概述
“伯克”一詞是突厥語音譯，古代漢文獻中譯作“孛闊”、“孛可”、“別乞”、“別吉”等。其語源說法不一，一說源於波斯語，一說漢語中的“匐”即是“伯克”的異音。古代維吾爾族中，“伯克”這一稱號一直被沿用，系世襲地方官吏或頭人們的通稱。清代以前，伯克“惟序坐次以相統屬，無服色崇卑之別。亦無貢賦、養廉額數，均視其所轄回民之多寡貧富，恣意索取，不知撫恤。” 大小和卓統治回部期間，“凡所需粟、布、牲畜以及力役，不論人丁地畝，任意攤派。司事之大小伯克、酋目、阿渾（阿訇）等，上行下效，苛派侵漁，回民仍不免逃避流離。”
在平定大小和卓的過程中，清廷開始任命各城伯克，以鄂對為阿克蘇的阿奇木伯克、霍集斯為和闐阿奇木伯克，給三品頂戴。乾隆二十四年（1759年）閏六月，乾隆皇帝下諭酌議回部官制 ：
舒赫德等奏稱：“阿克蘇系回部大城，村莊甚多。舊系伯克密喇卜等管理。今雖不必準以內地官制，而品級職掌，宜為厘定，庶足以辨等威而昭守信”等語。所奏甚是。著照所請，以阿奇木伯克為三品，伊沙噶伯克為四品，噶匝納齊伯克為五品。將應升人員，奏請補授。其小伯克密喇卜等，為六七品，俟缺出揀選補授。其餘各城俱一體辦理。……此等回人，雖承辦公事有官職大小之殊，皆系朕之臣僕。將來如阿奇木等大伯克，或令其輪班入覲，酌給官俸。其小伯克等，或所定租賦內，通融支給亦可。”
從此，伯克制度便在除哈密、吐魯番以外的南疆維吾爾地區普遍確立、沿襲，遂形成清代在新疆的一種官吏制度。據《西域圖志》、《西域見聞錄》和《回疆志》等記載，這一時期南疆各維吾爾地區所設伯克名目達35種之多，並仿內地官吏分別厘以三品至七品不等的品級。最高者為阿奇木伯克，大都由哈密、吐魯番王族及先前歸附清軍的有功伯克擔任，分別管理當地城鄉大小事務，設立公署，並設伊什罕伯克以佐之。其下復設各種伯克分任田賦、租稅、水利、匠役（手工業）、商務、軍事、交通、宗教等諸務，各有專司。其中，管理伊斯蘭教務者達5種，即哈孜伯克（教法官，總管一切刑名事務）、茂特色布伯克（教習經典、整飭教務、領導禮拜）、帕察沙布伯克（按教法監督刑罰的法官之一）、拉雅哈孜伯克（辦理穆斯林財產詞訟事務）和斯帕哈孜伯克（辦理民事糾紛）。各城的伯克初無固定名額，視城市大小和事務繁簡而定其額。其任免升調，規定三品至五品的伯克，由本城大臣提名報送喀什噶爾參贊大臣複審，奏報軍機處審批；六、七品伯克，年終匯奏參贊大臣補放。大小伯克在任期內，可根據自己的品級、職掌，領得養廉地畝和稱作“燕齊”的種地奴僕。如三品伯克撥付200帕特瑪（一帕特瑪約合四石五斗）籽種地，種地奴僕100名；四品伯克撥付150帕特瑪籽種地，奴僕50名，五品伯克撥付100帕特瑪籽種地，奴僕30名；六品伯克撥付50帕特瑪籽種地，奴僕15名，七品伯克撥付30帕特瑪籽種地，奴僕8名。
在天山以北的伊犁，清廷也任命了伯克管理維吾爾移民塔蘭奇事務。
另外，對有軍功者則可豁免一切田賦與差徭。伯克們對維吾爾族民眾的剝削壓迫十分殘酷，多次激起農民的武裝反抗。
廢除
光緒十年（1884年），新疆改建行省，清朝政府廢止了維吾爾地區的伯克制度，廢除了伯克制，代之以州縣制，僅保留級別較高的阿奇木伯克、伊沙噶伯克頭銜。被裁撤的伯克充當了漢地“鄉紳”的角色，有人仍在州、縣衙門做書吏等差事。
官職
清代新疆的各級伯克官職有三十餘種，品級為三品到七品，員額共270人左右。其中阿奇木伯克、伊沙噶伯克、商伯克、哈子伯克、密喇布伯克、明伯克在各大城普遍設定，員額占伯克總數的七成左右。在地域上，人口密集的喀什噶爾、葉爾羌、和闐所置伯克最多，而拜、賽喇木等小城僅設伯克六人。
| 名稱 | 異名 | 最高品級 | 一般職責 |
| 阿奇木伯克 | 三品 | 總管一城、一地的穆斯林居民事務 | |
| 伊沙噶伯克 | 伊什罕、伊沙罕 | 四品 | 協助阿奇木伯克辦事 |
| 噶匝納齊伯克 | 噶雜拉齊、噶匝爾齊 | 四品 | 掌管土地錢糧 |
| 商伯克 | 尚伯克 | 四品 | 掌管徵收、轉運糧賦 |
| 哈子伯克 | 哈資 | 五品 | 掌管刑名訴訟，為宗教法官 |
| 密喇布伯克 | 五品 | “職司水利、疏浚、灌溉之務” | |
| 訥克布伯克 | 五品 | 掌管工匠差役、營造事務 | |
| 茂特色布伯克 | 莫提色布依 | 五品 | 掌管伊斯蘭宗教事務，“不與民事” |
| 帕察沙布伯克 | 帕提沙布 | 五品 | 掌管巡捕、提牢 |
| 克圖瓦爾伯克 | 五品 | “辦理工程事務” | |
| 克勒克雅喇克伯克 | 柯勒克牙拉克 | 五品 | 掌管貿易、商稅 |
| 斯帕哈子伯克 | 斯帕哈資 | 五品 | 掌管貴族諍訟 |
| 拉雅哈子伯克 | 拉雅哈資 | 五品 | 掌管平民諍訟 |
| 哈喇都官伯克 | 喀喇都管 | 五品 | 掌管台站，修整兵械 |
| 木特漥里伯克 | 密圖瓦利、木特斡里 | 五品 | 掌管買賣田園、房產及其稅收，即瓦合甫的管理者 |
| 巴濟吉爾伯克 | 巴齊吉爾、巴濟格爾 | 六品 | 掌管稅務 |
| 阿爾巴布伯克 | 阿爾布 | 六品 | 管理派差催課，相當於鄉長、里正 |
| 明伯克 | 六品 | 分領回人頭目，相當於千總 | |
| 都官伯克 | 都管 | 六品 | 掌管公文檔案、驛館及移送官文 |
| 什和勒伯克 | 六品 | 掌管驛站糧草，協辦都官伯克事務 | |
| 巴克瑪塔爾伯克 | 巴克邁塔爾 | 六品 | 管理果園 |
| 鄂爾沁伯克 | 六品 | “征輸數十人糧賦”，相當於十戶長 | |
| 匝布梯墨克塔布伯克 | 雜布提墨克塔布 | 六品 | 掌管伊斯蘭宗教學校事務 |
| 哲博伯克 | 哲伯 | 六品 | 修造兵甲器械 |
| 色依得爾伯克 | 塞特里、都爾里 | 六品 | “巡察街道、園林、果木諸務” |
| 市琿伯克 | 七品 | 協助都官伯克辦事 | |
| 多博伯克 | 七品 | “征輸兩千戶糧賦” | |
| 玉資伯克 | 七品 | 徵收百戶糧賦，相當於百戶長 | |
| 都爾噶伯克 | 七品 | “阿奇木首領官” | |
| 巴匝爾伯克 | 七品 | “管理市集細務” | |
| 哈什伯克 | 七品 | “承辦采玉事務” | |
| 鄂克他克齊伯克 | 鄂克他克奇 | 七品 | “掌管宴會牲牽果品之屬” |
| 依爾哈齊伯克 | 七品 | 掌管修建城垣街市、開山修路 | |
| 阿爾屯伯克 | 七品 | 專管淘金 | |
| 喀魯爾伯克 | 七品 | 管巡視卡倫 | |
| 密斯伯克 | 挖銅伯克、采銅伯克 | 七品 | 駐庫隴勒、玉古爾采銅。 |
| 管銅伯克 | 七品 | 駐庫車、沙雅爾、阿克蘇 | |
| 采鉛伯克 | 七品 | ||
| 協辦旗務伯克 | 不詳 | 協助哈密郡王及管旗章京辦理旗務。僅設哈密二人。 |
