故事情節
在前次大戰發生的2年之後，失蹤的莫丁將軍帶著新的部隊捲土重來。在前次大戰中拯救世界的“游隼”部隊成員馬可·羅斯少校（前作為中尉）和塔爾瑪· 洛文上尉（前作為少尉）為此再度出擊。而這次，他們擁有了兩名新夥伴：來自“游隼”的支援部隊“麻雀”的女性士官笠本英里中士和菲歐·傑爾米上士。而在戰鬥過程中，暗藏在莫丁背後的一個更大的敵人也漸漸浮出水面……
新要素
新角色與角色選擇
遊戲新增了兩位新角色，玩家可以在遊戲開始前自由選擇使用的人物而不是像前作般1P和2P分別固定使用馬可和塔爾瑪。
除兩位女性角色的跳躍能力比男主角略高，滯空時間稍久外，四名主人公在實際遊戲過程中並沒有多少能力差異。
變異
在第二關角色被木乃伊噴出的毒煙攻擊時自己也會變成木乃伊，此時人物行動會變得遲緩並只能使用手槍和手榴彈，並且投擲手榴彈的時間也會變長。在木乃伊狀態下得到強化武器都會變成加1000分的寶物。特殊道具“聖水”可以解除此狀態。
在第四關會出現很多食物（加分寶物），大量獲得后角色會變成胖子。此時人物的行動會變慢但攻擊將得到強化，而武器也會變得非常搞笑。如近身攻擊由匕首變為叉子和皮鞭；手榴彈外形變成喜劇化的黑色球形炸彈；同時主武器的子彈也會變大。特殊道具“減肥藥”可解除此狀態。
新武器
L-Laser：雷射槍，新增的槍械，發射傷害力較大的光束，加分非常快，是撈分的好武器。初始彈藥200發。
燃燒瓶：新增的副武器，擲出後落地即爆炸，產生大面積的火焰攻擊。
穿甲彈：載具的副武器，彈道呈直線，對敵方裝甲單位產生更大的傷害。
新載具
Camel Slug：裝備12.6mm火神炮的駱駝，無裝甲，副武器為角色的手榴彈，只在第一關出現。
SlugNoid：跳躍力強但左右行動遲緩的步行機甲，兩臂分別為兩挺12.6mm火神炮，另外裝有向下發射的127mm加農炮，若遭受攻擊會先後失去兩臂的機炮，第二關出現。
Fly Slug：裝備12.6mm火神炮和飛彈的小型垂直起落戰鬥機，火神炮的射程範圍只限前方45度範圍，機翼上還可以讓另一位玩家站立，第三關出現。
新敵人
阿拉伯兵：第一關出現，投擲彎刀攻擊主角。
阿拉伯大刀兵：第一、二關出現，沖向主角用大砍刀攻擊，出刀速度極快。
木乃伊：第二關出現，有普通的噴紫色毒煙木乃伊和吐出毒物滾雷的白色木乃伊，使用霰彈槍S或火焰槍F能夠對其造成強力傷害。
生化自爆人：第五關出現，用手腳在牆壁和地面爬行的生化人，出現後體色漸漸變紅並自爆。
火星人：第六關出現，章魚般的外形相信是來自於赫伯特•喬治•威爾斯的科幻小說《世界大戰》的發想，灰色的為一般型，發射黃色的泡泡狀子彈；黑色的為精銳部隊，有的會發射出速度更快的藍色子彈。後來在SVC Chaos: SNK VS. CAPCOM和NEO GEO Battlecoliseum中此角色作為隱藏人物出場。
更豐富的角色動作
在2代中，讓主角站立不動一段時間時，主角會做出一些比1代更加豐富的動作，如男主角會站在原地打瞌睡，笠本英里會嚼泡泡糖等，若是在寒冷或炎熱的場景下，主角還會做出發抖或擦汗的動作。
而在某些地方，近身攻擊也不再僅僅限於使用匕首。兩位女主角的近身武器是手斧和丁字拐。在一些特定場合，男主角的站立近身攻擊變為用腳踢，下蹲時則是從背包中彈出拳擊手套；笠本英里使用空手道攻擊，而菲歐是用雙手推敵人。
新型俘虜
2代中的人質除了傳統的提供給玩家道具的俘虜外，還出現了可以協助玩家作戰的人質“一文字百太郎”。其外形和普通俘虜一樣，但會使用“波動拳”協助玩家作戰。如能保留至關底其給予的獎勵分數將比普通俘虜略高。
另外在第二、五關以及第三關關底可以看到一個背著背包的女孩“相川留美”，打破她的背包會漏出一些道具，若在她跑掉之前撞倒她，她也會再提供一個道具。在關底計分時也將作為一個特殊俘虜進行額外加分。但需要注意的是若遲遲不將其撞倒，她會留下一個道具後跑開，這種情況下在關底是得不到額外分數的。
改良的操作
SNK接手後對遊戲的操作進行了一些改良，2代的操作手感和1代比大大改善，這種改善尤其體現在跳躍和使用重機槍H進行90度掃射上，後來的續作均延續了這一代的良好手感。
遊戲流程
和前作一樣，合金彈頭2也有6關，在最後莫丁被外星人所擒後，原本的敵人將會協助我方作戰。
登場人物
我方
馬爾克•羅西少校（Marco Rossi）
笠本•英里中士（Eri Kasamoto）
塔爾瑪•洛文上尉（Tarma Roving III）
菲歐•傑爾米上士（Fio Germi）
一文字百太郎（Hyakutaro Ichimonji）
相川留美（Rumi Aikawa）
敵方
唐納德•莫丹（Donald Morden）
艾倫•奧尼爾（Allen O'Neill）
火星人 （Mars People）
小知識
最終BOSS為一覆蓋滿屏上方的大型UFO，此時背景上還能看到地球人的戰鬥機和外星人的小UFO進行空戰。這個場景相信是對美國電影《獨立日》的戲仿。
第四關BOSS為一巨型陸上戰艦，相同概念的兵器在機動戰士V高達中出現過。而其外形也與宇宙戰艦大和號頗為相像。
在英文版中再次出現了“SNKglish”：玩法介紹畫面中的“advisory”被錯拼成了“advisoly”。
