下設11個職能處室：黨委辦公室（組織人事處）、綜合秘書處、政策法規處、計畫財務處、貸款管理處、歸集管理處、審計稽核處、信息管理處、技術開發處、事務受理辦公室、網站管理辦公室。下設11個區（縣）管理部：市區、寶山區、嘉定區、浦東新區、青浦區、閔行區、南匯區、松江區、奉賢區、金山區、崇明縣。
上海市公積金管理中心主要職責：
1 、貫徹執行有關住房公積金管理的法規、規章和政策；結合本市實際，擬訂住房公積金具體管理辦法和措施，經市住房公積金管理委員會審議通過後實施。
2 、編制住房公積金的歸集、使用計畫，經市住房公積金管理委員會批准後組織執行；編制住房公積金歸集、使用計畫執行情況的報告。
3 、負責記載職工住房公積金的繳存、提取、使用等情況，建立職工住房公積金個人明細賬，向職工發放繳存住房公積金的有效憑證。
4、 編制住房公積金的預算、決算，經市財政局審核，報市住房公積金管理委員會審議後組織執行。
5 、負責住房公積金的統一核算；負責住房公積金的保值、增值和歸還，提出住房公積金增值收益分配方案，經市財政局審核，報市住房公積金管理委員會審議後執行；申請並辦理住房公積金呆壞帳的核銷。
6 、負責住房公積金的歸集；經市住房公積金管理委員會批准，審核、辦理單位降低住房公積金繳存比例或者緩繳的申請；審批住房公積金的提取和個人住房公積金貸款的發放。
7 、提出本市住房公積金的具體繳存比例，經市住房公積金管理委員會審議後，報市政府批准，並負責組織實施繳存比例和基數的調整。
8 、對區縣公積金中心、受託銀行的住房公積金委託業務進行指導、監督和考核。
9 、擬定住房公積金年度財務報告，報市住房公積金管理委員會審議通過後，向社會公布。
10 、監督單位住房公積金的建立、繳存情況，對違反住房公積金管理規定的行為實施行政處罰。
11 、負責住房專項維修資金、住房補貼等房改資金的管理。
12 、承辦市人民政府以及市住房公積金管理委員會決定的其他事項。
