建立“南委”
1939年到1941年，國民黨頑固派不斷製造反共逆流：鎮壓民眾抗日救亡運動，解散抗日進步團體，千方百計破壞中共黨組織，捕殺共產黨員、愛國青年及進步人士。為了堅持抗戰，預防突然事變，鞏固黨的組織，保護黨的幹部，積蓄革命力量，針對國民黨頑固派掀起的反共逆流，中共中央對國民黨統治區的黨組織發出一系列指示，要求採取長期埋伏和積蓄力量以待時機的工作方針。1940年5月，毛澤東進一步指示國統區的黨組織必須貫徹“隱蔽精幹，長期埋伏，積蓄力量，以待時機”的十六字方針。
根據這一指示精神，周恩來和南方局的領導強調所屬的各級黨組織和黨員幹部，必須從思想、工作、方法和組織上實行轉變，從過去轟轟烈烈的民眾救亡運動，轉變為“隱蔽精幹，積蓄力量”。為了便於領導各地黨組織和安全起見，周恩來在中央書記處會議上提出，擬在廣東建立中共南方工作委員會作為南方局的派出機關，對華南各地黨組織實行分區領導，使地下黨的工作同南方局領導的公開工作分開。經中央書記處同意，中共南方工作委員會於1941年春成立（簡稱“南委”），代表南方局領導廣東、江西、廣西、福建、香港、澳門等地黨的工作。南委機關設在廣東省大埔縣境內，書記方方，副書記張文彬（南委成立初期兼組織部部長），組織部部長郭潛（原江西省委書記，南委成立初期為組織部副部長，後為組織部部長），宣傳部部長塗振農，委員王濤（兼閩西特委書記），秘書長姚鐸。南委在廣東省曲江縣設立交通站，在福建省平和縣設立電台，負責與中共中央南方局和南委下屬各地黨組織保持聯繫。廣東省分設粵北省委（李大林任書記） 、粵南省委（梁廣任書記）。1941年春，粵北省委遷至韶關市五里亭。
江西省委被破壞
1941年冬，江西省會南昌被日軍占領，南昌以南的吉安等地仍由國民黨控制。國民黨特務發現來往旅客中有兩個年輕婦女，既不像商人也不像百姓，經叛徒指認是共產黨的秘密交通人員。 於是，夜間在客店對二人進行突擊。中統特工說：現在國共合作抗日，凡是共產黨人必須擁護政府，你們這樣的秘密活動違法。這種說詞，使得這兩個婦女感到茫然，就同意了。順藤摸瓜，中統捕獲中共贛西南特委17人，而且沒有驚動任何人。
抗戰時期國共合作，國民黨尚未發現中共在國統區的組織，徐恩曾十分重視這個線索，立即派中統大特務徐錫根到吉安就地指揮。徐錫根是中共叛徒，當過中央常委，又在特科工作過，十分了解中共秘密工作情況。徐錫根先說服特委宣傳部長老楊合作，又誘捕特委組織部長李照賢。李照賢也答應合作，還交出秘密檔案，提供贛西南特委和江西省委的地址。
進入省委所在地洋溪山，必須由一個老交通"老鐵拐"帶路。這是一個1925年的老黨員，革命意志十分堅定。中統利用他疼愛幼子的心理，說服合作。三擒三縱，老鐵拐仍心向共產黨，中統又讓三人簽字宣誓，合影存照。老鐵拐不得不帶李照賢上山，路上還建議向組織坦白。還是李照賢說服老鐵拐，不如為國民黨工作。國共合作的新形勢，也使一些堅定的共產黨員產生動搖。
1942年1月，李照賢誘騙省委負責人謝育才、駱其鼎下山探望妻子，中統立即對二人實施突擊。面對臨產的妻子，謝育才勉強具結文書，駱其鼎表示可以帶路去南方局。中統決心利用這個關係進入南方局，可是駱其鼎夫婦卻乘夜暗逃脫。
中統估計駱其鼎不敢回省委報告，就繼續設計，利用老鐵拐將省委機關40多人分批誘騙下山，而由中統謊稱統戰關係予以接待。
山上的省委秘密電台，報務員是一對夫婦，因為生孩子不得不下山，被就勢安排到特務機關居住。中統派了一個女特務，無微不至地關心產婦，積累感情，待到一定時間之後才公開突擊。依照這個巧妙方法，中統對落入網中的地下共產黨員逐個招安，將中共贛西南特委連鍋端。特委書記黃路平叛變之後還幫助中統設計，控制特委下面的各縣組織。
中共江西省委設在人跡稀少山路崎嶇的洋溪山中，沿途設有秘密報警的機關。劈開大毛竹，用筷子撐住，連線筷子的繩子又攔在路上。外人經過絆到繩子就會拉掉筷子，毛竹合併就會發出響聲，一竹帶動一路，響聲就會逐步傳到省委駐地。這樣嚴密的防衛措施，卻防不了叛徒。中統精心策劃，由叛徒出面說服，逐步爭取省委負責人和警衛人員叛變，就連延安派來的報務人員和譯電員也投降了。
1942年間，中共江西省委所屬的44個縣委、200多個區委都被破壞，兩千多黨員被捕，兩千多農村黨員被管訓。而遠在廣東的中共上級機關"南委"卻毫不知情！
南委被破壞
中統又設計向上發展，企圖進而破壞中共在南方的所有組織，直至滲入延安中央。中統控制的江西省委電台突然呼叫南委電台，謊稱電台剛剛修復，還要延安電台的呼號和波長。南委是中共南方局下屬機構，負責領導東南、華南地區。南委雖然沒有察覺江西省委被破壞，但對於江西電台中斷聯繫三四個月有所警惕。接到江西電台呼叫後，南委書記方方派組織部長郭潛去江西檢查，並給江西省委書記謝育才發出明文隱語的聯絡信件。
中統得到這封聯絡信件之後，決心誘捕郭潛，並向謝育才詢問南委駐地。謝育才見南委危急，扔下嬰兒跳窗逃走。
中統見不能再採取長期滲透的做法，立即派人搶在謝育才之前行動。
1942年5月26日，方方得知謝育才報來的情況，發報給郭潛。郭潛未及譯電就被捕，當晚叛變，第二天帶領特務抓捕粵北省委書記李大林等人。
方方立即電報重慶南方局。
周恩來見到電報臉色劇變，連說糟糕。沉思片刻，立即布置童小鵬給南委發報，要正在南委駐地曲江的廖承志即到重慶，或是住到母親何香凝處。
南委沒能聯繫到廖承志，5月30日，廖承志被捕，6月6日，南委副書記張文彬、宣傳部長塗振農和粵北省委重要幹部20多人被捕，縣級幹部40多人被捕。
1942年6月8日，周恩來得知廖承志被捕，立即布置南委負責同志分散隱蔽，斷絕公開關係。可是，南委電台已被叛徒出賣，沒能收到重慶呼叫。
南委的重要幹部被捕，南方局與南委的無線電聯絡又斷絕，周恩來心急如焚。
中統又派出十幾個秘密武裝人員，到南委秘密機關東江大埔抓捕南委書記方方。這裡是老根據地，民眾發現特務立即鳴鑼報警，上千民眾湧來包圍特務，掩護方方等人逃脫。
補救
心力交瘁的周恩來小腸疝氣復發，6月下旬入院動手術。毛澤東從延安來電，要求周恩來靜養。周恩來在醫院還不停打聽南委訊息，臨時主持南方局工作的董必武命令一律不準向周恩來談工作。7月10日周恩來的父親因病逝世，董必武與鄧穎超研究之後，暫時瞞著周恩來。7月13日，周恩來出院，得知父親已去世三日，痛哭不已。哀痛之中的周恩來立即布置南委：除敵占區、游擊區黨組織照常活動外，國統區黨組織一律暫停活動，等待中央決定。
破獲中共在南方三省江西、廣東、廣西的地下組織，徐恩曾十分得意："這是我和共產黨在抗戰時期戰鬥中的惟一勝利。也是我的全部戰鬥紀錄中經過時間最長，技術上最為成功的勝利。
周恩來慘澹經營，1942年底重新組織廣東臨時省委，1944年恢復各地組織活動。日軍打通粵漢線時，中共在南方的地下組織又發動民眾抗擊，發揮重大作用。
