PAML

PAML（Phylogen PAML在UNIX/Lin dow系統下（Win

基本信息

• 中文名稱：PAML

PAML（Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood）
PAML是一款利用最大似然法對DNA或蛋白質序列進行系統發育分析的軟體包，該軟體包由著名華裔科學家、英國皇家科學學院士、倫敦大學統計遺傳學教授楊子恆開發並免費提供給學術研究使用。
PAML在UNIX/Linux/Mac OSX系統下使用ANSI C源碼，在Window系統下（Windows 9x/NT/2000/XP/Vista）使用DOS命令操作。
從套用範圍來說，PAML並不是最好的系統樹構建軟體，但在系統樹的基礎上可以非常有效的進行：進化參數估計、進化假說檢驗、分歧時間估計、正選擇估計等。因此，可以用PAUP*、PHYLIP等首先進行系統樹構建，之後用PAML進行分子進化方面的研究。
【相關資料】
PAML網站：http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html
楊子恆網站：http://abacus.gene.ucl.ac.uk/