概念
Cufflinks是加利福尼亞大學伯克利分校數學和計算機生物實驗室，由LiorPachter領導的StevenSalzberg’s團隊，和馬里蘭大學生物信息和計算機生物中心的Steven Salzberg小組，以及加州理工學院的Barbara Wold實驗室聯合作用的結果。
Cufflinks 利用TopHat比對的結果（alignments）來組裝轉錄本，估計這些轉錄本的豐度，並且檢測樣本間的差異表達及可變剪接。這個軟體其實是個套裝，包括四個部分分別命名為：cufflinks、cuffcompare、cuffmerge及cuffdiff。
流程
第一步，利用tophat/bowtie比對結果（bam格式）及參考基因組構建轉錄本，最終的轉錄本是以gtf格式保存的。
第二步，Cuffcompare主要是對兩個或多個轉錄本集合中轉錄本相似情況的比較，例如將第一步構建出的轉錄本與ENSEMBL資料庫中的轉錄本進行比較，評估轉錄本構建情況，此外，根據構建的轉錄本與已知ENSEMBL資料庫中的轉錄本的相對位置定義了一系列分類，例如內含子區域、反義、基因間區域轉錄本等等近10種分類。
第三步，cuffmerge是將多個轉錄本集合合併成一套轉錄本集合，例如將在多個組織樣本中構建的多套轉錄本合併成一套轉錄本，cuffmerge能夠很好地完成去除冗餘。
第四步，cuffdiff衡量兩個或多個樣本間差異表達的基因，例如癌症與正常組織間差異表達的轉錄本，此外還能衡量差異可變剪接體。
至此，轉錄本測序常規數據分析基本結束，接下來進行實驗驗證或深入數據分析。
版本
0.7.0發布 - 2009年9月26日這是第一個公開發行的Cufflinks，現在可供免費下載。這是一個測試版，在接下來的幾個星期又不斷續添加新的功能。2010年2月5日Cufflinks很高興的宣布0.8.0版本，介紹了一些強大的新功能，其中包括了一些性能改進和bug修復。同期，Cufflinks發布自然生物技術套用的文獻。從0.9到1.0，1.1,1.2，如今Cufflinks已經發布了2.0版。
