簡介
Nexus檔案 是一種生物信息學中常用的檔案格式。很多軟體使用或者識別這種格式，例如PAUP*和MacClade 。
語法
檔案採用“塊”的方式來組織信息。每一個塊的語法結構為：
BEGIN 塊的名稱；
END;
基本塊結構
DATA
例如：
begin data;
dimensions ntax=5 nchar=600;
format interleave datatype=DNA missing=N gap=-;
end;
ntax表示分類單位的數量，nchar表示數據的長度，上面這個例子裡的含義是DNA有600個鹼基長度。數據類型，datatype是DNA。另外可以定義缺失信息和缺口用什麼字元表示。
PAUP或軟體自定義塊
有些軟體可以識別特定的塊，供自己特殊使用。例如PAUP block可以用來控制PAUP*。MrBayes也可以有自己的塊。常用這些軟體自定義塊來進行批處理。
樹
Nexus檔案裡面可以包含種系發生樹信息。例如：
tree PAUP_1 = [&U]（（（1:0,2:0.001674,3:0.001670）：0.001658,4:0.003371）：0.012438，（（（5:0.003348,6:0.005043）：0.001668,7:0.005031）：0.003351,8:0):0.009545,9:0.564416）；
End;
閱讀NEXUS格式的系統進化樹檔案，可以使用TreeView軟體。也可以使用TreeGraph軟體將其轉換成SVG格式。
Maven倉庫管理器
Sonatype Nexus是有名的maven倉庫管理器，可以用於構建maven的本地伺服器。
