MALBAC技術

MALBAC技術

SSCP分析,SNP分型,STR分型 LOH研究,SNP分型,STR分型 CGH,RFLP分析,SNP分型,STR分型

MALBAC技術

MALBAC(multiple annealing and looping-based amplification cycles),即多次退火環狀循環擴增技術,是"目前最先進的全基因組擴增技術"。該技術於2012年12月刊登於《科學》雜誌上(Science).
不同於以往的非線性或指數型擴增方法,MALBAC技術利用特殊引物,使得擴增子的結尾互補而成環,從而很大程度上防止了DNA的指數性擴增。

技術特點

1. 起始模板量由微克級(μg)降低到皮克級(pg)。
2. 擴增均勻性遠遠好於其他擴增技術。
細胞拷貝數CNV分析。結果分析:分析與標準樣品高度一致。
3. 90%以上位點可被成功擴增。

技術優勢

可適用樣品類型

  • 樣本少,常規分析無法進行基因組或轉錄組分析。

  • 2.樣本高度異質,細胞間存在重大差異。

    MALBAC技術和其它WGA技術相比較


    WGA技術

    主要原理

    優點

    缺點

    套用

    MALBAC

    多次退火環狀循環擴增技術

    操作簡單,產量高,最低起始模板幾個皮克,結果可靠可重複

    起始模板量極低時擴增難度加大

    二代測序、CGH、SNP分型、STR分型、基因克隆、螢光定量

    DOP-PCR

    部分隨機引物法

    操作簡單,最低起始模板量達50pg,產物片段大小0.5-10kb

    起始模板量低時擴增偏差大

    CGH, SSCP分析,SNP分型,STR分型

    LM-PCR

    連線介導的
    PCR反應

    產量高,片段長,對模板DNA質和量要求低

    操作繁瑣,多步操作易丟失模板
    DNA

    CGH,LOH研究,STR分型

    PEP-PCR

    完全隨機引物法

    對模板DNA質和量要求低,操作簡單,易改進,50 ng起始模板可產生0.2-0.5μg產物,最低起始模板量可達5 pg。

    產量低,保真性差

    LOH研究,SNP分型,STR分型

    MDA

    多重置換擴增

    產量高,50 ng起始模板量可產生10-20μg產物,最低起始模板量可達10 pg,忠實性好。

    起始模板量低時擴增偏差大

    CGH,RFLP分析,SNP分型,STR分型

    pWGA

    體外再造T7噬菌體DNA複製

    產量高,對模板質和量要求低,操作簡單,最低起始模板量可達100 fg

    保真性稍差

    SNP分型,STR分型

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