轉貸地方政府管理辦法》的規定撥付。具體程式是：
（一）省級財政總預算在國有商業銀行開立一個轉貸資金專戶。財政部根據轉貸協定和下達的轉貸計畫，將轉貸資金分批撥付到各省開設的轉貸資金專戶。
（二）省級財政部門根據財政部下達的轉貸資金使用計畫，將轉貸資金及時、足額撥付到項目實施單位、項目主管部門或下級財政部門。
（三）項目主管部門和下級財政部門要及時將收到的國債轉貸資金撥付到建設單位。
挪用國債專項資金
所謂挪用國債專項資金，是指違反國家關於國債專項資金“專款專用”的有關規定，沒有將國債專項資金用於已經確定的項目，擅自改變國債專項資金的使用方向和用途，將國債專項資金用於其他方面支出的行為。挪用的情況一般有兩種：一種是政府挪用。在資金未下達項目單位之前，將資金用於項目建設以外的事項。有的是用來發工資、獎金，有的是用來搞別的項目。另一種是建設單位挪用，主要是用來搞項目之外的固定資產購置和其他項目建設。
根據國務院確定的國債專項資金使用原則和方向及財政部有關制度，國債專項資金實行“專款專用”。國債專項資金的使用必須按照國家計委下達的國債專項資金投資計畫和財政部下達的基本建設支出預算及國債轉貸資金使用計畫進行。但是，為了充分發揮國債資金的使用效益，財政部也規定，各級政府在國債轉貸資金使用中，可根據實際情況，經過財政部批准後，對國債資金在國債項目之間調劑。這種情況不視為挪用。
滯留國債專項資金
所謂滯留國債專項資金，是指有關財政部門和項目主管部門違反國債資金管理的有關規定，沒有按時足額將應撥付的國債專項資金撥付到項目建設單位。
保證國債資金及時足額到位是保證積極財政政策發揮作用的重要前提，如果國債專項資金不能及時足額到位，不能發揮應有的作用，就失去了其應有的意義。為此，財政部明確規定，各級財政部門和項目主管部門不得滯留資金。但是，基本建設資金的撥付，還有其特殊的要求，還要按基本建設程式、項目工程進度撥款，國債項目資金還要求按配套資金的到位情況同比例撥付。凡是不符合基本建設程式的，工程沒有達到應有進度的，配套資金到位情況不好的，財政部門有權停撥或緩撥資金。因此，對資金撥付情況的檢查，要與項目的前期準備情況、工程進展情況、配套資金到位情況聯繫起來綜合考察，不能簡單地看財政賬戶資金的滯留時間和數量。關鍵要看項目前期準備的各種材料和建設單位是否有滯留的資金。
