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中國是最早開展水運科學研究的國家之一。據《易經·繫辭》記載，“伏羲氏刳木為舟，剡木為楫”。公元前486年，中國已開始開鑿大運河。公元前219年，為溝通長江和珠江水系，修靈渠，建陡門，這是最早的通航建築物。在漢朝，就有了天文導航方面的著作，後來又將指南針用於船上，證明古代中國的水運科學研究已具有相當高的水平。
現代水運科學研究著重於運輸和工程船舶的專業化、大型化、自動化，以及船舶節能、安全等許多複雜的技術問題；在船舶導航和通信技術方面，由於無線電導航技術日臻完善，已向衛星導航、衛星通信體系發展；在港口建設上，著重研究碼頭結構大型化和外海泊位施工的技術問題，以及各種專業化碼頭的完整、高效的裝卸系統；在內河航道整治方面著重研究河床演變規律，水工建築物對水流和河床形態的影響，以及河口淤積等問題，並研究內河航道建設上的各種施工技術和通航建築物問題；在運輸管理上，研究貨櫃化、水運業務電子計算機管理系統，並向電子計算機網路化發展，以實現最最佳化運輸。
科研機構 中國從事水運科學研究的機構主要有三種類型，即：全國性專業科研機構，高等院校所屬科研機構，企業和地區性科研機構。
全國性專業科研機構有：①交通部水運科學研究所，1956年在北京成立，是水運系統綜合性科研單位，設有運輸經濟和組織管理、港口裝卸機械化系統、港口電氣設備及水域環境保護系統等研究室，備有相應的試驗研究設備。全所有科研人員 200多人。②交通部上海船舶運輸科學研究所，1962年成立於上海，主要從事運輸船舶、航海技術和水運經濟和管理方面的研究工作，如新船型、新的船舶機型和設備、航海新技術、通信和導航儀器、船舶防污防腐和油料技術、船舶自動化、節能技術、計算機套用技術、船舶性能、船舶結構及技術衡準，以及水運經濟和管理等方面的研究工作。全所科研人員約600人。科研所建有長192米、寬10米、深 4.5米的船模試驗水池,風機功率1600千瓦和800千瓦增壓器試驗室，船舶自動化試驗室，電子計算中心以及雷射試驗室等。③南京水利科學研究院，1935年成立於南京，原名中央水工試驗所。是水利部和交通部領導的面向全國的水利綜合性科研所，主要承擔水利工程、港口航道工程和水電工程中帶關鍵性、方向性和普遍性的試驗研究任務，以及理論方面的研究工作。全所科研人員 400多人。科研所建有水工試驗大廳、高速水流試驗室、減壓箱和水洞試驗室、高水頭船閘試驗室、滲流試驗室、同位素試驗室、水槽試驗廳、結構試驗廳、光彈試驗室、結構動力試驗室、土工與材料試驗室、電子計算機房等16個試驗研究場所。④交通部天津水運工程研究所，1974年成立於天津，主要研究內容有：海岸、河口泥沙運動規律和減淤措施，內河航道泥沙運動規律、河床演變及航道整治，港口工程、港工結構和通航建築物，以及港口水域污染調查和防污措施。全所有科研人員 100多人。⑤海洋水下工程科學研究院，1978年成立於上海，業務受交通部和石油工業部領導，主要從事潛水作業、潛水生理醫學、打撈工程等試驗研究。全所研究人員近100人。
高等院校所屬研究機構有：大連海運學院航海科學研究所、上海海運學院水運經濟科學研究所、武漢水運工程學院水運工業研究所。
企業和地區性科研機構主要設在港口、航運、港工、航道、救撈等企業和水運比較發達的廣東、福建、浙江、江蘇、安徽、湖南、湖北和台灣省，研究與本企業或本地區的水運生產及經營有關的各種問題。
