寺的來歷
兩種說法無論是正史還是野史，都提到這座清真寺是為香妃建造的。現存有兩種不同觀點：
1、香妃為霍吉占之妻，叛亂平息，被押解至京。乾隆窺其美貌，選為妃。
容妃（香妃）畫像2、香妃是回部台吉和扎麥女，其族為和卓，故稱容妃為和卓氏。乾隆皇帝鑒於容妃家族在平息叛亂中有功，而將容妃的家人召入北京，封官賜爵。容妃被納入宮中後,受到乾隆皇帝的無限“恩寵”，這可以稱為自願型。
比較起來，第二種說法似乎更為可信。第一種過於民間傳奇了，似乎乾隆的氣度不太會被一個已婚女子如此動心。根據以往乾隆的政治策略，這種聯姻和寵愛都有著過多的政治意味。建寺經過
有記載稱“因(容妃)思鄉念切，高宗為建樓慰之，俾妃觀。其族人聚居情形，與回城故里無殊。”這辦法倒是妙，既可以讓香妃不出大內，又可以讓香妃在高樓(中南海寶月樓)上看到宮牆外的家鄉生活氣息，緩解思鄉之苦，又不違背宮廷的規制。
1759年(乾隆二十四年)時，在皇城南牆外，即現在的東安福胡同北側建回回營，供回部族人居住。回回營內還設有辦事房，以內府官董其事。因容妃的五叔與堂兄等配合清軍平定新疆回部有功，故1760年（乾隆二十五年)降旨授和卓為回回佐領，以投誠回眾編為一佐領，並讓容妃的五叔和堂兄等與其族人在東安福胡同之北的回回營居住。
不久又興建了回回營清真寺，這個回回營可與其它北京回回營不同，這裡都是在平定大小和卓戰爭中有功的維吾爾族人，生活方式和信仰與被漢族同化了許多年的本地回族不同，民間又稱這裡紅帽子回回。
這也是距離皇宮大內最近的一個回族聚居區。乾隆這么做似乎不只是寵愛香妃，同時含有通過與維吾爾貴族之間的通婚以及信任，達到長久穩固邊陲、促進民族團結的意味。在這裡建立回回營和清真寺就像承德外八廟，北京的黃寺等建築的作用是一樣的。
建築格局
回回營清真寺的布局比較特殊，坐南朝北，不同於普通清真寺的坐西朝東。
該寺始建自1762年（乾隆二十七年)春，至1764年夏始竣工。占地面積約二十五畝有餘，其地址即昔紫禁城西苑門南牆外，寺正門直對寶月摟。就正門上建望月樓，北望中南海，可一覽無遺。而此摟又作“喚拜樓”,深夜“邦塔”時登樓高聲誦念“班克”，聲借海音，遠播數里。附近教外人俗呼此摟為“望兒樓”，謂香妃父母思女來京，不能入宮，藉登此樓，北望寶月樓，可與香妃晤面，故又呼寶月樓為“望家摟”。總之，事屬民間所傳，究否無從考證。而大殿建築，亦頗費匠心。明九暗七，四面皆走廊，周配角亭四座。殿中央起作為亭式，金頂火檐，高起雲涌，有如天壇之祈年殿然，碧色之琉璃瓦與米色盲柱相映壯麗，極盡輝煌之能事。此外浴室及講堂等建築布置，無特殊異，故從簡記述。寺外周遍植柏柳百餘株，每至夏季綠色蒼
清真寺遺蹟（2010年5月30日拍攝）其大門，建築奇古，下為巨石壘成，儼如城門。雉堞環拱，倍極莊嚴。其上為小屋，朱壁輝煌，如廟宇。再上為有窗之屋。頂端仍為小室，四壁軒敞，無戶無牖。統計上下共四層，高逾二丈以上，人過其下，仿佛身到西域也。香妃晏居，每憶家則登樓南望，以慰幽思。故民俗呼為“望家樓”雲。辦事處之南部，為禮拜寺。系同時建，有碑記事。
被毀經過
寶月樓南面原有長牆一段，民初將接近樓南之一段拆去，現出該樓之全部，改名新華門。項城當政，辟中南海為總統府，是門即為政府之大門也。與此門遙遙相對者，即回回營清真寺之喚拜樓也。洪憲稱帝後，袁氏每於深夜尚留“居仁堂”府邸辦公，時間遠處有高聲誦經者，留意細聆其聲乃發自南方。袁每聞此似歌非歌之悲壯音調，毛髮豎立，競不寒而慄，後始知是回回營清真寺教師晨禮在高聲誦念邦歌。
當時回回營清真寺教長為現任教長馬雨亭的祖父馬恩榮阿訇。馬氏一族，為新疆阿克蘇(即今溫宿)籍，乃係隨香妃來京之纏回。自回回建設寺始即寓居於此，歷代族人，多任該寺教長。民初袁
後建的花牆古蹟遺存
山門卷拱石東安福胡同內還殘存著一塊完整的清真寺南面的寺門卷拱石，上面雕的是皇家寺廟卷拱石常有的“不斷蓮”圖案。卷拱石雕工異常精細，按重建時清真寺的實力，恐怕沒有條件雕刻那么精美的卷拱石的。對比老照片,原來北向大門的卷拱也是這種花紋，這應該是當年把北門拆下的卷拱石移到了南門，重新利用。南門是一個單開間歇山頂的小寺門，不出意外的話，南門就是現在卷拱石的位置。
清真普寧寺碑乾隆御製“清真普寧寺碑”，新中國成立後一度被埋於地下，後來被文物部門收藏，現存於歷代帝王廟東側。由皇帝親自題額、撰文的清真寺碑僅此一塊。碑文附於之後 ：
“為天下共主，俾阻退逖聽，壹票我約束，而後戎索所屆，風氣莫敢以自私、尚已。顧在昔寄象鞮譯之掌,必與之達志通欲，其教不易其宜，厥旨豈相戾哉？蓋惟極天下之不齊以致其大齊，而觀化者益臻於無外。考前史，回紇自隋開皇時始入於中國，至唐元和初，偕摩尼進貢，請置寺太原，額日大雲光明，實為禮拜寺所由來。然其致之也，或以假師以通市，於納土服屬我甿我隸之義故無當焉。朕寅承天地祖宗鴻庥，平準噶爾，遂定回部各城。其伯克霍集斯、霍什克等並賜爵王公，賜居邸舍。而餘眾之不令回其故地者，成居之長安門之西，俾服官執役，受旅處,都人因號稱回子營。夫齒繁則見龐，類辨則情渙，思所以統同合異，使瞻聽無奇袤，初不在辟其教而揉矯之也。且準部四衛拉特內附，若普寧寺，若固爾札廟，既為次第創構，用是寵綏，回人亦吾人也，若之何望有缺耶！爰命將作支內帑羨金，就所居適中之地，為建斯寺。穹門塏殿，翊廡周阿，具中程度。經始以乾隆癸未清和吉月，浹歲落成。回眾以時會聚其下，輪年入覲之眾伯克等無不歡欣瞻拜。詫西域所未曾睹，問有叨近日之榮，而兼擅土風之美，如是舉者乎？成鞠虞挊曰：然。復重諗之曰：爾回之俗，向惟知有魯斯訥墨，今則朔奉朝正矣。
清真普寧寺碑乾隆二十有九年，歲在甲中仲夏之吉，御製並書。”
