二京制
永樂十九年，明成祖朱棣詔令“六部政悉移而北”，正式以北京（朱棣繼位後於永樂元年改北平為北京）為都，並改北京為京師。明成祖遷都北京後，出於種種原因，仍然保留了南京的都城地位，並保留了一套中央機構。南京和京師一樣，設六部、都察院、通政司、五軍都督府、翰林院、國子監等機構，官員的級別也和京師相同。北京所在為順天府，南京所在為應天府，合稱二京府。
南京六部大都是沒有實際職權的掛名管轄，供大臣養老或者是給被貶職受排擠的大臣提供去處的職位。雖然南京六部的權力遠不如北京六部，但是南京六部也有一定職權。主要是因為南京所在的南直隸地區轄十五個府又三個直隸州，相當於今江蘇安徽兩省及上海之地，卻不設布政司、按察司、都指揮司三司，原來三司執行的職權便由南京六部負責，其中又以南京戶部、南京兵部的權力最重。
南京六部職權
南京戶部負責徵收南直隸以及浙江、江西、湖廣諸省的稅糧（此四地所交稅糧幾乎占了明帝國的一半），同時還負責漕運、全國鹽引勘合（明朝從始至終，南京戶部一直負責這一事務，其中只有2年南京戶部不負責這個事務：正德三年，劉瑾變法，由中央戶部負責，“南京引板，俱令銷毀”，但在正德五年，劉瑾被誅後戶部奏請“刷印鹽引，仍隸南京戶部”，獲得批准。此後一直未變）及全國黃冊的收藏和管理。南京戶部侍郎因此經常兼任總理糧儲。
南京兵部負責南京地區的守備，南京地區的49個衛，都隸屬南京兵部尚書指揮。南京兵部尚書一般掛“參贊機務”銜，會同鎮守太監和南京守備勛臣共同管理南京的全部事務。
南京吏部負責南京地區官員六年一度的京察考功，北京吏部不得干涉。
南京刑部負責南京諸司、公侯伯府、京衛所的刑名，明史上劉瑾就曾經因為南京刑部尚書吳洪依法斷案不合其意而矯詔令其致仕。可見南京刑部也有司法權力。
南京工部的職責與北京中央的工部相仿，只是管轄地區限於南京及附近各省。此外，南京工部也負責部分南方的稅收（名義上叫“竹木抽分”，明朝工部、兵部都有收稅權，並非戶部獨有）。另外，南京戶部刷印鹽引勘合的銅版要由南京工部負責鑄造。
南京禮部倒確實沒有什麼職權，因為皇帝幾乎不來南京，禮儀祭祀活動不多。
