歷史
台灣基督長老教會的會徽，名稱以白話字書寫台灣基督長老教會最先是1865年6月16日由蘇格蘭的馬雅各醫生（James Laidlaw Maxwell）代表英國長老會在台南開設醫院開始；台灣北部的傳教工作則是加拿大長老會的牧師馬偕博士（George Leslie Mackay）在1872年3月7日從淡水開始。馬偕在台傳教29年，拔了四萬顆牙齒，建立60所教堂，並創立牛津學堂（今天的台灣神學院、真理大學前身）。
1951年3月7日，南部的英國長老教會和北部的加拿大長老教會，因為神學立場及母會淵源鏇即於二次大戰結束合併成立“台灣基督長老教會”。1971年12月29日，台灣基督長老教會發表《台灣基督長老教會對國是的聲明及建議》一文，建議政府全面改選中央民意代表。1973年3月20日，海外牧師黃彰輝、黃武東、及林宗義醫師在美國發起“台灣基督徒自決運動”。1975年1月，泰雅族語《聖經》及台語《聖經》遭國民黨情治人員沒收。1977年8月16日，台灣基督長老教會發表《人權宣言》，籲請政府“使台灣成為一個新而獨立的國家”。此為當時台灣地區首度以團體形式公開發出台灣獨立聲音。之後，引發一小群北部教會領導人士反對通過接納〈人權宣言〉為總會檔案，並於當年北部大會議場中熱烈爭辯。直到第25屆總會通常年會，以235票贊成、49票反對及10票棄權，才通過接納〈人權宣言〉為總會檔案。
組織
在制度上，長老教會有一個總會（General Assembly）和一個因歷史因素存留至今的大會（synod，稱為北部大會）；而遍布全島的中會（presbyteries）直接由總會管轄。目前共有22箇中會，包含11個平地中會、15個原住民（少數民族）中會/區會（規模不到中會），以及1個以客家族群為主體的中會。依據2006年的教勢統計，目前全台共有1193間教會（包含950間堂會、243間支會），信徒總人數高達22萬5千餘人，主日聚會人數約10萬餘人，為台灣最大的基督教宗派。
社會公益事業
長老教會注重教育，在南部創辦長榮大學、長榮中學、長榮女中，在北部辦淡江中學、真理大學、馬偕醫護管理專科學校、馬偕醫學院 及聖經學院 。同時分別在南、北、東部設立台南神學院、台灣神學院、玉山神學院。
除注重教育外，長老會在台灣尚有行醫傳教的傳統。北部教會開拓者馬偕以替人拔蛀牙作為傳教手段，後來並在淡水開設偕醫館（即今之馬偕紀念醫院），南部教會開拓者馬雅各本身即是醫師，除傳教外並在台南開設醫館，亦即後來的新樓醫院，中部地區也有彰化基督教醫院進行醫療服務工作。
媒體宣教部份，台灣基督長老教會轄下的台灣教會公報社於西元1885年發行了全台灣第一份報紙，時至今日，該社的兩大代表出版品-每周發行的台灣教會公報及耕心周刊皆為台灣教會界重要的刊物。近期開播的新眼光電視台，除了服務國內外的基督徒之外，並以全體國民為關心對象，長老教會期許這個電視台不只是長老教會的電視台，希望成為一個公益關懷與生活藝文的電視台。
與政府的關係
台灣的“華語教會”是隨國民政府來台，與國民政府比較沒有衝突；但“台語教會”因較早在台發展，會眾受到國民政府在台灣的統治行為衝擊較大，所以許多會眾對於國民政府觀感不佳，並延續到今日的國民黨。
在台灣，從日治時期到國民政府時期，均有打壓當地原有語言的統治方針，但台灣基督長老教會有使用台語傳教的傳統。同時，長老教會於日治時期到國民黨戒嚴時期也有爭取人權和民主的傳統，加上發表具台灣人意識的《人權宣言》也曾經與國民政府產生衝突。因而在政治實務上支持台灣本土意識強烈的政黨及其候選人。
