建設歷程
中普陀寺早在“洞靈寺”時，這裡只有一座小得不能再小的佛殿，寺務處旁邊一座同樣破舊，但有著兩百餘年歷史的神廟，佛殿前面則是高聳且冒著黑煙的大煙囪以及磚廠。整個佛殿周圍，滿山的墳墓使人一走進頓時升起一股荒涼之感。
由於磚廠前面就是廣闊的灘涂，每當海水漲潮，這裡必將淹沒。如果要去“洞靈寺”，必須要翻山而下才能到達。除此之外，這座島嶼的交通極不便利，由於當時還未修建跨海大橋，因此島民出行、貨物運輸全靠輪船解決，而且即便是去離島最近的溫州城區，坐快艇也得70分鐘左右。若是遇上颱風或者大風天氣，幾天無法出島，也是家常便飯。
中普陀寺除了環境外，這裡幾乎沒有正宗的佛教寺院，更別說專門的觀音道場，而且已經建起來的寺院或神廟，大多都是島民自發修建的，由於資金等問題絕大多數規模很小。
此外，一些信眾雖然有信仰，但分不清道教和佛教。用當地人的話說，“看到什麼拜什麼。”中普陀寺就是在這樣的環境裡開始發展起來的。
據信眾回憶，當時他們非常希望找到一位好師傅去建寺弘法，將正宗的佛教帶到洞頭。而當得知在潮州開元寺任監院的芳振法師表示願意過去看看時，他們幾乎興奮地睡不著覺。當即找到芳振法師請求他過去看看。
中普陀寺由於擔心這裡環境太差，芳振法師不願留下來，跟隨芳振法師視察位置的信眾一個勁地說“前面還可以再蓋一座殿，房子還可以修得再漂亮一些。”但等見到開元寺的輝煌和宏偉後，這些信眾都以為芳振法師不會過來了。
其實，環境多差，芳振法師並不在意，因為他發現這裡是塊建觀音道場的寶地。法師說，他決定過來原因有三：一是，當時洞頭信眾排隊迎著海風迎接自己的場景，讓他感到這裡的民風淳樸
於是，一場翻天覆地的變化在原有的“洞靈寺”的基礎上展開了。
奠基
中普陀寺1999年，還未辭完身上職務的芳振法師先來到當地為天王殿舉行了奠基儀式，氣勢宏偉的天王殿次年全部完工。2001年，數層高的齋堂開始建設，日後這裡成為法師休息和辦公的場所，同時也是當年芳振法師閉關的修行之所。
閉關
芳振法師說，當時閉關時，齋堂還未完全建好，幾乎是“毛坯房”的樣子。之所以急著閉關，主要是考慮到未來中普陀寺一旦大規模建設起來，已經繁忙的他可能更加繁忙，所以得趁著年輕，雜事還少的時候。
4年的閉關生活，整箇中普陀寺的建設暫時停頓，直到2004年，芳振法師出關。那一年，芳振法師出關後的第一件事，就是修建圓通殿，這也意味著中普陀寺的建設重新開始。經過一年的建設，圓通殿成功建成。按照信眾的說法，當時中普陀寺每天都有新變化，而這種變化總能帶給她們一些驚喜。
拆除舊殿
中普陀寺很快，麻煩開始找上了芳振法師。2005年，芳振法師決定拆除“洞靈寺”的老殿，用於建成戒壇。這一舉動，讓當時曾經參加過建設老殿的居士不理解，認為把他們的心血給拆掉了，甚至跑到政府、佛協去上訪，去反映。
不過，這些都沒有動搖芳振法師的信心。他明白，老殿無論從規模、風格等都與之前的建築格格不入，要想達到和諧、統一，就必須拆除。“看準了就去做，不要顧慮太多，做該做的事情，到最後大家都會明白，都會理解。”芳振法師說。而事實上也正是如此。當老殿被拆原址，一座呈四方形且莊重而大氣的戒壇矗立起來的時候，那些極力反對、聲稱再也不來寺院的居士們，又重新找到了法師，說攢了一些錢，想幫助法師建寺。
財神殿
當年除了修建戒壇，同時開工建設的還有財神殿和媽祖殿。佛殿裡面為什麼有財神殿和媽祖殿？芳振法師說，財神其實是佛教專屬的，從行政級別講它是比較低的，屬於天王殿裡面，毗沙門天王門下主管財富的副將。“級別雖低，但老百姓對他的需求很大啊。”
媽祖廟
而媽祖不是海神嗎？怎么佛教寺院怎么會建媽祖呢？芳振法師稱，其實是信眾其對淵源不了解。其實媽祖的身份是佛教徒，從福建莆田地方志記載，媽祖姓林名默，俗稱林默娘。媽祖出生吃素不吃葷，她跟母親一起念觀音經，拜觀音菩薩。從小薰陶成樂善好施的品質。傳說她很多事情能夠無師自通，包括采草藥，給老百姓治療各種疾病。
媽祖死後，受過恩惠的人建廟供養她，由於顯聖的事情很多，慢慢驚動了朝廷，從宋元明清數代開始，朝廷對其加封從天妃一直封到天后，此後更是不斷加封，名號加到50多個字之多。
芳振法師說，如果從佛教觀世音菩薩32應身裡面角度來說，可以說媽祖是觀世音菩薩的化身，民俗將媽祖當神來祭拜，用豬羊來供養，這種做法其實不大妥當。因為媽祖有生之年已斷殺生，長期吃素，但那裡的人們反而用這些犧牲去祭祀她，從某種角度來講，這是一種褻瀆。“從地位上面來講，我們給予她護法神的位置，從傳統上面來講，跟佛教教理不相違背的，是相通的。滿足當地其他信徒的要求，同時也不違背佛教的教理教義。“做到佛教里的皆大歡喜，也體現佛教的包容。”
信眾捐款
一座寺院的建設，資金必不可少，而如此龐大的資金，又如何解決呢？芳振法師說，最初的資金來自自己的信眾。他講述了一段故事：當時他決定到洞頭建寺，帶著兩位在潮州開元寺與自己結緣的居士，一同上島。當自己指著滿地瘡痍的山頭說，要將這裡如同“華嚴經”里觀音住所普陀洛伽一樣，兩位居士甚至瞪圓了眼球，連稱“開什麼玩笑，這裡怎么比得了普陀山呢。”
“觀音菩薩遠在極樂世界自在解脫，卻跑到娑婆世界來尋聲救苦。佛教的人生價值不在於享受而在於奉獻，在沒有佛法的地方建立道場廣結善緣才是功德無量。”面對居士的極力反對，芳振法師的一席話令對方無言以對，唯有支持。而最初建設中普陀寺的資金，就來自於這兩位居士的四百萬功德款。
為了建寺，芳振法師平日非常節儉，能不開銷的儘量不開銷。這也讓信眾們看到他建寺的決心，紛紛想法設法提供各種幫助。芳振法師說，中普陀寺的建設與信眾們大力支持密不可分。
有信眾稱，當時大家考慮到法師外出方便安全的問題，曾提議為其購置車輛，但法師一直都不同意，“法師說不如折現用來建寺吧。”拗不過法師的信眾只好照辦。如今供法師出行的車輛，還是信眾反覆勸說才得到允許的。
放生池
中普陀寺資金問題解決了，中普陀寺的建設更加迅速。2006年，雄偉的山門面海而立，高約兩層樓、慈眉善目的觀音像矗立在山門後，每當悠揚的晨鐘響起，迎接著四處趕來的香客。
同時，國際放生池也建造成功，並成功舉辦了千人放生大會，近3000信眾前來觀看。當時，一同參加放生大會的惠州永福寺住持妙峰法師，會後還感慨芳振法師的統籌能力與溫州信眾對佛的虔誠。他說，“芳振法師在法會上突出說明了放生的意義，
建設日臻完善
此後的2007年，中普陀寺修建了類似四合院的念佛堂，專門供居士念佛修行。2008年，用於供奉先祖和逝者的海會塔建成。芳振法師說，當年拆遷的墓地，大多都被後人供奉在了塔內。如今，山門前的廣場砌起了三乘石雕，供香客休息的雲水堂也已經修建完畢。
中普陀寺的發展使得美籍華人美國庫克大學副校長黃天中驚嘆不已。去年夏天，他在市委副書記陳艾華的陪同下前來寺院參觀後，將平生數十年收集於世界各地的百餘尊觀音像通過洞頭縣政府送給中普陀寺收藏。
佛家有云：“法不孤起，丈境方生。道不虛行，遇緣即應。”藉此勝緣，中普陀寺成立了觀音文化研究會，並建立展覽館，裨使觀音大士的慈悲精神能廣以傳布。
如今，用“曲徑通幽處,禪房花木深”來形容中普陀寺，並不為過，而用“萬籟此俱寂,惟聞鍾磐音”來形容這裡的氛圍，也不出奇。也許，1當地人並不相信這裡會成功，但10年後，他們不得不信。
發展歷程
1999年：天王殿奠基2000年：天王殿落成，廚房、齋堂奠基
2001年：僧寮落成
2002年：鐘鼓樓奠基建成
2001年至2004年閉關
2004年：圓通殿奠基
2005年：圓通殿落成，老殿拆除，建戒壇，同年建財神殿、媽祖殿，和石牌坊
2006年：建放生池及天王殿前台階、欄桿，同時念佛堂奠基，建成東西長廊
2007年：念佛堂落成，海會塔奠基
2008年：海會塔落成
2009年：廣場三乘石雕落成，觀音文化研究會成立，觀音聖像陳列館開館，並舉辦第一次研討會，雲水堂奠基
2010年：雲水堂落成，成立中普陀公益協會
2011年：修建海會塔道路及其周邊配套工程，圓通塔奠基
