原則
①將確保工程安全置於首位；②防護區的洪災總損失最小;③妥善處理防洪與興利的矛盾,在汛期興利服從防洪,防洪兼顧興利；④編制防洪調度方案,嚴格按調度方案進行運用；⑤由於基本資料、水情預報、調度決策等可能存在誤差或失誤,運行時需要留有餘地,以策安全。
方式
分為三種類型。
分洪區運用
分洪區包括有閘控制或臨時扒口兩類。一般以防護區控制點的保證水位或安全泄量作為分洪工程運用的判別指標，當河道實際水位或流量即將超過判別指標時，首先啟用有閘門控制的分洪區。如仍不能控制河道水位,或流量繼續增大時,再使用其他分洪道、分洪區削減超額洪水，以保證重點堤段或防護區的安全。選擇臨時分洪區要以洪災總損失最小為原則，儘先考慮淹沒損失小，靠近防護區上游、分洪效果較好的分洪區，據此安排分洪區的使用順序。當分洪區全部蓄滿後，如洪水仍繼續上漲，需要將分洪區作滯洪區或分洪道使用時，可同時打開下游泄洪閘（或扒口），採取"上吞下吐"的運用方式，或與鄰近分洪區聯合運用的方式，滯蓄超額洪水。
水庫防洪調度
設有閘門控制泄洪的水庫，才能進行防洪調度，否則只能起滯洪作用。為了滿足下游防洪要求的防洪調度，一般利用防洪限制水位至防洪高水位之間的防洪庫容削減洪水（見水庫防洪）。水庫通常有以下幾種防洪調度方式。①固定泄洪調度(見水庫調度)。②防洪補償調度。對於防護區離水庫較遠，兩者區間流量多變的情況，一般採用這種調度方式。水庫防洪補償調度需要控制水庫的泄量，使下游防護區代表站的流量不超過安全泄量，或水位不超過保證水位。當水庫入流量超過保證水位相應的泄量時，超額的水量蓄於水庫中；反之，當水庫入流量小於該泄量時，水庫可騰空部分庫容，但一般不應低於防洪限制水位。制定防洪補償調度方式時，根據區間洪水的變化特點，可以採用考慮洪水傳播時間或考慮區間洪水預報，以及綜合考慮防護區水位、流量、漲落率等因素。③防洪預報調度（見水庫預報調度）。④防洪與興利結合的調度（見綜合利用水庫調度）。⑤水庫群的防洪聯合調度。指同一河流上下游的各水庫或位於乾、支流的各水庫為滿足其下游防洪要求進行的調度。對同一河流的上下游水庫，當發生洪水時，一般上游水庫先蓄後放，下游水庫先放後蓄，以儘量有效地控制區間洪水，對位於不同河流(如乾、支流)的水庫，由於影響因素很多，應遵循水庫群整體防洪效益最大為原則確定（見水庫群調度）。
防洪系統的聯合調度
防洪系統由堤防、分洪工程、水庫等聯合組成。在防洪調度時，要充分發揮各項工程的優勢，有計畫地統一控制調節洪水。這種調度十分複雜，基本調度原則是：①當洪水發生時，首先充分發揮堤防的作用，儘量利用河道的過水能力宣洩洪水；②當洪水將超過安全泄量時，再運用水庫或分洪區蓄洪；③對於同時存在水庫及分洪區的防洪系統，考慮到水庫蓄洪損失一般比分洪區小，而且運用靈活、容易掌握，宜先使用水庫調蓄洪水。如運用水庫後仍不夠控制洪水時，再啟用分洪工程。具體動用時，要根據防洪系統及河流洪水特點，以洪災總損失最小為原則，確定運用方式及程式。
展望
①研究系統工程最佳化理論在調度中的套用；②不斷提高洪水預報精度及其在防洪調度運用中的水平；③進一步推廣電子計算機技術的套用；④逐步實現調度運用自動化。關鍵提前做好預防洪水的準備，才是唯一道理。
