早期伊斯蘭教傳播
印尼在室利佛逝王國和滿者伯夷王國(1293～1478)統治時，居民大多信奉印度教和佛教。11世紀初，大批阿拉伯、印度的商人由海路到蘇門答臘的一些地區，同當地居民通婚定居下來，並在巴賽，亞齊、霹靂等地建立穆斯林商業城邦。一般根據史籍記載認為，伊斯蘭教於13世紀通過印度古吉拉特的穆斯林商人首先傳入蘇門答臘北部，後傳至馬六甲、爪哇等地。13世紀後期，須文達刺一巴賽建立伊斯蘭教王國，成為向東南亞傳播伊斯蘭教的中心。據考古發現，於1297年去世的須文達刺一巴賽第一個國王的墓碑上刻有伊斯蘭教曆635年和教名“素丹·馬立克·沙”。馬歡在《瀛涯勝覽》中記述了蘇門答臘等地的見聞，稱其“國王國人皆為回回人”。13世紀末，伊斯蘭教由蘇門答臘的印度和阿拉伯穆斯林商人開始傳入爪哇北部沿海地區，並和當地居民通婚，使爪哇的穆斯林人數劇增。在須文達刺一巴賽王國的印度、阿拉伯的蘇菲派傳教師到爪哇傳教，興建清真寺和學校，教授念誦《 古蘭經》，其中著名的伊斯蘭傳教師有蘇南·馬立克·易卜拉欣(?～1419)等9人，被尊為“九大吾里”，他們對伊斯蘭教的傳播起了很大作用。
伊斯蘭教加速傳播
15世紀信奉佛教的滿者伯夷王國衰落，加速了伊斯蘭教向各地的傳播，各主要島嶼興建起強大的伊斯蘭教王國。1478年東爪哇的淡目國攻占滿者伯夷王國首都，1527年占領諫義里，滅滿者伯夷王國，建立最大的伊斯蘭教淡目素丹國(1527～1582)。16世紀初，在蘇門答臘北部，阿里·穆罕雅特·沙建立了亞齊素丹國(1521～1913)。在素丹伊斯坎達爾·沙(1607～1636在位)統治時期，亞齊成為東南亞的伊斯蘭文化中心和前往麥加朝覲的啟程地。1568年，西爪哇的萬丹統治者沙哈魯丁趁淡目王國內亂，宣布獨立，建萬丹素丹國(1568～1813)。後攻占雅加達、井裡汶等地，於1579年滅西爪哇的印度教巴亞查蘭王國。16世紀後期，梭羅的封建主推翻巴章的印度教王國，建立巴章素丹國。
伊斯蘭化
1575年，日惹地區的封建主蘇多威佐約(?～1601)被巴章國封為該地的政教領袖。1582年他率軍擊敗巴章國，建立強大的馬打藍素丹國(1582～1755)。17世紀初，在素丹阿貢統治時期，幾乎統一全爪哇並將勢力擴展至巨港、占卑、馬辰和蘇卡達臘。1639年滅東爪哇印度教的巴拉班安王國。馬打藍國以伊斯蘭教為國教，實行伊斯蘭教法，採用伊斯蘭教曆以代替塞種紀元，修建清真寺、宗教學校和蘇菲長老的陵墓，發展伊斯蘭學術文化，使整個爪哇島完成了伊斯蘭化的過程。
歸信伊斯蘭教
15世紀，已歸信伊斯蘭教的馬六甲和爪哇商人將伊斯蘭教傳入馬魯古群島，最先改奉伊斯蘭教的是蒂多雷國王里加圖，改名哲馬爾丁，臣民也隨之歸信伊斯蘭教。後德那底、巴贊、查依洛洛等小王國相繼改奉伊斯蘭教，並建立伊斯蘭教王朝。後通過傳教師將伊斯蘭教傳入馬魯古群島的其他島嶼，16世紀初，馬六甲穆斯林商人將伊斯蘭教傳入加里曼丹北部沿海地區。1550年，來自蘇門答臘的傳教師將伊斯蘭教傳入加里曼丹西部的蘇加達納王國，1590年國王吉里·庫蘇瑪改奉伊斯蘭教，臣民也隨之改宗。加里曼丹南部的馬辰王國由淡目傳入伊斯蘭教。群島的內地部落民於18世紀改奉伊斯蘭教。17世紀初，伊斯蘭教通過商人和傳教師傳入蘇拉威西，後建立望加錫、布吉斯、波朗等伊斯蘭教小王國。
荷蘭殖民統治
16世紀，荷蘭殖民主義者開始入侵印尼。1619年，荷東印度公司占領雅加達，開始了長達350年的對印尼的殖民掠奪。印尼各族人民展開了反抗鬥爭，其中規模較大、歷時較長，由伊斯蘭教領袖領導的反抗有蒂博·尼哥羅起義(1825～1830)、伊瑪目·朋佐爾領導的比達里教派起義(1821～1837)和亞齊戰爭(1873～1913)，沉重地打擊了荷蘭殖民主義者。1912年“印尼伊斯蘭聯盟”建立後，在領導和推動民族解放運動中發揮了重大作用。20世紀初伊斯蘭教現代主義思潮由埃及傳入印尼，以伊斯蘭教學者塔希爾·哲拉魯丁(1869～1957)和艾哈邁德·達赫蘭(1868～1923)為代表的革新派，創辦宗教刊物，建立伊斯蘭文化教育組織，開辦新式學校、醫院和圖書館，發展現代教育。1942年日本占領印尼。1945年印尼宣布獨立，同年制定的憲法規定，實行政教分離原則，信教自由；並規定了印尼建國的“五項原則”，即信仰唯一的真主、人道主義、民族主義、民主和社會公道。1950年8月，蘇加諾宣布成立統一的印尼共和國。1959年他倡導“納沙貢”，即民族主義、宗教和共產主義三大思潮合作。
伊斯蘭教教派
印尼 穆斯林絕大多數屬於遜尼派，遵奉沙斐儀學派教法。來自印度和巴基斯坦的穆斯林多屬什葉派。蘇菲派和瓦哈比教派的學說和禮儀在一部分穆斯林中有一定影響。目前全國各島嶼共有清真寺和小禮拜寺369760座，僅首都雅加達有清真寺1194座，小禮拜寺4617座。1978年在雅加達興建成國家獨立清真寺，為東南亞最大的清真寺，可容10萬人禮拜。各地建有14所伊斯蘭學校和大學。在雅加達設有“伊斯蘭研究中心”，經常舉辦伊斯蘭學術討論會。印尼的伊斯蘭教組織派代表參加世界和地區性的伊斯蘭會議和學術活動。印尼的伊斯蘭教政黨主要有：印尼伊斯蘭聯盟、伊斯蘭教師聯合會、伊斯蘭真諦協會，上列組織組成建設團結政黨。伊斯蘭教民眾團體有印尼伊斯蘭教協會、印尼中華伊斯蘭協會(華裔穆斯林組織)。各宗教組織均辦有宗教報刊。印尼為“伊斯蘭會議組織”、“世界伊斯蘭大會”、“伊斯蘭世界聯盟”成員國。
