造成影響
1 、三峽又長又彎 沒有堵塞水汽進出四川盆地
早在2006年夏至2007年春的四川、重慶大旱時，北京獨立環境學者王紅旗就在國內學術期刊上撰文稱，三峽等水利工程改變了四川盆地的結構，從而導致了那場大旱。
王紅旗為此提出了四川盆地的"木桶效應"--將四川盆地比喻為一個巨大的木桶，環繞四川盆地的山口、江河峽谷就是這個大木桶的一根根相對比較短的木條，是水汽進出的咽喉要道。而人為改變這些短木條的高度，例如修建水庫大壩，勢必改變四川盆地的結構，不可避免會導致氣候發生明顯變化。
不過，王紅旗的"木桶效應"遭到很多水利、氣候學者的質疑，被認為"毫無根據"。廣東省氣候中心研究員杜堯東認為，"木桶理論"一戳就破，"長江三峽是一條長達幾百公里的七曲八拐的狹長通道，就算沒有三峽大壩，江風也不可能從下吹到上，因為沿途的曲折與岸壁會造成風力損失，多大的強風也不會沿著三峽吹進四川盆地。"
時任國家氣候中心氣候影響評估室主任張強認為，那次大旱與全球變暖、大氣環流異常等有關。
2 、三峽影響氣候範圍：爭論很多觀測資料很少
在由中國科學院與長江水資源保護科學研究所共同完成、國家環保局審查通過的《長江三峽水利樞紐環境影響報告書》稱："三峽建庫後對庫區及鄰近區域有一定影響，但是影響範圍不大，對溫度、濕度、風和霧的水平影響範圍一般不超過10公里，水庫附近表現最明顯。"
這份影響報告書成稿於1992年，在19年之後的新一輪"三峽誘髮長江乾旱"爭論中，眾多有官方背景的學者依然堅持這一結論。
中國工程院院士、三峽工程階段性評估專家組組長沈國舫認為稱："通過對2003-2008年三峽蓄水後的研究，與蓄水之前對比是有變化的，這與當年三峽工程論證時的估計一致，比方說周圍溫度會略有升高，對風和濕度等也略有影響。"
不過，在"三峽影響範圍有限"的觀點中，影響範圍也極具彈性，從幾公里、10公里、數十公里到上百公里不等。
水利部應對氣候變化研究中心教授王國慶認為，三峽水庫對區域氣候的可能影響範圍從幾公里到上百公里不等，主要取決於水庫的形狀和當地的局部地形。
國家氣候中心的一位權威專家日前稱，由於缺乏較長時間的觀測資料，影響範圍在10公里以內、20公里、幾十公里、100公里以上的說法都是大致估計的，不能說誰對誰錯。
3 、尚無數據表明三峽導致周邊降水量明顯變化
在分析三峽庫區1961-2006年的逐日降水量、平均氣溫、最高氣溫、霧、雷等資料後，國家氣候中心氣候專家張強等認為，1961年以來，三峽庫區乾旱日數有微弱增加趨勢。
該研究同時認為，1961年以來，三峽的年洪澇日數沒有明顯變化趨勢，但階段性變化明顯，20世紀70年代洪澇較少，而20世紀80年代前期至21世紀初期則洪澇多發。
在另一項三峽庫區氣候變化的研究中，張強等人認為，尚未發現三峽蓄水後周邊降水量有明顯變化。但觀測發現，三峽水庫蓄水後近庫地區的氣溫在冬季有增溫效應，夏季有弱降溫效應，但總體以增溫為主。
同時，張強等人也認為，三峽工程的局部氣候影響將是一個複雜、長期的氣候調節過程， 目前的結論只是蓄水幾年內的觀測分析結果，"這一結果是否只是大背景氣候變暖下庫區升溫的時間差，還是水域擴大造成的， 還有待更長時間的觀測分析。"
然而，國家氣候中心的研究發現，未來三峽庫區的降雨量將增大，而不是減少，三峽庫區未來極端氣候事件可能會顯著增加。
國家氣候中心高級工程師廖要明等人的研究也證實，近年來，三峽庫區夏季降水總體呈明顯增多趨勢。
4 、三峽截留泥沙致河床變深 下游湖泊難補江水
在"長江大旱與三峽關係"的爭論中，人們更多從氣候變化角度來談，但一些水利學家提出另一個觀點：從河床沖刷等角度看，可以認定"此次大旱與三峽工程有一定關係"。
中國水利水電科學研究院水力學所原所長劉樹坤日前稱，三峽出於多發電的考慮，導致放水量縮減，使得泥沙在大壩上游淤積，下泄的江水中泥沙含量偏低，致使下遊河床被沖刷得比較厲害，水位降低。
5、對兩湖（洞庭湖和鄱陽湖）及幹流的生態影響十分複雜
三峽工程運行對中下游幹流以及兩湖的水沙平衡以及生態等的可能影響亦備受關注，但精確評估卻十分困難，因為水系異常複雜，空間尺度巨大，各種不同的過程交織在一起。此外，人為擾動還會疊加上異常的氣候波動，一些過程需要較長的時間才能達到動態平衡，等等。
攔河築壩將不可避免地改變壩區以及上下游的水文特性，包括洪水脈衝模式、泥沙過程、水溫過程等，這會影響河床沖刷及江（河）湖關係等，進而可能改變棲息於其中的魚類的繁殖行為，因此可通過合理的水文調度（製造生態洪峰）來減緩這種負面效應。
三峽工程對魚類等水生動物的影響需要從歷史起源和現代生態的綜合視角去評估，對一些種群的生存具有促進作用，而對另一些種類的生存造成了威脅，或者大壩上下具有不同的生態影響。
科學分析
長期監測三峽對氣候影響狀況的湖北省氣象局武漢區域氣候中心主任劉敏介紹，現在的手段和觀測數據還沒有依據顯示三峽工程引發了長江中下游的旱情。
《長江三峽水利樞紐環境影響報告書》中，對三峽水庫形成後的氣候問題作了科學分析，基本結論是：三峽建庫後，對庫區及鄰近區域溫度、濕度、風和霧的影響範圍一般不超過10公里。
三峽工程主要設計者、長江水利委員會總工程師、中國工程院院士鄭守仁對“三峽誘發乾旱論”作出回應說，不能一遇到極端氣候就怪罪三峽工程。恰恰相反，若沒有三峽工程，長江中下游的乾旱程度將會加劇。
面對社會公眾的質疑，負責三峽工程運行管理的中國長江三峽集團公司董事長曹廣晶24日在接受新華社記者專訪時說，對三峽工程要用歷史的眼光來看待。三峽集團一直以一種開放的態度對待來自各個方面的建議、意見和批評。自三峽水庫蓄水以來，三峽集團一直在採取措施，儘量降低三峽工程對生態方面的影響。
曹廣晶說：“對待三峽工程既要全面客觀評價，又要看大局。上游三峽水庫移民的搬遷，是為了下游數十倍人民防洪的大局，為了整個國家的長治久安。隨著工程的建設，有些改變是必然的，也是必須要付出的代價。世界上沒有什麼事情是完美的，關鍵是利弊權衡。現在出現的這些問題需要認真對待，但若是因此而否定三峽工程，那就錯了。
抵消影響
據統計，經鄱陽湖注入長江的水量約是長江徑流量的15.6%。長期以來，由於長江上游水量不足，清澈的湖水源源不斷匯入渾濁的江中，保障了長江中下游的供水。
在九江湖口縣鄱陽湖入江口處，仍能看到一條清晰的分界線，所不同的是：江水清而湖水濁。研究資料證明，江湖兩色的反向變化恰好始於三峽運行之後。
因為三峽壩區截流以後，隨著流動性減弱，大量泥沙沉降，透明度就會增加，其後果就是淡水赤潮更容易爆發。三峽建壩之後，泥沙的輸送量減少，伴隨泥沙而下的營養物質的天然循環的鏈條也被截斷。比如說矽元素，對於近海的海洋生產就非常重要。如果缺少矽元素，赤潮和大型水母就更容易爆發。
2008年1月，鄱陽湖都昌水文站出現8.15米水位，創歷史最低紀錄。與此水位相對應的鄱陽湖湖面僅54平方公里，湖盆蓄水量1.53億立方米，是1998年汛期歷史最高水位22.42米時湖面面積的七十三分之一，對應蓄水量的二百一十五分之一。
江西方面認為，鄱陽湖流域降水和長江上游來水偏少是造成這一後果的主因，也有三峽水庫2007年9月至10月蓄水的人為因素，由於三峽大壩的攔截，長江水位低於鄱陽湖水位，湖水大量外泄，如果不採取措施，中國最大的淡水湖可能就此成為歷史的記憶。而三峽總公司方面隨即回應稱，江西的指責“沒有道理”，鄱陽湖水位消漲不能簡單地歸因於三峽工程。
隨著流域旱情和三峽蓄水的影響，江西省多年的鄱陽湖“築壩之夢”被重新激發。2008年12月，江西省成立鄱陽湖水利樞紐工程領導小組，省長吳新雄親任領導小組組長。
該樞紐的原方案是：在距長江27公里處的鄱陽湖北端，修築一座長約2.8公里的混凝土大壩，提高鄱陽湖枯水季節水環境容量，達到供水（灌溉）、保護水生態環境、保護濕地、消滅釘螺、航運、旅遊、發電以及水產等方面的綜合效益。
2009年12月12日，國務院正式批覆《鄱陽湖生態經濟區域規劃》，《規劃》涉及鄱陽湖水利樞紐工程內容為兩句話：做好水利樞紐前期工作，積極推動鄱陽湖水利樞紐各項工作。
《規劃》獲批後第三天，江西省政府召開鄱陽湖水利樞紐工程領導小組會議。省長吳新雄強調，鄱陽湖水利樞紐工程，是建設鄱陽湖生態經濟區的“核心工程”。
對此，李建華認為，江西的做法同樣是違背自然規律，人為干預水系生態的做法，是在用“三峽的手段”試圖抵消三峽對鄱陽湖造成的負面影響。 而來自國際生態領域的專家則擔心，鄱陽湖築壩會使長江中下游的水問題更加嚴重。“隨著長江流域乾支流各地搶水的加劇，今後武漢、南京壯闊的江面也許會變成一條水溝。”
