1907年
她隻身到北京，考入高等女子師範（今北京師範大學），1911年畢業。畢業後第二年，在辛亥革命的洪流激盪下，她懷著一腔熱血，奔赴祖國西南邊陲廣西，受聘就任廣西桂林省立女子師範校長，與她同行赴任執教的是同班摯友周蕪君，她們在那裡探索“提高女子教育、振興女權”的道路。1915年，兩人又不辭辛苦南渡婆羅洲，余佩皋擔任婆羅洲山口洋中華學校校長。當時那裡經濟落後，文化不振，交通不便，環境不靖，生活艱苦，她們卻孤軍深入偏遠山區，開創華僑教育事業。
1916年
余佩皋鑒於當時新加坡是華僑愛國進步活動的中心，革命氣氛高漲，有較好的創業環境，便輾轉來到新加坡。此時，莊希泉在新加坡經營中華國貨公司，探索“實業救國”與“教育救國”的道路，兩人志同道合，便共同創辦新加坡南洋女子師範學校（今南洋女子中學前身），著重培養華僑學校師資。余佩皋任校長，莊希泉任董事長。這是南洋女子教育之先驅。余、莊傾盡心力辦學，師生員工通力合作，使這所學校聞名南洋。
1920年
11月7日，在並肩鬥爭中風雨同舟的莊希泉、余佩皋，宣布“組織新家庭”。婚禮從簡，只在同德書報社開了一個演說會。星馬總督敗訴後惱羞成怒，在莊、余新婚的第二天，再次下令逮捕莊希泉，並宣布將他“永遠驅逐出境”。余佩皋不甘示弱，直奔殖民政府“華民政務司”，昂首而進，嚴辭質問。“洋大人”被追問得語無倫次，醜態百出。她以不畏難、不怕險、不屈不撓的鬥爭精神享譽南洋僑界，人們稱讚她是“女界中錚錚的人物”。
1920年
12月5日，余佩皋受“華僑學務維持處”推選，肩負南洋400萬華僑、300多所華僑學校師生爭取“享有共辦教育、學習華文的權利”之重託，隻身回國呼籲各界支持。
1920年12月27日，余佩皋抵上海，拜訪各界要人併到各團體、各機關、各報館發表演說，陳述她作為華僑代表返國爭取聲援的意義和目的。黃炎培先生特邀余佩皋到青年會發表演說。各界群情激昂，紛紛發出抗議書，分致英國外交部、英國駐華公使及有關當局。
1921年
1月5日，余佩皋帶病離浦口赴北京。1月7日抵北京，她即演講宣傳，四處呼籲，多次赴外交部、教育部，直接向外交總長顏惠慶呈遞請願書，申述僑胞之急情。北京學生聯合會、福建旅京學生會，均開會作出決議，以實際行動支持南洋僑胞的鬥爭。
當時，全國各報先後刊登有關此事的通電、通告和公函，廈門、北京、上海等地學生團體紛紛成立後援會，一時震動全國。
儘管輿論聲援，群情鼎沸，無奈北洋政府腐敗無能，交涉失敗。余佩皋回國請願歷時一年又三個月，最後懷著無限憤慨的心情回到廈門。此後，余佩皋決心在自己的國土上，重振旗鼓，繼續辦學。
1923年
在愛國僑胞的支持下，1922年5月1日，廈門廈南女學正式開辦。廈南女學後改為“廈南女子中學”（簡稱廈南女中）並附設國小。余佩皋的辦學宗旨是教育與救國相結合。她提倡自由、科學、反帝、反封建，開展歌舞、戲劇活動，推廣國語。抱著為中華民族爭光、為海外僑胞爭氣的赤誠之心，她與教師們盡心協力，把廈南女中辦得生氣勃勃。
1923年
中國共產黨第三次全國代表大會決定建立革命統一戰線，進行反帝、反封建鬥爭。改組後的國民黨奉行“聯俄、聯共、扶助農工”三大政策。1924年，周恩來派江董琴由廣州到廈門，組織國民黨福建省臨時省黨部，這個黨部在國民革命軍東路軍總指揮部成立之前就一直在中國共產黨領導下進行活動。余佩皋、莊希泉參加了省黨部工作，均任執行委員。
日本帝國主義及國民黨右派對此極為惱恨，相互勾結，日本人藉口莊希泉是日本統治的台灣籍民，以所謂“台灣籍民參加外國政治結社”為罪名，將莊希泉拘禁，於7月28日，將他押送台灣。余佩皋聞訊，義憤填膺，帶領廈南女中師生和各界民眾1000多人，到碼頭抗議示威。反動勢力將余佩皋視為眼中釘、肉中刺，必欲除之而後快。8月24日，她開完會回家，途經二十四崎，突遭槍擊，幸而子彈只穿透衣袖，未傷及身體。面對明槍暗箭，她毫不畏懼退縮，人們稱她為“奇女子”、“女界之丈夫”。
當時，廣東革命浪潮蓬勃發展，余佩皋便把自己的獨生兒子莊炎林交託在廈南女中執教的摯友周蕪君撫養，離開廈門，到廣東參加北伐軍。
1927年
2月，余佩皋被調往福州，任國民黨福建省黨部執行委員、婦女部長。她直接參加工人運動，到工廠宣傳婦女解放的道理，發動女工參加革命鬥爭。1927年4月3日，國民黨右派在福州發動反革命政變，大舉“清黨”，屠殺共產黨人，余佩皋和莊希泉經友人相助幸而脫險，她仍被通緝。大革命失敗後，她和莊希泉毅然離開了國民黨。那時，周恩來、鄧穎超曾托人送信給莊希泉夫婦，問候致意。此後，余佩皋、莊希泉流亡菲律賓，在馬尼拉和愛國華僑王雨亭創辦《前驅日報》。余佩皋繼續奔走於菲律賓、廈門、上海等地，在中國共產黨領導下堅持秘密革命活動，興辦教育。
1934年
8月間，余佩皋在蘇州突患急性上升性脊髓炎，兩腳全失去知覺，繼而逐漸蔓延到腹部、胸部，遂致全身麻痹。9月12日，逝世於上海紅十字醫院。中外醫學專家均不明病因，據說此病當時在中國為第一例。余佩皋本著科學精神，臨終前囑咐其夫莊希泉、胞弟余壽浩，將其遺體獻給醫院，使醫學界得有新發現，以造福人群。人們稱頌她“愛國愛群，至死不衰”。余佩皋逝世後，上海、廈門、新加坡等地都舉行了隆重的追悼大會。
