發生重度污染的反滲透膜元件，需要採用離線清洗的手段來進行處理。常用的離線清洗手段是採用專用的離線清洗設備和專用或常見的清洗劑對膜元件進行處理，同時在清洗前後用專用的反滲透膜元件性能測試設備對膜元件的性能進行檢測，根據檢測結果確定清洗手段和判斷清洗是否合格。
反滲透離線清洗的條件
（1）反滲透膜元件污染符合“重度污染”標準；
（2）反滲透系統通過線上清洗不能夠達到系統額定標準的；
（3）水處理系統由於供水緊張而不能夠進行線上清洗或沒有線上清洗設備的；
（4）反滲透污染類型較為複雜，通過線上清洗容易引起交叉污染的；（反滲透系統前段污染物可能會通過線上清洗被帶入系統後段，而使後段膜元件遭受污染的稱為交叉污染）
反滲透膜離線清洗的步驟
1 首先用性能優良的備用膜元件替換反滲透系統上的待清洗膜元件，以保證反滲透系統不停止運行，保證整個生產工藝的持續穩定。
2 反滲透膜元件性能測試：
對每一支膜元件單獨測試其各項性能指標，包括：脫鹽率、產水量、壓差、重量等，並作好測試前記錄
脫鹽率、產水量和壓差測試條件：符合不同類型膜廠商提供的標準。
3 系統清洗前了解系統目前運行狀況；
4 採集運行反滲透系統的各參數指標，作好原始記錄；
5 根據用戶原水全分析報告、性能測試結果及所了解的系統信息判斷清洗流程；
6 污染物的鑑定。首先根據3.5的分析結果初步判定，再通過特殊的設備、器具作進一步的驗證，以確定具體污染物類型。
7 根據5、6的分析結果，確定所需清洗配方。當RO膜上的污染物確定後，我們可以選擇膜製造商提供的系列配方，選擇較為合適的一種或兩種配方；或者選擇特殊配方（當RO膜被特殊的污染物污染時，採用普通的配方效果欠佳，或者從經濟性角度比較時，特殊配方較為經濟）。目前，國內外有許多反滲透膜元件清洗的專用藥劑，如開元恆業的KY410膜專用清洗劑、KY420膜專用清洗劑和殺菌劑，根據筆者的經驗，使用效果良好，且同傳統藥劑比較，經濟性也不錯。
8 在反滲透專用清洗設備上用以上清洗劑結合物理處理清洗手段進行試驗性清洗，以選擇恰當的清洗配方和清洗程式；
9 確定清洗方法，對以上所有膜元件進行處理；
10 對清洗後的膜元件進入測試平台進行測試並作記錄，不符合要求的將重新送入清洗設備進行處理；
11 整理清洗數據資料，寫出清洗總結報告。
示例：
登封某電廠水處理兩套反滲透裝置（BW30-400膜元件）最初設計能力為2×45噸/小時，採用一級兩段處理，6：3排列，該系統從2004年2月投運，最初的系統進口壓力為11.6kgf/cm2,系統產水量為45噸/小時。後因結垢問題，進行了第一次線上清洗，由於清洗強度激清洗劑選擇失當，脫鹽率下降了1個百分點；後產水量再次下降後，再次進行線上清洗已沒有效果。
鑒於線上清洗對於恢復系統產水量已經沒有效果，且當時鍋爐系統正在進行吹管，供水量很大。考慮以上因素，最終選擇了離線清洗方式，由備用膜元件替代現有系統中的膜元件，不僅解決了燃眉之急，同時也給被污染反滲透膜的清洗爭取了時間。
清洗效果如下：
表1 清洗前的運行參數
| 項目 | 進水壓力/MPa | 產水量/m3/h | 脫鹽率/% | 濃水量/ m3/h |
| #1反滲透 | 1.48 | 33 | 97.1 | 15 |
| #2反滲透 | 1.45 | 26 | 97．2 | 15 |
表2 清洗後的運行參數
| 項目 | 進水壓力/MPa | 產水量/m3/h | 脫鹽率/% | 濃水量/ m3/h |
| #1反滲透 | 1.16 | 45 | 97.6 | 15 |
| #2反滲透 | 1.07 | 45 | 97．2 | 15 |
