三峽大學艾倫再生能源研究所目前研究方向主要包括：（1）水電能源可持續利用中的關鍵理論和技術。在水利水電工程開發及生態環境保護等領域主要研究內容包括：水庫富營養化及水華成因機制、三峽庫區水華藻類物質的消減技術、水庫消落帶治理、邊坡綠化技術研究與套用、水庫生物浮島循環農業、數據模型及 3S技術在生態水工學中的套用、有毒有機物遷移機理及控制技術等。（2）三峽區域生物質能開發與利用。重點研究纖維素酒精的核心技術開發，生物柴油的工藝開發，澱粉質酒精的產業化開發以及高效生物沼氣開發。
近5年來，研究所現承擔國家自然科學基金4項，國家重點基礎研究發展計畫（973計畫）及國家高技術研究發展計畫（863）子課題2項、湖北省傑出青年基金和湖北省團隊等32項縱向及20多項橫項項目的研究；發表研究論文120多篇，其中SCI和EI研究論文40多篇，申請發明專利11項；研究成果獲得湖北省科技進步二等獎、湖北省科技發明獎二等獎、湖北省科技成果推廣二等獎及湖北省自然科學獎三等獎各1項；研究所與美國Rutgers大學、美國Map. Tech.，Ferrum College、愛爾蘭都柏林城市大學、三峽總公司科技環保部、同濟大學、河海大學、中國科學院生態環境研究中心、中科院化學所等有項目研究上的合作。
目前研究隊伍中教授6人，副教授8人，博士生導師2人，碩士生導師10人，在研博士生4人，碩士研究生22人。中心執行委員會為：名譽主席：郭生練副省長，主席：劉德富教授；副主席：Alan G. MacDiarmid教授，成員：馮達鏇（德州大學Dallas分校）、李建林、鄒坤、黃應平、付有彤（美國Map, Technol Co）、張程寧及Da suan Chen。
三峽大學艾倫再生能源研究所的成立不僅使三峽大學加強與世界各高校的學術交流與合作，而且有助於推進學校水電與能源、生態與環境等重點學科建設，為三峽大學的學科發展走出一條新路，推動學校人才培養和對外交流，促進教育教學水平的提高。努力（Action）和賦予實際(Work)將會使中心得到跨越式的發展。通過五年重點建設，使其成為三峽區域再生能源研究與社會服務的基地，生物能源與生態環境學科建設的重要支撐，吸引、穩定、凝聚人才的重要依託，研究生培養的創新基地，展示三峽大學生命科學和水電能源學科特色的重要視窗。通過與政府、企業、國際等合作，使之成為生物能源核心技術與生態環境的實驗研究中心，為三峽庫區的生態修復技術研究、生物質利用技術研究和新型反應器設備的開發提供實驗平台與技術支持。經過十年乃至更長的時間，通過生物煉製技術的開發，使再生能源研究所成為全國乃至世界的生物能源和和生態環境研究開發重要基地。
