早年生涯
上村彥之丞蔚山海戰
日俄戰爭爆發後，俄國海軍駐海參崴基地，由3艘裝甲巡洋艦（格羅姆鮑伊號、俄羅斯號、留里克號）為基幹組成的巡洋艦分艦隊，在雙方公告開戰的當天，就出現在日本海域，進行破交作戰。這支分艦隊頻繁出擊，給日本海上運輸造成相當大的麻煩。尤其6月15日俄海參崴分艦隊在對馬海峽附近擊沉日本的“常陸丸”、“佐渡丸”（一個近衛團的陸軍官兵葬身海底，並損失了18門攻城重炮）。當擔任海峽警備任務的日本聯合艦隊第二艦隊趕到現場時俄艦早已全無蹤影。海參崴分艦隊繼續沿日本本州島西海岸向北掃蕩，擊沉3艘、攔截4艘並俘虜2艘貨船後，平安返航。日本舉國譁然，聯合艦隊第二艦隊司令上村彥之丞中將的家宅被民眾搗毀。7月海參崴分艦隊穿過津輕海峽，沿日本東海岸南下，擊沉了多艘貨船，並出現在東京灣附近海域，京畿震動，日本集結大規模兵力攔截，而俄艦隊再次平安返航。
8月12日，俄海參崴分艦隊南下對馬海峽，接應駐旅順的俄國太平洋艦隊突圍撤往海參崴（該艦隊已於8月10日被擊潰）。 8月14日凌晨，海參崴分艦隊在對馬海峽遭遇聯合艦隊第二艦隊的4艘裝甲巡洋艦（出雲、常磐、磐手、吾妻）。 5點20分，日艦開始炮擊。日艦在數量、火力、航速方面占有優勢。俄艦試圖突破日艦攔截。位於艦列末尾的俄艦留里克號在日艦重點打擊之下舵機受損脫離佇列，喪失戰鬥力。俄艦試圖救助留里克號，最後放棄。8點30分，俄艦格羅姆鮑伊號、俄羅斯號通過不斷機動突破日艦堵截。日艦磐手號受傷先行返航，吾妻號發生故障，最終日艦放棄追擊。留里克號為避免被日艦俘虜自沉。
上村將軍之歌
這時，上村彥之丞命令全艦停止追擊，救助落水的乘員。因為是救助了600人以上，基本上就是全員。由於當時艦上有外國的觀戰記者，所以這件事在全世界都被報導。到此為止上村艦隊到處追趕波羅的海艦隊，總是沒有成果。波羅的海艦隊在日本海到處襲擊運輸船、甚至出現在東京灣附近臨檢、擊沉英、德船隻。因為這個，上村艦隊在日本國內名聲不好，甚至被批判為“露探（俄國間諜）”。正是因為對“留里克”號乘員的救助，使輿論一下子變成了讚嘆之聲。後來還為這件事專門譜寫了一首軍歌：《上村將軍之歌》。在日本海軍中，升到少將以上一般就叫提督了，可是不知道為什麼只有上村被稱作將軍。那首歌，歌詞很好。後來的日本海軍，經常在軍歌演習的時候唱那個上村將軍之歌。可是，雖然讓唱這歌，卻不支持按照歌里唱的去做。說是，下次的戰爭的時候，不能因為美軍官兵漂在海上就乾幫助他們這種傻事。
日本海大海戰
而後參加了著名的對馬海戰，在波羅地海艦隊的正前方，雖然這么說但也有8000米左右的距離。一齊回頭的時候，第二艦隊也緊跟著，不久就給予俄國艦隊先頭艦“蘇沃洛 夫”號、“奧斯利亞比亞”號以集中炮擊。戰鬥約30分鐘，以為勝負已分的時候，一直被日本聯合艦隊壓制住，向東向東行進的三號艦“博羅地諾”號開始嘗試正面突破，向北轉向。看到這個，東鄉長官命令艦隊再次掉頭。當然，上村的第二艦隊也跟著行進。可是，“博羅地諾”號似乎察覺到日本艦隊的動作，停止北進再次向東轉舵。東鄉判斷錯誤，居然跟了下去。
上村長官的眼裡、認為博羅地諾號是無意識轉向，他的參謀佐藤鐵太郎中佐也做出了“蘇沃洛夫公爵號是舵機故障”的判斷，於是上村果斷地做了一個“抗命”的決定，他沒有跟著第一戰隊一起轉彎，而是直接插了下去，還是壓在波羅的海艦隊的前面。如果按照命令，跟在東鄉艦隊後面也掉頭的話，就被“博羅地諾”號 以下俄國艦隊逃掉了。日俄戰爭以後為了維持東鄉平八郎的“聖將”形象，軍令部一直將這次第一戰隊180度大轉彎瞞了下來，真相一直到二戰日本海軍徹底戰敗以後清算歷史時才被重新提起。
因此，上村艦隊獨斷專行，停止掉頭，直進追擊“博羅地諾”號的向東南方。就這樣，接近至3000米左右，展開猛烈的炮擊戰。當時的海戰，6000米就能夠命中，所以說3000米就是撞擊覺悟、拼刺覺悟的猛攻擊了。所以被對方擊中很多炮彈。死傷者不斷出現。可是，上村艦隊終於等到東鄉主力艦隊 慌慌張張的掉頭回來參加炮擊戰為止，一直阻斷敵艦隊退路英勇奮戰。正是因為上村長官這個貌似違反命令、間不容髮的判斷，對狀況的正確判斷下獨斷專行的柔軟戰法，在某種意義上導致了日本海海戰的完勝。這就是上村彥之丞作為指揮官的勇敢之處。
東鄉平八郎評價說：上村是個感情強烈的男人。
