大事記
天文十一年（1542），正俊之子正直於高遠城出生，同他的父親一樣，正直也侍奉於信玄、勝賴。天正十年武田氏滅亡時，正直正幫助信玄的五子仁科盛信守護高遠城，頑強抵抗織田軍的進攻，但是由於寡不敵眾，高遠城最終陷落，盛信自殺，而正直則在落城前逃了出去。武田氏滅亡後，正直依靠小田原的北條家再度興起，幫助北條勢奪得高遠城，正直也再次回到了高遠城並成為城主。之後，徳川家與北條家在甲斐國發生衝突，正直則通過酒井忠次的引介，投靠了徳川家，並被家康賜予伊奈郡一半的領地。由於勸降同郡箕輪城城主藤沢賴親未成，正直也開始了對田中城的攻略。
天正十二年，正直迎娶家康的異父妹妹多卻姫為妻，從而正式確保了他在高遠城的地位，天正十三年，石川數正和小笠原貞慶一起攻擊了高遠城，但被正直的擊退，小笠原家的多名武將被討取。
保科氏正式成為大名始於正光(1561～1631)一代。正光是正直的嫡子，母親是真田昌幸的四女。正光從小就作為側近侍奉於家康，並隨正直參加了小牧?長久手之戰和小田原之戰，家康移封至關東後，正光被賜予下總國多胡一萬石的領地。關原合戰後，正光又被轉封到了保科氏的舊領地高遠城，領有二萬五千石。由於大坂之陣時守衛淀城並且立下了戰功，領地被加封至三萬石。之後正光收養將軍德川秀忠的三子正之為養子，並將家督之位讓與正之，正之則將姓改為松平。寬永十三年（1636），松平正之被封於出羽二十萬石，後又増加了三萬石，移封到了會津若松，幕末時期的松平容保即是正之的後裔。
同正光一樣，正直的三子正貞(1588～1661)小的時候也是家康側近，他的母親是家康同母異父的妹妹（久松佐渡守的長女）。元和元年(1615) 正貞跟隨正光一起參加了大坂夏之陣。寬永14年（1637），松平正之將保科家相傳的寶物讓與正貞，使保科氏旗本家得以續存。慶長七年（1648）正貞被封於上總國飯野，領有一萬七千石。
家譜圖
┌正賴├正經 ┌容頌┌容眾
正則—正俊┬正直┬正光＝正之┴正容—容貞┴容章—容詮—容住┴容敬＝容保＝容大
├昌月├正重—正景—正賢
│├正貞
│└氏重＝正英┬英勝
│└正靜
└正勝—正近
