層級分配
中國水文事業的管理機構，分中央、流域和地方、基層等三級。
中央機構
中華人民共和國水利電力部水文局，主管全國水文事業，包括制訂水文事業的方針政策、長遠規劃和審定年度計畫；
同時擔負中央一級水文情報、預報服務,組織協調部門之間有關水文事業；
此外，還定期出版水文科技綜合性刊物《水文》雜誌。
水利電力部直屬的各勘測設計院均設有水利水文計算機構，水利電力部直屬的各工程局設有施工水文預報機構。
流域和地方機構
水利電力部在全國各大江河流域分別設定流域水利機構如長江流域規劃辦公室、黃河水利委員會、治淮委員會、珠江水利委員會、海河水利委員會和松遼水利委員會。
這些流域水利機構分別主管流域內的重大水利建設。各省、自治區、直轄市人民政府設水利（電力）廳（局），主管其境內的水利建設並接受水利電力部的業務技術指導。
流域和地方水利機構內分別設有水文局、水文處或水文總站，統管其範圍內的水文事業。流域與地方水文事業的分工由水利電力部水文局協調。
各省、自治區、直轄市的水文總站和長江、黃河兩個流域機構的水文局按水系或按地區設水文派出單位；流域機構的派出單位稱水文總站，地方的派出單位則稱水文勘測隊或水文分站。這些站、隊直接領導各種水文測站。
基層組織
根據站網的類型、性質和內容設立各種水文測站如水文站、水位站、雨量站、實驗站、水質監測站和地下水站（觀測井）等。
