歷史發展
建立早期
中國戶籍制度創於解放戰爭末期。1948年中央社會部下發《新解放城市的公安工作介紹》檔案，指出：“戶口工作是管理城市的重要環節，是建立革命秩序、掌握社會動向，了解階級關係、限制壞人活動的工作基礎，是公安工作不可缺少的工作”。
1950年，公安部召開第一次全國治安行政工作會議， 明確了戶口工作的任務：“發現、控制反動分子，管制他們不許亂說亂動，……以鞏固革命秩序。”
1951年7月新中國首個全國性的戶籍法規《城市戶口管理暫行條例》頒布，《條例》只是“城市”的戶籍管理制度，戶籍的工作還局限在大中城市，農村的戶籍工作還沒有正式開展。最初的戶籍制度，並不限制民眾的居住和遷徙自由的，城鄉之間，城市與城市之間的人口流動並沒有特別的限制。《城市戶口管理暫行條例》第一條即開宗明義地說明：“維護社會治安，保障人民安全及居住、遷徙自由。”
農村戶籍
1952年，“三反”“五反”運動後，城鎮工商業開始萎縮，大量工商戶歇業停產，全國失業、半失業的人數約280萬左右。其中失業、半失業工人約有120萬。到1952底，全國無業者有376.6萬人。
城市失業嚴峻，大量農村人口又湧入城市，造成城鄉衝突。於是，政府干預農民進城。
1953年，中國開始執行第一個五年計畫，全面移植蘇聯的計畫經濟體制，優先發展重工業。而這一年也是戶籍制度統一的關鍵一年。最直接的影響因素之一，就是統購統銷政策。
統購統銷的實施，需要有準確的人口數據作為食品供應的依據。最便捷有效的措施，就是戶籍管理制度。此後，各地核對戶口，憑戶口簿簽發購糧證，此時戶口簿開始具有城鎮身份的效力。而在農村，也開始了農業集體化，遏制農民流入城市的勢頭。
在城市，糧食供應的方法比較粗放，“有組織的群總，可通過其組織，對一般市民，可暫憑戶口簿來購買”，由於城鎮居民用糧一般都是自定的，所謂審批大多流於形式，不少居民超出需要購糧。
而在農村統購中強迫情況嚴重，很多農民被迫賣了“過頭糧”，有的連飼料糧、種子糧、口糧都賣了；而城鎮的糧食計畫供應又開口過大，銷量大大超過規定指標，城市居民能吃到的糧食一般高於農村。
農民被過度徵購，雖然勞作更加辛苦，收入卻明顯減少，生存狀況持續惡化。於是從1954年春開始，大批農民紛紛背井離鄉，外出謀生。1954年的遷移人數為2200萬人，1955年上升為2500萬人，1956年又繼續加大，達到了3000萬。許多人流入城市後，有的生活無著流浪街頭，有的淪為乞丐，甚至偷盜犯罪。
問題暴露後，開始採取政策，遏制農民流入城市。在此之前，戶籍建設的重點在農村，這時，中央便加快了農村的戶籍制度建設步伐。
公安部制定工作計畫，針對戶口管理提出了兩點新要求，都是針對農村的，一是要求大中城市掌握農村流入大城市的人口變動；二是針對統購統銷以來農民緊張局勢，嚴格監視農村中心懷不滿的堅持反動立場的分子，及時打擊有現行破壞的反革命販子和刑事犯罪分子。
1955年春，農民的糧食被過度徵購，又遇上了天災，全國各地農民普遍發生鬧糧風潮。中央不得不緊急整頓統購統銷政策。
1955年8月，國務院正式頒布《農村糧食統購統銷定量供應暫行辦法》和《市鎮糧食定量供應暫行辦法》兩個檔案，把糧食的計畫供應指標就與城鎮戶口直接聯繫起來。在農村，實行糧食定產、定購、定銷（簡稱“三定”）的辦法，明確農民自己解決吃糧問題；在城市，在“按戶核實”供應的基礎上，規定對非農業人口一律實行居民口糧分等級定量供應。
隨著統購統銷政策的基本定型，中國對戶籍管理又做了相應的調整，一方面加緊了城鄉戶籍管理制度的建設，把“農業人口”和“非農業人口”在人口統計指標上劃分開來，一方面加強了對遷徙人口的管制，將原先有民政部掌管的農民戶口登記、統計工作統移交到公安部處理。
上述工作的開展，形成了新中國城鄉戶籍管理制度基本框架。戶口對民眾生活越來越重要。據北京、天津等城市1956年時的統計，公民經常需用戶口證件作證明的事項，即達30多種。
正式建立
1957年公安部給國務院的報告中，首次對憲法規定的公民居住和遷徙自由作出新的解釋：當前控制城市人口不但符合廣大人民根本利益，而且也符合廣大民眾的利益……正式為了保障公民真正居住遷徙自由的一種正確措施。《人民公安》雜誌進一步解釋：憲法上所指的居住和遷徙自由，是之不違背國家、人民利益下的自由，而不是不顧國家利益和集體利益的個人決定自由。所以，不準隨便遷移戶口，不違背憲法的規定。
1958年全國人大常委會以毛澤東名義簽署《中華人民共和國戶口登記條例》，《條例》在法理上沿用了上述公安部的解釋，標誌著中國城鄉二元戶籍管理制度的正式建立。
《條例》規定：公民由農村遷往城市，必須持有城市勞動部門的錄用證明，學校的錄取證明，或者城市戶口登記機關的準予遷入的證明，向常住地戶口登記機關申請辦理遷出手續。這是控制人口遷徙的基本制度，即農民要求遷入城市，需要先向擬遷入的城市戶口登記機關申請，城市戶口登記機關審查合格後，簽發“準予遷入的證明”，若審核不通過，就不能遷入。這實際上就是，戶口登記機關徹底控制人口遷徙，改變了建國以來人口自由遷徙的情況。
時任公安部部長羅瑞卿說明當時《條例》的制定目的：是“既不能讓城市勞動力盲目增加，也不能讓農村勞動力外流。”他還批評有的城市機關、單位“私自招工”，“向農村索要戶口”，或讓“從農村盲目流入城市沒有戶口的人員”長期居住。
1964年，國務院轉批公安部戶口遷移相關規定的基本要點時提出兩個“嚴加限制”：對從農村遷往城市、集鎮的要嚴加限制；對從集鎮遷往城市的要嚴加限制。1977年，國務院第一次正式提出嚴格控制“農轉非”，此後公安部具體規定了“農轉非”的內部控制指標，即每年從農村遷入市鎮的“農轉非”人數不得超過現有非農業人口的1.5‰。
改革時期
1992年，國家就成立戶籍制度改革檔案起草小組，並於1993年6月草擬出戶籍制度改革總體方案，提出了包括“取消農業、非農業二元戶口性質，統一城鄉戶口登記制度；實行居住地登記戶口原則，以具有合法固定住所、穩定職業或生活來源等主要生活基礎為基本落戶條件，調整戶口遷移政策”的改革目標。
2011年3月14日，溫家寶總理在北京表示，將積極穩妥實行戶籍制度改革。
2012年1月的北京市政府公報公布，其中發布的北京市“十二五”城鄉經濟社會一體化發展規劃指出，北京市將啟動戶籍改革試點，二元戶籍管理制度將向居民統一戶籍登記管理制度過渡。
制度取消
2014年7月31日，國務院公布的《關於進一步推進戶籍制度改革的意見》規定了建立城鄉統一的戶口登記制度。取消農業戶口與非農業戶口性質區分和由此衍生的藍印戶口等戶口類型，統一登記為居民戶口。這標誌著我國實行了半個多世紀的“農業”和“非農業”二元戶籍管理模式將退出歷史舞台，特大城市將實行積分落戶
新的戶籍制度將按照總量控制、公開透明、有序辦理、公平公正的原則，達到規定分值的流動人口本人及其共同居住生活的配偶、未成年 子女、父母等，可以在當地申請登記常住戶口。
社會評價
印度一位著名的農經學家、印度“綠色革命”的建構人斯瓦民納森說：“中國人對農業就業和非農業就業之間的就業創造有一套綜合的辦法，這是我們國家所沒有的。結果是印度到處充斥著都市貧民窟，無地的貧民飄移到孟買、加爾各答和馬德拉斯，過著最窮困的日子。”
產生問題
二元戶籍制度產生特權、貧富差距、地區差距、城市差距、身份歧視、省籍歧視、就業歧視、邊緣群體、弱勢群體、血汗工廠、農村貧困、城市犯罪、同命不同價、打工子弟學校、高考分數線差異，基本上都與二元戶籍制度有關。
