化肥污染特徵
化肥污染是一種面源污染。面源污染過程遠比點源污染複雜。既不易測量，又不被重視，也難於控制。國外也是到20世紀70年代才對此有所認識。美國水污染法規定，到1985年各種污染物要達到零排放。事實上，這個標準是很高的，實施起來也很困難。他們在把所有污水進行處理後發現，俄亥俄河及五大湖水體污染問題仍未解決。原因是沒有注意到面源污染問題，其中的污染來源之一，就是農業區的化肥及其他廢物進入水體。
化肥污染具有很強的動力學特徵，包括隨機性、間歇性、變化範圍的不確定性等。另外面源污染不具備污染的入口條件，一般無法測量，所以在建立面源污染的水質模型時，考慮的影響因素多，例如地質地貌、土壤類型、降雨和徑流特徵、人類活動方式等，都會對化肥污染產生附加影響。
化肥污染的主要表現形式是氮和磷的污染。人們在施肥過程中，往往施肥過量，使大量的氮和磷的化合物進入土壤和水體中。由於氮素和磷素在土壤和水體中循環和降解緩慢，造成氮素和磷素的富集，產生富營養化。因此，必須了解氮素和磷素在土壤和水中的循環機理和特徵，研究植物對氮和磷的吸收過程，研究微生物對氮和磷的降解規律和特徵，以減少或避免化肥的污染 。
化肥污染的影響
化肥是重要的農用物資，對提高作物產量起到過很大作用。但隨著化肥施用量的增加，對土壤、農產品、水體及大氣造成污染。
化肥對土壤和農產品的污染
化肥對土壤質量的影響是多方面的。首先，從對土壤物理性質的影響來看，單獨施用化肥，將導致土壤結構變差、容重增加、孔隙度減少；其次，施用化肥可能使土壤有機質上升速度減緩甚至下降，部分養分含量相對較低或養分間不平衡，不利於土壤肥力的發展；再次，單獨施用化肥將導致土壤中有益微生物數量甚至微生物總量減少；最後，由於部分化肥中含有污染成分，過量施用(其中特別是磷肥)將對土壤產生相應的污染。目前我國大部分耕地質量退化，對化肥的依賴性愈來愈強，主要是由於大量施用化肥的後果。
化肥對其他農產品質量的影響也十分明顯，其中以氮肥最大。如過量施用氮肥，在使禾本科作物籽粒含氮量及蛋白質含量增加的同時，也將導致胺基酸含量比例發生變化，使其營養品質下降；過量施用磷肥將對蔬菜、水果中的有機酸、維生素C等成分的含量以及果實的大小、著色、形狀、香味等帶來一系列影響，同時，磷肥中的副產品還可能對農產品帶來污染。
化肥對水體的污染
部分已開發國家為防止化肥對水體污染而設定的化肥施用的安全上限為每公頃255千克，但我國還沒有類似的規定，多數地區施肥尚帶有很大的盲目性，施肥量遠遠超過上述指標。由施肥所導致的我國江河湖泊的富營養化占40%左右；在北方地區，地下水的污染，特別是硝酸鹽污染問題十分突出，部分地區硝酸鹽含量超過飲用水標準的5～10倍，基本上不能飲用。
化肥對大氣環境的污染
化肥對大氣環境的影響中最令人關注的是二氧化氮與全球氣候變暖，在氧化還原交替狀態下，土壤中的硝態氮易被還原為二氧化氮。雖然我國目前還沒有人對二氧化氮排放量與全球氣候變暖之間的關係作十分深入系統的研究，但從已有的研究結果來看，二氧化氮的排放量與氮肥施用量、溫度、土壤水分狀況等密切相關，我國氮肥的當季利用率一般僅30%～50%，損失的氮素中無疑有相當部分要以二氧化氮的形式排放到大氣中 。
化肥污染的治理對策
強化環保意識，加強土壤肥料的監測管理
目前，大多數人還沒有意識到化肥對土壤環境和人體健康造成的潛在危險。今後應加強教育，提高民眾的環保意識。注重管理，嚴格化肥中污染物質的監測檢查，防止化肥帶入土壤過量的有害物質。制定有關有害物質的允許量標準，用法律法規來防治化肥污染。
增施農家肥，推廣配方施肥技術
我國傳統的農家肥包括秸稈、動物糞便、綠肥等。施用農家肥能夠增加土壤有機質、土壤微生物，改善土壤結構，提高土壤的吸收容量，增加土壤膠體對重金屬等有毒物質的吸附能力。配方施肥技術是綜合運用現代化農業科技成果，根據作物需肥規律、土壤供肥性能與肥料效應，在以有機肥為主的條件下，產前提出施用各種肥料的適宜用量和比例及相應的施肥方法。推廣配方施肥技術可以確定施肥量、施肥種類、施肥時期，有利於土壤養分的平衡供應，減少化肥的浪費，避免對土壤環境造成污染。
改進施肥方法
氮肥深施節肥的效果顯著，碳酸氫銨的深施可提高利用31%～32%，尿素可提高5%～12.7%。磷肥按照旱重水輕的原則集中施用，可以提高磷肥的利用率，減少對土壤的污染 。
