簡介
中國科學院上海巴斯德研究所中國科學院上海巴斯德研究所是根據中國科學院、上海市和法國巴斯德研究院2004年8月30日簽署的合作總協定建立的研究機構。2005年7月開始運行。現任所長為杜文聖研究員，聯合所長為孫兵研究員。
宗旨
根據國家公眾健康需求，通過面向套用的基礎研究、為公眾健康服務和教育，為傳染性疾病的預防和治療做出貢獻。研究生教育包括碩士和博士研究生培養、專業人員的培訓結合中國科學院和巴斯德研究所國際網路的資源優勢，努力創造國際化的教育和培訓環境，為生物醫學界培養高質量的創新型人才。
主要任務
三方將共建中國科學院上海巴斯德研究所簽字儀式傳染病（特別是病毒性傳染病，包括愛滋病、呼吸道疾病如SARS和禽流感、肝炎、腦炎等）的致病機理研究; 基於基礎研究，發展公眾健康事業所需的套用技術，建立生物醫學技術平台；開發新的診斷技術、預防疫苗和治療藥物；開展傳染病及其防控知識的教育與培訓活動；建立企業孵化器，把研究成果推向實際套用。
學科布局
上海巴斯德所恪守使命，力爭在分子病毒學和抗病毒免疫領域成為國際一流研究機構，為傳染性疾病預防與控制作出貢獻。研究的戰略方向主要集中在基礎研究和轉化型研究：
1、 病毒的分子生物學，急性或慢性感染的機制；
2、免疫應答機制和病毒感染調節；
3、新型疫苗研發。
科研隊伍與人才培養
研究所共有人員117人（截止2008年12月）。其中科研人員101名，包括研究員11名、副研究員3名，研究助理/助理研究員37名、研究生49名、博士後 2名，另有10名管理人員和6名技術支撐人員。
研究所的研究生教育包括碩士和博士研究生培養，結合中國科學院和巴斯德研究所國際網路的資源優勢，努力創造國際化的教育和培訓環境，為生物醫學界培養高質量的創新型人才。
戰略目標
中國科學院價值理念(科學、民主、愛國、奉獻；唯實、求真、協力、創新)，和"巴斯德理念"(高水平研究、積極參與公共衛生健康事業、致力於教育培訓)指導上海巴斯德所的行動和倫理準則，滿足公共健康的需求。
研究所組織體系上海巴斯德所通過研究、參與公共衛生健康事業、教育培訓致力於為傳染病預防和治療做出貢獻。重點開展以下活動：
1、傳染性疾病特別是重大病毒性傳染病的研究(愛滋病、呼吸性疾病包括SARS和禽流感、B肝和C肝、腦炎等)
2、積極參與公共衛生健康事業，通過高水平研究為完善高效流行病監測體系和新生病毒鑑定做出貢獻。
3、搭建生物技術平台，為發展傳染病診斷、疫苗和治療藥物服務。
4、針對傳染病和傳染病預防與控制的培訓和教育
5、將來開展技術轉讓，將研究成果轉化為套用，服務於科研，包括建立企業孵化器，根據需要提供各種技術服務。
上海巴斯德所致力於成為傳染性疾病領域具有國際先進水平的研究機構。上海巴斯德所的研究重點首先是與中國密切相關的疾病，如愛滋病,SARS, 流感、B肝病毒和C肝病毒引起的肝炎、以及人畜共患病，如對人類健康和生命威脅最大的禽流感和日本腦炎。上海巴斯德所在病毒的基礎和套用研究方面已經取得重要進展，為其在新生病毒性疾病及其治療和預防領域成為先進水平的研究中心奠定了基礎。在急性呼吸性疾病研究領域，由法國巴斯德研究所協調的一個亞太地區國際合作研究聯盟已見成效。2006年末，我們啟動了肝炎和其他腫瘤病毒的項目，開展新的愛滋病研究項目將成為未來幾年工作的重點之一。
籌建歷程
簽署合作意向書
合作意向書的簽訂2004年1月8日，在中國國家主席胡錦濤和法國總理拉法蘭的見證下，中國科學院副院長陳竺和法國巴斯德研究所所長菲利普·庫里爾斯基簽署了中國科學院與法國巴斯德研究所建立上海巴斯德研究所的合作意向書。
簽署合作總協定
2004年8月30日，中國科學院、上海市人民政府和法國巴斯德研究所在上海簽署建立中國科學院上海巴斯德研究所的合作協定，中國科學院副院長陳竺、上海市副市長嚴雋琪和法國巴斯德研究所所長菲利普·庫里爾斯基出席了簽字儀式。
揭牌儀式
研究所揭牌2004年10月11日，中科院上海巴斯德研究所舉行揭牌儀式，法國總統席哈克、中科院副院長陳竺、上海市副市長唐登傑共同為研究所揭牌
科研組進駐
經過專家委員會嚴格選拔，2005年7月，第一批4名科學家被聘任為研究組長，並正式在上海巴斯德所建立實驗室。
學科發展方向
上海巴斯德所的學科戰略規劃以創新和競爭的科學研究為基礎，主要研究方向是：
病毒分子生物學與感染和毒性機理
1、人類重大病毒性傳染病的基礎生物學問題，主要包括以下病毒：HIV、乙型及C型肝炎病毒、冠狀病毒、流感病毒、節肢動物攜帶病毒；
2、新生病毒性傳染病的病毒鑑定：病毒侵入、複製和形態發生機制；
3、RNA病毒聚合酶的分子特徵及調控；
4、病毒宿主相互作用，病毒致病分子機制及致瘤機理。
病毒感染的免疫應答與調節機理
學科房展方向1、病毒感染的天然和過繼性免疫的應答和調節機理；
2、病毒感染的天然免疫的信號機制，尤其是細胞內MAP激酶通路和TLR信號通路；
3、免疫調節及新型免疫治療方法。
新型疫苗和疾病預防的研究
1、針對威脅公眾健康的主要病毒，基於重組技術的惰性分子或活載體誘導的長效免疫應答開發新型疫苗；
2、建立合適的相關動物模型開展病理學和疫苗前期臨床研究。
微生物高效表達系統和重組技術研究
1、發展微生物高效表達系統與重組技術，研究微生物的結構與功能蛋白；
2、研究結構病毒蛋白和功能病毒蛋白之間的關係；
3、運用高通量篩選技術，從傳統中藥篩選抗病毒分子。
建立先進生物分子學平台
上海巴斯德所已建成或將建立新型診斷技術、疫苗和藥物研究平台：
1、“人類病毒組學”平台，包括生物安全實驗室、細胞培養技術、多重、實時PCR，生物晶片，對導致嚴重病毒性傳染病的病原進行快速鑑別的測序技術；
2、基於慢病毒假病毒顆粒的生物技術平台，開展病毒細胞相互作用、侵入和形態特徵、病毒的穩定性，以及高通量抗病毒藥物篩選或中和抗體滴定試驗等基礎研究；
3、建立一個高等級無菌動物實驗中心，用於人源細胞重構免疫缺陷小鼠的使用及維護，為臨床前期實驗提供實驗依據。
公共衛生
國家級國際合作中心在中國，病毒性肝炎、肺病、腦炎和愛滋病是影響人們生活健康的主要疾病。上海巴斯德所 致力於診斷、疫苗和抗病毒等研究工作，為公共衛生機構制定全球戰略來預防和控制這些疾病做出貢獻。巴斯德曾經說過：沒有基礎研究和套用研究之分，只有二者互利而形成的一種研究。上海巴斯德所積極面對病毒發現的挑戰，向合作者開放病毒組學研究平台，包括用於新生病毒鑑別和特徵描述的基因組學、蛋白質組學和圖象解析、血清診斷、抗病毒分子篩選和中和抗體分析：
1、上海巴斯德所的研究人員與高校、醫院和公共衛生中心建立了合作研究項目，共同努力為公共健康事業做出貢獻。由於流行病通常是由野生宿主所引起的，因此上海巴斯德所與華東師範大學合作，對鳥類和蝙蝠中的人畜共同傳染的病毒（禽流感、日本腦炎和狂犬病病毒）進行監控。我們的禽流感快速診斷技術已經可以在現場套用。將來一旦有禽流感爆發，這項技術可以投入使用。
2、為中國南方不明來源兒童腦炎研究項目提供技術支持；
中國疾控中心與上海巴斯德研所合作3、通過提供培訓和技術轉讓，深入開展與醫院和公共衛生機構間的合作項目，加強醫學能力建設；
4、上海巴斯德所每年舉辦環境因素對新生傳染性疾病的影響論壇，邀請國內外專家研討預防和控制流行病的對策；
5、研究致病性病毒需要嚴格的生物安全程式，上海巴斯德所非常重視對研究人員和學生的生物安全培訓包括在在生物安全實驗室的操作培訓，使他們養成良好的實驗室操作習慣。
感謝法國衛生部、法國外交部和一些基金會及機構的支持，上海巴斯德所已參與到傳染性疾病檢測與控制的國際合作中
國際合作
巴斯德研究所國際網路
急性呼吸道研究行動計畫位於亞太地區的巴斯德研究所成立了一個地區協作組織。協調 “基於研究的急性呼吸道感染應對機制合作項目” ( RESPARI: Research-driven response to Acute Respiratory Infections, www.hku.hk/respari)。各研究所在與呼吸道病毒感染相關的臨床與流行病、診斷、疫苗和抗病毒研究領域中共享技術、試劑、生物製品。該項目形成了國際科學界一個獨特的相互促進與合作的聯盟，接受外部國際科學與專家委員會的建議和支持。該項目得到了法國衛生部和李嘉誠基金會的資助。
東南亞地區流行病學監測與調查項目
東南亞地區流行病監測與調查上海巴斯德所參加了“東南亞地區流行病學監測與調查項目” (Surveillance and Investigation of Epidemic Situations in Southeast Asia-sisea)， 目的是加強地區傳染病的監測和應對能力。該項目由法國發展署(http://www.afd.fr/jahia/Jahia/op/edit/lang/en/home)資助。上海巴斯德所與在高棉、寮國和越南的巴斯德所都參加了該項目，上海巴斯德所致力於研究新的快速病毒診斷與檢測技術，提高網路中參照實驗室的技術和改善該項目所覆蓋國家的流行病預警體系。2007年8月，上海巴斯德所對亞太地區巴斯德網路的成員進行了“關於多重實時PCR在呼吸道病毒診斷中的套用”培訓，傳授了當前套用於呼吸道病毒診斷的分子技術。
與法國巴黎巴斯德研究所的橫向合作
上海巴斯德所和法國巴黎巴斯德研究所的兩個課題組之間建立了橫向合作，對日本腦炎和西尼羅黃病毒減毒分子標記進行鑑別。這個研究項目將為研究與開發穩定的基於重組減活病毒的疫苗開闢新的途徑。
其他國際合作項目
2006年，上海巴斯德所參加了歐盟關於禽流感的兩個研究項目，分別是FLUINNATE(Innate Immunity in Influenza Virus Infection of Mammalian Airways, www.fluinnate-project.eu)（哺乳動物流感病毒感染的呼吸道固有免疫研究）和RIVERS(Resistance of Influenza Viruses in Environmental Reservoirs and Systems, www.rivers-project.eu)（環境宿主和系統中流感病毒抗性研究）。這兩個項目將有助於研究人員在禽流感領域的研究在最短的時間內到達國際先進水平。
