清朝時期
開啟台灣鳥類學大門的是 英國駐打狗史第一任領事溫侯於1856年在廈門領事館擔任翻譯官任內，
以私人身份乘民船登入新竹並進行了為期兩周的旅行，被認為是台灣歷史上第一次有學術意義的鳥類考察。1858年史溫侯隨英國軍艦不屈號前往台灣搜尋兩名失蹤的英國人，並利用職務之便，進行一次寰島考察並將此次記錄為《福爾摩莎紀行》，發表於皇家亞洲學會的學術會議上，這份報告被視為台灣鳥類學最早的一份學術報告。1863年史溫侯在英國著名鳥類學期刊Ibis上發表了具有劃時代意義的《福爾摩莎鳥類學》，這篇論文報導了台灣島內歷次考察記錄到的187個鳥類物種。其中15個鳥種是從未報導過的新物種，這還包括了朱鸝、藍鷳、台灣藍鵲等台灣特有鳥種。這篇重要論文奠定了史溫侯作為台灣鳥類學研究開山鼻祖的地位。
由於清政府出於安全考量，限制外國人進入台灣內陸，使史溫侯對台灣鳥類的考察局限於平原地區，對於中央山脈以及周邊山區從未涉足，這也使他錯過了分布於高海拔的許多獨特鳥種。
與史溫侯同時期的還有一名美國博物學家和海軍軍官在台灣進行鳥類學調查，他們幾乎與史溫侯同時甚至更早在台灣及附屬島嶼進行鳥類學調查，有科學史研究者指出，美國海軍軍官洛吉在1862年就提交了論文《美國在北太平洋調查探險的鳥類目錄》，其中收錄了台灣的163個鳥種，這一記錄早於史溫侯的《福爾摩莎鳥學》。
史溫侯離開台灣後，對台灣的鳥類學研究重新陷入沉寂，進入台灣島內進行考察的西方人很少，而台灣的鳥類學研究局限於對史溫侯等人採集的標本和考察記錄的研究，這種狀況持續到英國鳥類學家拉圖雪1893年在台南開始的鳥類調查。拉圖雪是繼史溫侯之後第二位在台灣進行深入研究的鳥類學家。他作為海關官員在中國居住30餘年，先後三次赴台灣進行考察，出版了《華東鳥類手冊》、《福爾摩莎鳥相》等專著。拉圖雪的貢獻包括，在台南和高雄詳細記錄了鳥類分布狀況和鳥相，在鵝鑾鼻發現了短尾信天翁的繁殖地、詳細調查了淡水的鳥相、發現蘭嶼的獨特鳥相等。
1906年，英國鳥類學家古費洛來到台灣進行考察，並進入玉山地區。考察中在原住民頭上無意發現了未曾見過之兩片漂亮的雉類長尾羽裝飾，他將這兩片尾羽回英國。這兩片尾羽被認定為一個新物種——帝雉。帝雉是台灣鳥類學史上最著名的鳥種之一，它的發現也標誌著由英美人主導的清治時期台灣鳥類學研究的高潮。
這一時期在台灣進行鳥類學研究的人士，主要是來自英國、法國、美國等歐美國家的外交官、商人、軍人和傳教士。在進行鳥類研究的同時還身兼博物學家之職務，對台灣的哺乳動物、兩棲動物、爬行動物、昆蟲以及植物甚至台灣島內土著居民進行全方位的考察。這一時期是台灣鳥類學研究的大發現時代。絕大多數台灣鳥種以及幾乎所有台灣特有鳥種都是在這個時期發現的。隨著1895年《中日馬關條約》的簽訂，台灣成為日本領土，政治的變換也對科學研究產生影響，從1900年代中期，台灣的鳥類學研究進入了一個新的階段。
日占時期
日本的鳥類學研究與中國本土和台灣的鳥類學研究幾乎開始於同一個起點，在台灣鳥類學史上扮演了重要角色的史溫侯等人，同樣也是日本鳥類學研究的開山鼻祖，然而明治維新之後，日本的鳥類學走上了一條完全不同的道路。從1890年代之後，當中國的鳥類學還停留在“西方人研究東方鳥的時代”時，一些日本本土的鳥類學家開始在鳥類學界嶄露頭角。隨著日本帝國政治和軍事影響力的擴張，日本鳥類學家不僅活躍於日本列島，還紛紛前往東南亞和西太平洋諸島嶼進行考察。1895年台灣被清政府割讓與日本之後，日本的鳥類學家陸續前往台灣，難以計數的鳥類標本和調查數據從台灣運回日本本土。黑田長禮、蜂須賀正氏、山階磨芳等著名鳥類學者都對台灣的鳥類學研究作出了傑出的貢獻。
日本鳥類學家對台灣鳥類的研究開始於1896年，受聘於東京帝國大學的多田綱輔對台北、台東、澎湖、蘭嶼等地方進行了考察，發表了論文《帝國新領台灣動物匯報》初步論述了台灣鳥類的狀況。這一時期日本鳥類學者對台灣鳥類的研究尚屬膚淺，沒有較早期研究更出色的報導出現。
台灣鳥類學研究真正進入日治時期是在日本獲得台灣15年之後的1910年代，這一時期兩位著名日本鳥類學家內田清之助和黑田長禮在台灣進行了深入的研究。
1912年，內田清之助列出一張台灣鳥類名錄，收錄了290種鳥類，次年又更新了這份名錄，增加了古費洛等人發現的10個新記錄。1915年，內田編纂的《日本鳥類圖鑑》出版，這部書的第三卷是台灣、朝鮮與滿洲的鳥類。《日本鳥類圖鑑》在出版之後相當長的一段時間內成為研究東亞鳥類的重要文獻。
黑田長禮在台灣鳥類學史上有非常重要的地位，他在1916年對台灣各處的鳥類進行考察，鑑定了台南和台北兩處博物館收藏的鳥類標本，發表了專著《台灣島的鳥界》，書中還包括綠島、蘭嶼等離島的情況，黑田還對帝雉的分布與繁殖進行過研究，並對台灣的動物地理分區進行研究。
1930年代，台灣的鳥類學研究進入日治時期的高潮，崛川安市、鹿野忠雄、風野鐵吉等鳥類學家都長期在台灣從事野外研究和探險調查。在這一時期，台灣鳥類學研究的重心開始從本島向離島轉移，作為日本帝國最南陲的蘭嶼成為研究熱點。
太平洋戰爭爆發後，日本學者在台灣的鳥類學研究開始沒落，山階芳磨是這一時期最重要的學者之一，他在台灣進行的鳥類繁殖行為以及鳥卵的研究達到了很高的水準，其中相當多的研究即便在今日也有重要的學術價值。1943年，蜂須賀正氏發表了《南支那鳥學史》其中開列了台灣的鳥種，這是日本學者最後一次在台灣發表本地的鳥學報告。1945年日本戰敗，撤出台灣，日本鳥類學家也隨之離開台灣，1950年蜂須賀正氏、賀宇田川龍男發表了介紹二戰之前台灣鳥類學研究的論文《台灣鳥學研究》標誌著台灣鳥類學史的日治時期結束。
日治時期是台灣鳥類學研究最活躍的一個時期，期間發表了一百五十餘篇重要文獻，對於一些台灣特有鳥種進行了深入細緻的研究，對於台灣鳥類的生態分布提出了初步見解，持續記錄了台灣本島以及離島的鳥相。相對於清治時期的研究，雖然日治時期不再有新物種的發現，但是研究的深入和廣泛程度前者則是完全無法與後者相提並論的。
日治時期的鳥類學研究有著深刻的政治烙印。很多研究成果明顯的受到政治因素的影響，如著名學者蜂須賀正氏提出並受到廣泛接受的理論，認為所有台灣鳥類的固有亞種均來自日本，就明顯受到政治因素的影響。另外，由於日本在台灣推行的殖民教育政策不孤立台灣人進入基礎研究領域，造成在台灣進行鳥類學研究的沒有本土學者，隨著日本戰敗，日籍鳥類學家離台，造成台灣鳥類學人才的真空，為國民政府初期鳥類學研究的沉寂埋下伏筆。
國民政府時期
台灣鳥類學史1945年日本戰敗，中華民國政府光復台灣，在台的日本人，包括日籍鳥類學家，均返回日本，台灣的鳥類學研究又隨著政治的變動進入一個新的時代。在日治時期，台灣人不能學習基礎科學，從事鳥類學研究的台籍學者非常稀有，而中國的鳥類學研究在1940年代遠不如日本之系統和深入，人才的匱乏使台灣的鳥類學研究進入一個為期20年有餘的沉寂期。從1945年到1970年代中期，除了日籍學者在日本發表的一些關於台灣的鳥類學研究外，幾乎沒有其他研究問世。從1960年代開始，台灣的鳥類學研究開始復甦。1964年美軍為研究遷徙性動物攜帶病原體的狀況啟動“東南亞遷徙性動物病理學調查計畫”台灣作為計畫的一部分開始進行鳥類環志工作。1970年，東海大學美籍教授歐保羅等人在英文中國郵報上發表了介紹性文章《台灣鳥類指南》。之後東海大學與觀光局開始在島內推廣觀鳥活動，這使許多業餘人士加入鳥類調查和鳥類學研究的領域，台灣的鳥類學研究逐漸復甦。1973年台北賞鳥會成立，開始有組織地進行一些鳥類觀測活動，1984年正式註冊為台北市野鳥學會，1988年中華民國野鳥學會註冊成立。嗣後台灣各縣市紛紛成立鳥會，鳥會也成為協調和組織業餘觀鳥者進行鳥類學研究的重要機構，一些規模較大的鳥會本身甚至直接承擔多項研究課題。
在民間觀鳥活動盛行的同時，台灣的鳥類學界也在1970年代之後逐漸恢復活力，這一時期的鳥類學研究立足於此前兩個時期研究的基礎之上，對特定鳥種進行細緻深入的研究，產生了很多優秀的研究成果。如中央研究院研究員劉小如對蘭嶼角鴞的研究，歷時近20年，充分調查了蘭嶼角鴞的繁殖、分布、種群數量、行為特徵等信息，使蘭嶼角鴞成為迄今為止人類了解最充分的鳥類之一。
業餘觀鳥者參與研究是這一時期的台灣鳥類學研究的特點，在經歷了最初的沉寂和人才匱乏之後，又迎來了前所未有的鳥類學研究的全民參與時期，觀鳥者的足跡遍及全島，他們廣泛而充分的參與極大地擴展了基礎數據的來源，為專業人士的研究提 供了豐富的資料，使台灣鳥類學研究呈現空前的繁榮景象。
