宮古群島方面、宮古島的宮國、新里、砂川、友利、池間、前里六村，伊良部島的伊良部、仲地、佐和田三村，多良間島的仲筋、鹽川二村以及水納島一共十二村被巨浪沖壞。其中宮國、新里、砂川、友利等地的房屋、石牆、樹木、土地都被破壞，即使村背較高地方的房屋也只有極少得以保存。而土地平坦的水納島被大浪衝過後，島上的人家更是完全被洗盪無存。被衝上岸的大小石塊和砂礫堆成石原。宮古群島各村共有1054間房屋被沖毀，25間房屋水浸。有些死者是村外人有事前來而罹難，亦有些是護船時被巨浪蓋過而死的。有些人被塌下的房子壓傷，性命垂危。亦有些村內人因去了別處而逃過一劫，也有些人抓著房壁木材等物漂流數日後獲救。安良村有一名叫津奴的百姓（庶民）被巨浪衝到礁外一里多的位置漂浮之際，一條長一丈余的鯖魚游到他的胯下把他托住，他知道鯖魚救他，就抱緊魚身。鯖魚把他送到礁邊堆著木材的地方，然後離去，津奴亦因此得以生還。
八重山群島方面，於辰時在八重山島東南方掀起巨浪，石垣、新村、登野城、大川、平得五村各有一半面積被巨浪洗盪，真榮里、大濱、宮良、白保、伊原間、安良、桃里七村盡毀，房屋全被沖走。八重山群島包括黑島、新城島及附近地區共十九村合共2123間房屋被沖毀，13間房屋水浸。
人命傷亡及經濟損失
宮古島海嘯導致共2548人溺死，包括1149名男性和1399名女性。田畝受損賦數二石六斗四升三合六勺，圃場損失賦數四百三十石八斗九升三合二勺三才。上木谷損失賦數七石六斗六升二合五勺七才，農作物損失合共四百四十一石一斗九升九合四勺。此外有一百零二町九端五畝二十七步土地荒廢，大小船隻共七十二艘損毀，403匹馬及238頭牛死亡，3座橋損毀。被水淹的土地共二十九萬九千四百坪，包括藻原六笏二百坪、茅原十二萬零一百坪、藪地二萬一千坪。有村番所六間、織布屋十六間、藍藏五間、船具屋一間被大浪沖毀。八重山的人命損失更為嚴重，共9393人死亡，包括4104男和5289女，死者包括大川村在番（地方官名）向成功（金城親雲上朝倚）及馬艦水手44名。經濟損失方面，大小船隻共31艘被毀，431匹馬和195頭牛死亡，桃林寺及權現堂、一宇岳總計八千二百坪被毀，包括拜殿一間、橋三座。被水淹的土地共三十七萬五千坪，薄原五萬七千坪、茅原六萬七千坪、藪地五萬坪、役座一間、在番直所三間、倉庫一所、各村番所三間及運糧馬艦船六艘都被沖壞。各村內即使有些房屋未被波及，大部份土地也被沖壞，農作物損失慘重，合共三百七十石二升三合一勺一才。共有七十九町五端八畝十六步的土地損毀、內、田畝損失賦數九十五石四斗二升一合七勺七才，圃場損失賦數二百七十四石一升二合七勺四才、上木谷損失賦數五斗八升八合六勺。
災後情況
善後工作
海嘯發生後，各番頭目（地方官員的一種）急召人民，分配工作，收葬海嘯死難者屍體。又派人到海邊搜尋屍首，就地埋葬。尚穆王得知災情感到震驚且哀傷，就派遣毛維文（龜川里之子親雲上盛喜）前往宮古島致祭和發放糧食賑災，讓失去財物或受傷的生還者有食物維持生命，安撫人民。尚穆王又擔心接近宮古島的八重山島又會發生海嘯，就命向允良（源河親雲上朝寄）前往當地巡察。向允良到達八重山群島就發放穀物賑災，設定祭台，放上祭品祭祀死難者，命令桃林寺住持弔祭。他又命筆者（書記）到向成功、兩名頭目及大阿母等人的墓前弔祭。當時死難者四處埋葬，但他們都死去不久，難以洗骨遷葬，向允良見狀就命人建石為記。尚穆王又認為土地和人命損失是自己的行為不當和政務失宜所致，日夜不安，於是在四月二十四日率領國相（攝政）尚和（讀谷山王子朝恆）、法司、御物奉行等官員到崇元寺、圓覺寺、天王寺參拜先王與妃，國相、法司等官員又參拜辨岳、末吉辨才天堂、識名觀音堂等宗教場所，五月初一又在普天間祈求國泰民安。尚穆王又下令僧侶於四月廿五至廿七日在圓覺寺、護國寺祈福，又盡發放儲谷至稼穡被毀、飲食缺乏的多良間島賑濟災民，並免除災民的賦稅。由於水納島房屋全被沖毀，大臣就請求尚穆王免除當地居民的賦稅。又因為宮國、新里、砂川、友利等村死者多，但圃場損毀較少；而長濱、前里、佐和田、國仲、仲地等村土地損毀嚴重，缺乏圃場，大臣就請求尚穆王把宮國等四村原有戶籍轉移到各村背後高地，把長濱等五村戶籍轉移至宮國等四村。
向允良回到首里，請求尚穆王讓八重山各被毀村落擇地重建，又請求把平久保村人民編入安良村戶籍、把竹富村人民送到富崎地方建新村。再請求尚穆王修正人丁數目，死難者下一年就不用再繳稅。尚穆王又派遣使者致祭，並褒賞有功者。
褒賞有功者
海嘯發生後，有些人雖然失去家園和至親，但仍然出力救助其他生還者和埋葬死難者，這些人被視為有功者，獲朝廷褒賞。在八重山群島，巨浪初退時，人們都害怕又有巨浪來襲，紛紛慌張逃走，並沒有救人和收屍之心；唯獨大川與人大濱築登之（與人為職稱）在漂流時見人們只顧逃走不去救人，就大聲叫各村沒有受傷的人拯救被家具、木材壓住的人，又搬運名藏村的稅米到石垣村等四村讓災民充飢。又撈出被淹浸的穀物煮成粥和飯讓救人者吃。大川村在番向成功（金城親雲上朝倚）不知所終，後來他的屍首被人於海邊尋獲並埋葬。這時出差在其他島嶼的在番筆者和頭目得知災難之事，即召集離島的役人一起回到大川村。次日在番筆者和頭目先回到大川村，役人則駕小舟數十隻於較後時間回來，然後一起救治傷者和埋葬死者。而大濱築登之的妻子被石牆壓死，弟弟和兒子都溺死，母親被壓至危殆，雖然有妹妹和兒子調理，但七天后終於去世。大濱築登之遭逢巨變，正在嘆息。後來新任在番和各役員把他的事跡上報朝廷。除大濱築登之外，尚有其他人在災後忍受喪親之痛的同時仍然參與救災和善後工作。其中番筆者容以善（真榮田築登之親雲上義傳）的次子容良龍（真榮田子義篤）在海嘯中被溺斃，上原與人的父親、妻、子、孫被浪沖走。雖然他們和大濱築登之都哀痛度日，但他們並不急著辦理喪事，反而仍然出來勸其他役員晝夜遍巡各村和收屍，並調查損失的田圃物件，趕緊派快船上報朝廷。他們又擔心當地因土地被沖壞而缺糧，就馬上下令種植番薯，對各項事務皆盡心盡力管理。他們的功勞被報上朝廷，尚穆王就賞他們上布各三疋。
