DNA限制性內切酶消化

DNA限制性內切酶消化

DNA限制性內切酶消化是基因分析中的關鍵步驟。內切酶是最關鍵的工具酶。限制性內切酶是一類具有嚴格識別位點,並在識別位點內或附近切割雙鏈DNA的脫氧核糖核酸酶。一定的 DNA分子的核苷酸順序是一定的,某種限制性內切酶作用於該DNA的切點數一定,故所得的 DNA片段數和片段的大小也一定,通過瓊脂糖凝膠電泳或聚丙烯酸胺凝膠電泳分離,以標準 DNA作對照,溴化乙錠染色後,測出各 DNA片段移動的位置和距離。以各標準 DNA片段的分子量對數為縱坐標,各標準 DNA片段的移動距離為橫坐標,求出各樣品DNA片段的分子大小。

操作方法

l.樣品DNA的限制性內切酶消化

(1)取2μg樣品DNA溶液加入0.5ml的EPPENDORF管中,加2μl10×限制性內切酶緩衝液,6~10個U的相應限制性內切酶,加消毒雙蒸水至總體積20μl,於37℃保溫酶解2小時,按上述條件用適當的幾種不同的內切酶進行單酶或雙酶解。

(2)在65℃加熱5分鐘或用適量的0.5mol/LEDTANa2終止反應。

2.DNA酶解片段的電泳分離

取DNA酶解作品2μl加上樣緩衝液10μl(含溴酚藍指示劑和甘油),在0.8%瓊脂糖(含0.5μg/ml溴化乙錠)凝膠進行水平電泳,電壓<5V/cm,時間2小時左右,用紫外燈觀察分析。

注意事項

1.分子克隆是微量操作技術,DNA樣品與限制性內切酶的用量都極少,必須嚴格注意吸樣量的準確性及全部放入反應體系中。

2.要注意酶切時加樣的次序,一般次序為水、緩衝液、DNA各項試劑,最後才加酶液。取液時,Tip頭要從溶液表面吸取,以防止Tip頭沾去過多的液體與酶,待用的內切酶要放在冰浴內,用後蓋緊蓋子,立即放回-20℃冰櫃,防止限制性內切酶的失活。

3.凡用在酶切反應中的一切塑膠器皿(Eppendorf管,Tip頭等),都要新的,最後用重蒸水清洗,濕熱滅菌,置50℃溫箱中烘乾,使用前打開包裝,用鑷子夾取,不直接用手去拿,嚴防手上雜酶污染。

4.當樣品在37℃與65℃保溫時,要注意:

(l)防止因蓋子未蓋嚴密使水汽進入管內,使反應溶液體積大量增加,造成實驗失敗。

(2)防止由於標籤脫落,分不清樣品類型。

5.由於溫差原因,往往在蓋上有水汽,因此樣品酶切完畢或中間取樣電泳要離心2秒鐘,以集中體積內溶液,否則會發現酶切後體積少了。

試劑器材

1.試劑

(1)限制性內切酶:如EcoRI、HindⅢ、PstⅡ、BamH1等,-20℃貯存。

(2)樣品DNA:如λDNA、pBR322等,-20℃貯存。

(3)限制性內切酶緩衝浪配製,見下表(用消毒雙蒸水配製,貯存於-20。C);

(4)10×tbe電泳緩衝液:0.89mol/LTris;0.89mol/L硼酸;0.02mol/LEDTANa2pH8.0,高溫滅菌,貯存於4℃。(5)6×上樣緩衝液:0.25%溴酚藍;40%蔗糖;用消毒雙蒸水配製,貯存於4℃。

(6)溴化乙錠溶液:稱取溴化乙錠5mg溶解於lml消毒雙蒸水中,4℃避光保存。

(7)消毒雙蒸水。

2.器材

恆溫水溫箱;電泳儀;水平電泳糟;50μl可調移液器;紫外燈

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