因素
(1)債券的供給和需求。當證券公司持有大量的債券，它就會通過債券回購來融通資金，證券公司為了吸引投資者，會提高回購協定利率；相反當證券公司債券較少時，回購協定利率下降。
(2)金融條件。緊的貨幣政策引起對資金的需求增加，證券回購協定供給增加，利率上升；松的貨幣政策，證券回購協定減少，利率下降。
(3)同業拆借利率、貼現利率的水平和變動趨勢影響回購協定的利率。回購協定和中央銀行的基準利率直接聯繫，中央銀行調整同業拆借利率和貼現率，由於套利會間接影響回購協定利率，如果回購協定利率在同業拆借利率和貼現率之上，資金將投向回購協定市場，這樣回購協定利率將下降。
(4)在開放經濟的條件下還受國外經濟條件的影響，外國利率和匯率的變化會直接影響到本國市場的回購協定，如果本國的回購協定利率高於國外短期利率，國外短期資金會投向回購市場，這主要由外國利率和外匯掉期成本來決定。
(5)季節性因素的影響，由於某些月份資金需求量大，回購協定的供給增加，利率上升。
(6)套取利差，使回購協定的利率和其他短期利率互動，如果CD和CP利率上升，則CD和CP的回購市場利率上升，對債券的回購協定需求減少，則資金流向CD和CP的回購市場。
(7)新的金融工具的不斷出現和與之競爭也直接影響回購協定的利率。
關係
在期限相同時，回購協定利率與其他貨幣市場利率呈現以下關係：
國庫券利率 < 回購協定利率 <銀行承兌匯票利率 < 可轉讓定期存單利率 <同業拆借利率
