內容簡介
本書內容主要包括生物信息學簡介、三大資料庫檢索、引物設計及測序結果分析、核酸序列分析、蛋白質序列分析、蛋白質空間結構預測、系統發育分析、RNA分析。本書的一大特色在於豐富的實例和圖表，使讀者可以很直觀地了解和掌握書中的內容。本書適用於生命科學、農學、醫學等相關專業學生使用，也可用於從事生物學相關的科研人員、教師參考使用。
目錄
序
前言
第一章 生物信息學簡介
1.1 生物信息學基礎
1.1.1 什麼是生物信息學
1.1.2 生物信息學的形成與發展
1.1.3 生物信息學的研究內容
1.2 生物信息學套用
1.2.1 生物信息學的熱點領域
1.2.2 信息技術與生物信息學
第二章 資料庫檢索
2.1 綜合性資料庫NCBI
2.1.1 NCBI簡介
2.1.2 NCBI資料庫介紹
2.1.3 Entrez簡介
2.1.4 Entrez檢索實例
2.2 綜合性資料庫EMBL-EBI
2.2.1 EBI簡介
2.2.2 EBI資料庫簡介
2.2.3 SRS簡介
2.2.4 SRS檢索實例
2.2.5 BioMart簡介
2.2.6 BioMart檢索實例
2.3 UCSC基因組瀏覽器
2.3.1 UCSC基因組瀏覽器簡介
2.3.2 UCSC基因組瀏覽器檢索實例
第三章 引物設計及測序結果分析
3.1 引物設計
3.1.1 概述
3.1.2 常規PCR引物設計實例分析
3.1.3 簡併引物設計
3.2 測序結果分析
3.3 序列拼接實例分析
第四章 核酸序列分析
4.1 常規分析
4.1.1 核酸序列的檢索
4.1.2 核酸序列組分分析
4.1.3 序列變換
4.1.4 限制性酶切分析
4.2 比對分析
4.2.1 BLAST比對
4.2.2 雙序列比對
4.2.3 多序列比對
4.3 基因結構識別
4.3.1 ORF識別及其可靠性驗證
4.3.2 啟動子及轉錄因子結合位點分析
4.3.3 重複序列分析
4.3.4 CpG island
4.3.5 3'UTR區
第五章 蛋白質序列分析
5.1 蛋白質序列的基本性質分析
5.1.1 理化性質分析
5.1.2 疏水性分析
5.1.3 跨膜區分析
5.1.4 信號肽預測
5.1.5 Coil區分析
5.1.6 亞細胞定位“
5.2 結構域分析及motif搜尋
5.2.1 結構域分析
5.2.2 motif搜尋
5.3 空間結構預測
5.3.1 蛋白質二級結構預測
5.3.2 蛋白質三級結構預測
5.3.3 蛋白質結構預測方法評價
5.4 抗原表位預測分析
5.4.1 B淋巴細胞抗原表位預測分析
5.4.2 T淋巴細胞抗原表位預測分析
第六章 分子進化與系統發育分析
6.1 進化的分子基礎
6.1.1 進化樹與分子系統學
6.1.2 相似性與同源性
6.1.3 分子進化
6.2 系統發育分析
6.2.1 DNA和胺基酸序列的進化演變
6.2.2 系統發育樹的種類
6.2.3 用於系統發育分析的分子標記選擇
6.2.4 常用的構樹方法及其甄選
6.2.5 系統發育分析常用軟體
6.3 系統發育分析的檢驗
6.3.1 系統發育分析方法可靠性的評價
6.3.2 系統樹的誤差分析及消除方法
6.4 系統樹的評估
6.5 系統發育分析實例
6.5.1 使用MEGA軟體重建NJ樹
6.5.2 使用PAUP軟體重建NJ樹
6.5.3 使用MEGA軟體重建MP樹
6.5.4 使用PAUP軟體重建MP樹
6.5.5 使用PAUP軟體重建ML樹
6.5.6 貝葉斯樹
第七章 RNA分析
7.1 RNA簡介
7.1.1 RNA的結構
7.1.2 RNA的功能
7.1.3 RNA研究進展與展望
7.2 RNA二級結構
7.2.1 RNA的二級結構概述
7.2.2 RNA二級結構的預測方法
7.2.3 RNA結構預測實例分析
7.3 高效siRNA的設計
7.3.1 RNAi的作用機制
7.3.2 siRNA的設計原則
7.3.3 影響RNAi的其他因素
7.3.4 siRNA的設計步驟
7.3.5 siRNA的合成
7.3.6 siRNA干涉效果的評判
7.3.7 siRNA相關資料庫介紹
7.3.8 siRNA設計實例分析
7.4 microRNA分析
7.4.1 microRNA作用機制概述
7.4.2 miRNA功能與研究方法
7.4.3 miRNA生物信息學分析
7.4.4 miRNA及其靶基因預測的實例分析
主要參考文獻及網址
附錄
附錄1 常用生物學資料庫
附錄2 各種主要的RNA二級結構預測軟體比較
附錄3 名詞解釋
彩圖
