發展歷程
1983年，南開大學決策層為適應開展中國高等教育研究的需要，高等教育體制改革中出現的新情況，新問題開展系統研究，成立了高等教育研究室，在校長直接領導下開展工作。1998年12月，南開大學領導集體強調指出：現代高等教育研究是現代高等教育改革和發展的重要基礎和動力。 學校鼓勵對21世紀中國和世界高等教育學進行深入研究，將教育教學研究成果作為學校對各院、系教學評價的指標之一，並決定在原高等教育研究室基礎上，成立 高等教育研究所。
經過數年的發展，高等教育研究所於2000年獲得高等教育學碩士學位授予權。同年9月，學校領導集體為建設高水平大學，在實行學院制，深化校內機構改革中，為儘快恢復和重建南開的教育學科，將高等教育研究所從學校本部行政單位中撥離出來，建成以教育科學研究與人才培養為主，同時為學校改革與發展服務的學院級學術研究機構。
南開大學具有優良的傳統，出現過很多著名教育家，擁有自己的辦校風格和有特色的教育思想及教育方法。早在20世紀20年代，南開大學就創立了教育學科，但於1952年院校調整是被取消。南開大學是國內外著名的綜合性大學，高等教育研究所將發揮我校綜合學科實力強的優勢，發展南開教育學科。與我校各優勢學科相結合，開展高等教育思想理論、高等教育經濟學、高等教育史學、發展高等教育學、國際高等教育比較、企業內高等教育、高等教育心理學等方面的研究，以儘快形成南開高等教育學研究特色。
工作重點
高等教育研究所將以現有高等教育學碩士點為基礎，培養高等教育學高級專門人才，並適時地發展教育學科本科專業，創造條件申請高等教育學博士學位授予權。爭取通過“十五”期間或更長一段時間，把南開大學高教所建成我國高等教育學領域的重要人才培養基地。
高等教育研究所在開展高等教育理論研究的基礎上，把高等教育理論轉化為教學實際的同時，把我校及全國高等教育改革的經驗提升為理論成果；為交流高等教育改革的經驗；對改革中的熱點問題暢所欲言、各抒己見；在高等教育這塊園地里創造百家爭鳴的學術研究氛圍；以實實在在地推動教育教學改革，為我校及全國的高教改革與發展服務，於1986年南開大學創辦《南開教育論叢》學術季刊，由高等教育研究室主辦。
