巴納姆·布郎(Barnum Brown)於1903年以P. nebrascensis創立了副磨齒獸屬。它們的頭顱骨像當時分類在磨齒獸的哈倫氏副磨齒獸(M. harlani)的頭顱骨,但上頜的牙齒數量不同,副磨齒獸就有4隻,而哈倫氏副磨齒獸的則有5隻。後來在拉布雷亞瀝青坑發現了大量P. nebrascensis的標本,當中一些沒有了像犬齒的牙齒,一些則有,故P. nebrascensis被認為是哈倫氏副磨齒獸的異名。據此確定了哈倫氏副磨齒獸的齒式為5 / 4。後來在處理磨齒獸(注意與侏羅紀古獸磨齒獸區分,這是南美地懶的一屬)及舌懶獸的分類問題時,確認了副磨齒獸在遺傳上與南美洲磨齒獸的不同,並將哈倫氏副磨齒獸定為模式種。
副磨齒獸以往都分類為舌懶獸的亞種。後來也確認了副磨齒獸在遺傳上也是與舌懶獸有所不同。
最近在愛荷華州發現的哈倫氏副磨齒獸是連同傑氏巨爪地懶一同被發現。這是第一次在愛荷華州發現副磨齒獸,也可能是第一次發現這兩類生物的緊密關聯。
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