設立背景
在70年代和80年代，珊瑚礁受到了嚴重的破壞，人們採挖珊瑚礁製作工藝品，甚至用珊瑚礁燒制石灰，使這一帶的珊瑚礁資源大量減少，良好的生態環境遭到破壞，生物多樣性遭受損害。
1989年，科學家提議將這片珊瑚礁海域劃為國家級海洋自然保護區。
1990年9月，三亞珊瑚礁國家級自然保護區經國務院批准建立的國家級海洋類型自然保護區之一。
地理環境
位置境域
三亞珊瑚礁國家級自然保護區位於海南省三亞市南部近岸及海島四周海域，地理位置為東經109°20′50″~109°40′30″，北緯18°10′30″~18°15′30″範圍內。接壤鹿回頭半島和大、小東海沿岸海域（包括小洲島）；西瀕傳奇美麗的東、西瑁島四周海域。保護區自東向西由亞龍灣片區、鹿回頭半島--榆林角片區和東、西瑁島片區三部分組成，保護總面積85平方公里。
地貌
該區地貌中部與東、西部有明顯差異，東、西部屬典型的海島地貌；中部岬角、海灣多，屬半島陸域地貌。
保護對象
保護區主要保護對象為：造礁珊瑚、非造礁珊瑚、珊瑚礁及其生態系統和生物多樣性。造礁珊瑚的建造者為珊瑚蟲，珊瑚蟲屬熱帶海洋腔腸動物。117種（包括5個亞種）造礁珊瑚，分別屬於13科、33屬和2亞屬。還有在成礁建造中有積極意義的蒼珊瑚、笙珊瑚、多孔螅和多種非造礁珊瑚--軟珊瑚、柳珊瑚和與珊瑚礁生態系統共棲和密切依賴的其他豐富多樣的海洋生物。
管理機構
保護區狀況保護區主管部門是國家海洋局、海南省海洋與漁業廳，三亞國家珊瑚礁自然 保護區管理處負責本保護區的保護、建設與管理。管理處下設三個珊瑚礁保護站，並設有一處供公眾生態教育的珊瑚標本展覽館及配有一批執法管理、宣教、科研設施及裝備。
科研項目
| 序號 | 入區時間 | 入區單位 | 入區科研項目 | 區域 | 項目內容 | 提交成果 |
| 1 | 2013年2月1日—2013年2月7日 | 海南省海洋開發規劃設計研究院 | 近岸典型珊瑚礁生態系統修復技術示範研究 | 保護區亞龍灣西排緩衝區及其附近海域 | 投放生物礁300個，查明調查範圍內珊瑚礁生態現狀，分析珊瑚礁生態系統人工恢復的合理性和可行性，指導人工漁礁的投放。 | 珊瑚礁生態修復技術示範研究報告書 |
| 2 | 2013年3月3日 | 三亞市林旺中學 | 珊瑚礁參觀及調查活動 | 亞龍灣珊瑚礁保護區 | 組織小學生半潛船觀看珊瑚，並在教練帶領下由兩名教師和一名學生下水調查珊瑚礁健康狀況。 | 學生小論文 |
| 3 | 013年3月—2013年9月 | 中國科學院南海海洋研究所 | 海南三亞珊瑚礁國家級自然保護區生物圍欄式邊界研究試驗 | 西島西北邊海域 | 選取華貴櫛孔扇貝和翡翠貽貝兩種熱帶海域養殖的主要經濟貝類作為養殖對象。定期對貝類的生長和成活率進行測量，分析養殖效率周期，進行經濟效益分析，為制定經濟補償政策提供理論依據，並對這些地點海水和礁體的物種多樣性，特別是造礁石珊瑚的覆蓋率和種類組成進行調查，分析貝類養殖對珊瑚礁保護區生態系統的影響。 | 照片和樣本、原始數據、數據分析、報告、SCI科研論文。 |
| 4 | 2013年5月28日—2013年5月30日 | 海南省海洋開發規劃設計研究院 | 國家海洋局公益項目“珊瑚礁生態系統回響與生態重構” | 鹿回頭附近海域 | 在鹿回頭中科院試驗站附近海域布設水質感測器與線上信息傳輸系統，進行珊瑚區水質分析。水質監測指標主要是電導率、PH、溶解氧等常規指標。 | 儀器傳輸數據。 |
| 5 | 2013年5月29日—2013年6月10日 | 海南省海洋開發規劃設計研究院 | 三亞珊瑚礁保護區珊瑚礁監測 | 亞龍灣片區、榆林角—鹿回頭半島片區、西瑁洲片區 | 通過對三亞珊瑚礁生態系統展開調查與監測，掌握監控區珊瑚礁生態現狀，了解珊瑚礁生態系統發展變化趨勢及其認為或自然影響因素，為珊瑚礁生態系統的保護、恢復提供管理對策；評價生態管理效果。 | 珊瑚礁調查照片、錄像及調查報告。 |
| 6 | 2013年7月29日—2013年8月2日 | 海南省海洋開發規劃設計研究院 | 三亞半山半島帆船港建設項目對珊瑚礁影響後評估 | 鹿回頭附近海域 | 鹿回頭附近海域珊瑚礁生長情況調查，查明項目區及周邊海域的珊瑚礁生態現狀，分析項目對珊瑚礁及生態的影響範圍和程度，開展項目環境影響後評估，分析項目營運的合理性和可行性提出相關措施，為項目的運行管理和保護區的適度開發管理提供科學依據。 | 珊瑚礁調查照片、錄像及調查報告。 |
| 7 | 2013年7月31日—2013年8月3日 | 海南省海洋開發規劃設計研究院 | 2013年海南省海洋環境監測與評價 | 亞龍灣片區、榆林角—鹿回頭半島片區、西瑁洲片區 | 在海南三亞珊瑚礁國家級自然保護區各片區開設生物多樣性監測點，全面掌握保護區海域環境質量和生態資源狀況及變化趨勢，了解污染源狀況和潛在海洋環境風險，科學、客觀地評價海洋環境質量；充分發揮海洋環境監測，提升我省海洋環境監測評價水平和能力。 | 海南三亞珊瑚礁國家級自然保護區水質及沉澱物環境質量報告書 |
| 8 | 2013年10月10日—2013年10月12日 | 國家海洋局第三研究所 | 國家海洋局第三研究所 | 亞龍灣西排附近海域 | 珊瑚礁生態系統在魚種（藍子魚）增殖放流前後情況變化，指標包括珊瑚礁種類、大型藻類、大型底棲生物、珊瑚礁魚類和底質類等，以及增殖放流目標魚種（藍子魚）生物學及生態學的變化。 | 投放的相片及調查報告。 |
| 9 | 2013年12月18日—2013年12月22日 | 瓊州學院生物科學與技術學院 | 動物學濱海教學見習 | 東西瑁洲海域 | 認識海洋、了解海洋、觀察和認識海洋動物，使學生了解濱海動物的形態特徵、生活習性、對環境的適應以及動物鑑定方法 | 見習教學預期報告 |
| 10 | 2014年2月8日—2013年2月25日 | 中交第四航務工程勘察設計院有限公司 | 小東海海岸帶整治工程項目 | 中交第四航務工程勘察設計院有限公司 | 小東海西側地質勘察，對場地的穩定性和建築的適宜作出評價，滿足主體工程可行性研究需要。 | 岩土工程勘察報告。 |
| 參考資料來源： | ||||||
