合金彈頭X與2代的不同之處
遊戲的音樂進行了些許混音，與2代有少許不同。
所有背景語音都經過了重新錄製。
角色吃大量食物變胖不再僅僅局限於第四關，而是從第三關開始每關均可以變胖，變胖加入動畫效果。
雖然背景全部來源與2代，但色調都進行了修改，有的場景的時間段也被改變，如第一關由正午變為凌晨。
關卡的所有敵人、物件等全部作了修改，除了BOSS外與2代完全不同。（第一關甚至更換了BOSS）
由於本作使用了GIGA POWER的強化MVS基板，2代中有大量敵人出現時發生的拖慢現象得到改善。
本作首次實現了一個關卡同時出現兩個載具。
計分系統在2代上做了改變，擊打所有無限制出現並可以攻擊的元素（第一關飛彈車的飛彈，第四關BOSS戰的石頭、房子等）將不再得分。
新要素
新武器
C-Enemy Chaser：帶有精確追蹤功能的飛彈，命中率遠在火箭筒R之上。初始彈藥40發。
I-Iron Lizard：鐵蜥蜴，外形非常卡通化的武器，樣子像是帶有兩隻眼睛和四個輪子的飛彈，發射後貼著地面快速移動，遇到阻礙即爆炸。初始彈藥30發。
D-Drop shot：彈球炸彈，發射後落地會反彈跳起，遇到阻礙或反彈三次後爆炸。初始彈藥30發。
G-Super Grenade：超級榴彈，彈道呈直線的槍榴彈，射速很快，遇阻即爆。初始彈藥20發
強化槍械：前作中出現的幾種武器H、R、S、F、L的加強版，裝備箱上的字母會不停跳動，其強化效果為H、R的子彈變大；S、F的射程變遠；L的光束變粗。
石頭：新增副武器，效果與手榴彈相同但不會爆炸。
新載具
Metal Slug Type-R：金色的Metal Slug，移動速度、跳躍力均在普通型之上。保留至關底有更高的30萬加分。
另外Camel Slug的機炮發生了改變，威力變得更大，且保留至關底也有30萬加分。第五關的Slug Noid的副武器由普通炮彈變成了燃燒彈。
新敵人
木乃伊犬：狗形的木乃伊，吐出的紫色毒煙圈比人形木乃伊攻擊範圍更廣。
綠木乃伊：吐出的不是毒煙而是毒飛蟲的木乃伊。
白色火星人：火星人中比黑色精銳部隊更強的部隊，耐久力更強且子彈發射速度更快。
遊戲流程
遊戲背景雖然與2代相同，但敵人等幾乎全部進行了重新設定，所以X和2代基本上可以算是兩個不同的遊戲。
