【關於PAUP*】
PAUP*：Phylogenetic Analysis Using parsimony (and Other Methods)
PAUP*是一款用於構建進化樹（系統發育樹）及進行相關檢驗的軟體，包含了眾多分子進化模型和方法，可利用最大似然法、簡約法、距離法等分析分子數據（DNA、蛋白質序列）、形態學數據及其他類型的數據（如行為學數據）。
該軟體主要用於進化生物學研究，也可用於保護生物學、生態學和法醫學研究。截至目前，PAUP是套用最廣泛的系統發育分析軟體。
【開發者】
David L. Swofford
Professor
Department of Biological Science,
Florida State University,
Tallahassee, FL 32306
E-mail: [email protected]
個人網頁：http://www.bio.fsu.edu/faculty-swofford.php
【開發史】
截至2008.12月，最新版本為：4.0 Beta 10 。
該軟體最初的版本叫PAUP（Phylogenetic Analysis Using Parsimony），主要是套用簡約法進行系統發育分析。
Swofford, D.L. 1991. PAUP: Phylogenetic Analysis Using Parsimony, Macintosh Version3.0r, Computer program.
2001年，Swofford 教授推出整合了最大似然法（maximum likelihood）和距離法（distance-based methods）的PAUP* 4.0；並於2002年推出光碟版的4.0 Beta。
Swofford, D. L. 2001. PAUP* . Phylogenetic Analysis Using Parsimony (*and Other Methods). Version 4. Sinauer Associates, Sunderland, Massachusetts.
Swofford, D.L. 2002. PAUP*. Phylogenetic Analysis Using Parsimony (*and Other Methods). Sinauer Associates, Sunderland MA. (Program)
【Nexus檔案格式】
PAUP*軟體要求輸入的數據檔案為NEXUS檔案，有其特定的格式要求，要注意的包括：#的使用 、分號的使用、數據類型的界定、end的使用等。示例如下：
---------------------------------------------------------------------------------
#nexus
begin data;
dimensions ntax=4 nchar=60;
format datatype=dna interleave=yes gap=- missing=?;
matrix
A11 ATGGCATATCCCATACAACTAGGATTCCAAGATGCAACATCACCAATCATAGAAGAACTA
A22 ATGGCACACCCAACGCAACTAGGTTTCAAGGACGCGGCCATACCCGTTATAGAGGAACTT
A33 ATGGCCAACCACTCCCAACTAGGCTTTCAAGACGCCTCATCCCCCATCATAGAAGAGCTC
A44 ATGGCACATGCAGCGCAAGTAGGTCTACAAGACGCTACTTCCCCTATCATAGAAGAGCTT
;
end;
-------------------------------------------------------------------------
【相關資料】
有關資料下載和疑問解答，可以查看PAUP的官方網頁。
http://paup.csit.fsu.edu/downl.html
http://paup.csit.fsu.edu/paupfaq/faq.html
還有一個很有用的網址，可以學習很多種進化軟體的使用：
http://www.molecularevolution.org/cdc/software/paup*/
【運行環境】
PAUP*可以在Macintosh、Windows、UNIX / VMS、DOS環境下運行。
Windows系統要求：
Windows 95、98、ME、NT、2000、XP、Vista.
最少4 M RAM（分析大的數據集需要更多的存儲空間）
最少2 M 硬碟空間
