早期經歷
出身
黃乃裳 出生於福州府閩清縣六都湖峰村，家中世代務農，其父兼為木匠，家境貧寒。黃乃裳少年時半耕半讀，以奉養家庭。
皈依基督教
同治五年（1866年），基督教美以美會的薛承恩、謝錫恩、李承恩等牧師來閩清傳教，黃乃裳與他們研討教理，是年十一月，黃乃裳與其叔黃福居受薛承恩牧師洗禮，皈依了基督教。信教之初，黃乃裳等人受到了村民的排擠，但由於村人同屬於一個宗族，教徒們並沒有受到更大的傷害。後來，皈依者漸多。1867年冬，許揚美牧師被派到閩清傳道，將黃乃裳收為助手，授勸士職，並向他講授聖經。自此黃乃裳開始研修英文，接觸和學習西方文化知識。談到皈依基督教的原因，黃乃裳認為他因為信仰孔孟之道的人言行不一而感到困惑，而在基督教中才找到了勝諸罪惡的途徑。
供職美以美會
同治八年（1869年），黃乃裳母親去世，他一度哀傷成疾。這一年，黃乃裳考進為美以美年議會會員，派主福州東街福音堂傳教。1871年起，隨許揚美牧師在古田、尤溪、沙縣、順昌、洋口、延平等地傳教。1873年夏，黃乃裳與元配謝氏結婚，謝氏是侯官五都謝必福的長女，畢業於公理會保福山中女學校。是年秋，被推舉為美以美年議會書記，並連續5年擔任該職。
1871年，黃乃裳被保靈牧師（Rev. S. L. Baldwin）聘為文案，此後翻譯《美以美會綱例》，作《拜日學之庇哩亞問答》百餘冊，主辦《郇山使者》月報數十冊，同時也幫助薛承恩牧師翻譯《天文圖說》、《聖經圖說》和《衛斯理傳》，幫助武吉林牧師翻譯《丁大理傳》、《哥林多注》等書籍，並在業餘從事用福州語翻譯舊約但以理書的工作。
黃乃裳力倡建立福音、培元、英華3個教會書院。光緒七年（1881年），福州初設英華書院，面對教會中一部分傳教士的反對，黃乃裳和英華校長武林吉等人力挺在英華、福音、培元三校傳授英文和科學，並與二弟黃乃英等人參與授課。
投身科舉
在教會期間，黃乃裳有感於教會中缺乏有重大社會影響力的文人學士和上流社會人才，因此他決定走上傳統的科舉道路，通過科舉仕途來擴大基督教的影響。光緒三年（1877年），黃乃裳以第二名中了秀才。光緒甲申年（1884年），黃乃裳父親病故。光緒二十年（1894年），黃乃裳以第三十名中舉人。
百日維新前後
光緒二十年（1894年），中日甲午戰爭爆發。在黃海海戰中，黃乃裳的三弟，擔任致遠艦副管帶的黃乃模與鄧世昌一起殉國。黃乃裳深慨國家內憂外患，政治腐敗，社會墮落，於是棄八股而從新學。他在北京結交了康有為，並參與了公車上書運動。1896年，在福州創辦了福建最早的報紙《福報》，鼓吹維新。
光緒二十三年（1897年）入京會試，被選為拔貢。八次上書要求維新。戊戌變法開始以後，結交六君子，並向李鴻章、翁同和講述新學，與丁韙良、劉海瀾討論變法維新。變法失敗之後，遭清政府通緝，乘船赴上海避難，鏇即回閩。
墾殖南洋
戊戌變法失敗以後，黃乃裳回到福建。念及福建民生困難，他想到前往南洋尋覓可以移民墾殖的地點，一方面為窮困的同胞開闢生活的路徑，另一方面也為逃避慈禧的專制統治。
勘察訂約
1899年9月，黃乃裳舉家來到新加坡，並擔任《星報》主筆。在此期間，他到馬來亞、蘇門答臘、荷屬東印度群島等地勘察移民點。1900年4月，在女婿林文慶的介紹下，黃乃裳前往砂拉越的拉讓江流域考察。當時砂拉越地廣人稀，荒地眾多，因此拉者很希望華人來墾荒。古晉的閩南籍華人甲必丹王長水將黃乃裳引薦給砂拉越第二代拉者查爾斯·布魯克。1900年5月下旬，黃乃裳以港主的身份與查爾斯·布魯克訂立懇約，選定今日詩巫郊區新珠山為墾區。墾區在拉讓江兩岸，右起船溪美祿到羅馬灣，左起亞山港到開汊港為止。砂拉越政府負責貸款給移民。
開墾詩巫
第一批移民
1900年9月，黃乃裳與永福人力昌抵閩開始招工。黃在閩清、古田、閩侯等地招到五百餘人，而力昌在永福只招到數人。1900年12月23日，幫辦力昌與陳觀斗先行率領第一批移民91人由福州乘“豐美”號船動身前往詩巫。這91人都來自閩清、古田，男女老幼皆有，而且來自士農工商醫等各行各業。8日後船抵新加坡。翌年1月12日才接著前往詩巫，其間有部分人離開，因而1901年2月20日抵達詩巫新珠山的第一批福州籍移民一共為72人。
第二批移民
1901年2月7日，黃乃裳親自帶領第二批535名福州籍移民由福州起航，經廈門來到新加坡。在新加坡，移民誤信謠傳以為被“賣豬仔”，一度發生騷亂。黃乃裳矢誠誓言，並得美以美教會林稱美牧師前來安撫，騷動才得平息。1901年3月5日，移民們乘船離開新加坡，經古晉入拉讓江口，3月16日，船中的古田籍移民在黃師來（王士來）登入，閩清籍移民前往詩巫登入。
第三批移民
1902年1月，黃乃裳在閩侯、閩清、永泰、古田、屏南、福清等縣邑招到五百餘農工。黃乃裳租用一艘美國商船，率移民於1902年5月24日由福州啟程，經香港直達古晉，6月7日到達詩巫。至此黃乃裳召集的一共1118名福州墾荒者全部抵達，其中基督徒占到了三分之二。
墾場經營
黃乃裳將詩巫命名為“新福州”。為了經營墾場，黃乃裳前後兩次共向拉者借貸4萬元，建6間亞答厝於新珠山，作為農工的住處。新珠山早期名為“船溪買拉”（Sungei Merah），馬來語意即紅水河，因其水呈紅褐色。黃乃裳更其地名為新厝安（馬來語：Seduan），期望此地能順利開墾安家。
黃乃裳分給每個農工5英畝地來種植。初來乍到的福州人不習慣當地的氣候，多有染病，且要去摸索新的耕作技術，生活十分艱苦。
為方便民眾，黃乃裳在詩巫埠江邊建立店鋪，名為“新福州墾場公司”（也叫“新福州總公司”），僅出售米鹽糖布和鹹魚等，以福州農工為主顧。因墾場經營困難，黃乃裳在新珠山、上坡、下坡、黃師來、南村等各墾場收十分之一的捐來維持經營。在詩巫期間，黃乃裳倡建五所教堂，一所國小校。
1903年元宵，福州族群與後來遷入的廣府族群在舞龍舞獅活動中發生械鬥，經黃乃裳與廣東僑領鄧恭叔等排解才得平息。此後為避免械鬥，拉者令福州人往拉讓江詩巫以下發展，廣府人往詩巫以上發展。這種劃分規定直到1941年才被打破。
返鄉歸國
1904年6月，在開墾詩巫4年之後，黃乃裳將墾場的管理工作託付給美國牧師富雅各（Rev. James Mathews Hoover），悄然回國。
關於黃乃裳回國的原因，據他自己說，是因墾務已成，自己身體又欠佳，且欲回國參與革命事宜。而美以美教會的傳記中僅僅提到是因為受孫中山感召而欲回國宣傳革命。另一個重要原因在於墾場的經營不力，黃乃裳債務加重，向移民收捐來維持墾場運轉，引起拉者政府的不滿，最終迫使黃乃裳離開。劉子政在他的書中提到了當時墾區流傳著黃乃裳只抽古田人的捐而不收閩清人的捐等謠言；並且黃乃裳虧欠古田人劉鼎臣藥店錢款，被劉鼎臣控訴於拉者政府，導致拉者要求他或是償清債務，或是取消捐稅並離開砂拉越；另外一點就是拉者擔心黃乃裳的勢力過大，影響他的統治。而中國福州的地方志中將黃歸國的原因歸結為因黃乃裳拒絕在墾區賣鴉片、開賭場而觸怒沙撈越政府，被當局驅逐。
黃乃裳離開後，富雅各牧師繼續帶領福州移民墾殖，並引種橡膠，使得詩巫的經濟逐步繁榮起來。
歸國之初
光緒二十六年（1904年）7月，黃乃裳在經新加坡抵上海回國，在上海會見了旅滬閩籍學生以及宋教仁、蔡元培、馬相伯等人。1905年受聘主辦廈門《福建日日新聞》，因美國吞併菲律賓後嚴格限制閩人移民菲律賓，黃乃裳在報紙中抨擊了美國政府，導致報紙被罰停刊，復刊後更名為《福建日報》。
光緒三十二年（1906年）6月，黃乃裳在新加坡會見了孫中山並加入同盟會，此後他在國內外各地宣傳革命，抨擊康梁的保皇說。光緒三十三年（1907年）參與策劃了潮州黃岡起義，同年回到故鄉閩清創辦教育和實業。
君主立憲改革
宣統元年（1909年），清政府開始推行立憲，福建成立了福建省咨議局，黃乃裳被推舉為常駐議員，他也是當時咨議局議員中唯一一位同盟會會員。在咨議局，黃乃裳提交了大量詳細的議案，比如設立水上警察部隊、振興和管理福建的農業與林業、將福建劃為4個次級行政單位（原來的是9個）並分別創建農業學校、禁止種植鴉片等等。對於佃農向省咨議局提請的申訴，他站在佃農一邊與其他議員進行辯論。1910年，黃乃裳開始擔任福州基督教青年會會長。
中華民國創建
宣統三年（1911年），黃乃裳擔任英華、福音、培元三校教務長。2月，在福州主辦《左海公道報》。福州光復前夕的3月18日晚，他將學生集合於自己家中編為炸彈隊。3月19日福州光復，同孫道仁一起率橋南社黨部入城安民並組織臨時軍政府，黃乃裳任政務院副院長兼交通司司長。為解決臨時政府的財政困境，他以個人名義電請南洋華僑捐款。
辭去公職
在任上，黃乃裳致力于振興教育和實業，積極吸引僑商投資。因勞累過度，1912年以病辭職返鄉。關於黃乃裳辭職的另一說是，在1912年，福建省政府政務院院長湖南籍軍官彭壽松被指責打壓閩籍官員，以及策劃謀殺一名閩籍官員和一位在報紙上抨擊他的記者。黃乃裳不滿於彭壽松的暴虐，辭去公職，並積極幫助起訴彭壽松。但在壓力下，省法院判彭無罪，直到北京方面施加壓力以及彭壽松與湖南軍隊調離福建以後，省法院才宣判彭有罪。同年，他也辭去了福州基督教青年會會長之職。返鄉以後，黃乃裳在閩清興辦教育和水利。
受迫害入獄
1914年正月，袁世凱為迫害同盟會會員，指使閩清縣知事誣陷黃乃裳阻撓煙禁，並判其無期徒刑入獄。在海內外多方營救下，政府數月後釋放黃乃裳，福建省長汪聲玲也因處理失當而被撤職。
晚年活動
出獄後，黃乃裳致力於在閩清開鑿福斗圳用於農業灌溉，工程於1919年2月完工。1916年，他在福州創辦伸報。
1920年12月1日，孫中山在廣州重組軍政府，為福建軍閥李厚基所不容的黃乃裳離開福建，應邀出任元帥府高等顧問。1921年6月，因身體原因返閩休假。在福建期間，先後被林森和薩鎮冰聘為福建省長公署高等顧問。
1924年7月，黃乃裳因肝病回閩清休養。同年9月22日病逝於閩清城關梅城鎮。
個人作品
譯作
《美以美教會綱例》（同保靈牧師）
《天文圖說》、《聖經圖說》、《衛斯理傳》（同薛承恩牧師）
《丁大理傳》、《哥林多注》（同武林吉牧師）
《美國史略》（同蔚利高）
《舊約·但以理書》（福州語）
創作
《主日學之庇哩亞問答》
《福州音普通字教科書》
《革除纏足論》（同保靈牧師夫人）
《宗教觀》
《紱丞七十自序》
人物成就
中國革命
1894年起，黃乃裳先後參加了公車上書和戊戌變法運動。戊戌變法失敗後，“知非革命不足以救亡拯斃也”，遂轉向革命，結交孫中山並加入同盟會。福建咨議局成立以後，成為咨議局中第一位同盟會籍的常駐議員。辛亥革命中參與光復福州；中華民國成立後，則留於臨時軍政府中任職。1920年又進入孫中山的廣州軍政府協助工作。
教會工作
黃乃裳早年在美以美會中承擔傳教工作，1869年考進為美以美年議會會員，1874年被推舉為美以美年議會書記，並連續5年擔任該職。後來又到教會學校中傳授新知識。1910年，黃乃裳開始擔任福州基督教青年會會長，直至1913年冬辭職，其間領導籌建蒼霞洲福州基督教青年會會所。生平翻譯和寫作基督教作品多部。
社會公益
辦學
黃乃裳在美以美會中積極推動創建英華、福音、培元三所新學校及教授新知識。
移民
1900年，黃乃裳為解決福州農工民生問題，組織福州人向砂拉越詩巫大移民，在詩巫建立了新福州墾場，詩巫的福州族群繁衍壯大至今。
辦報
黃乃裳一生六次參與辦報，分別是《郇山使者》、《星洲星報》、《福建日日新聞》（《福建日報》）、《左海公道報》、《福報》、《伸報》。
水利
黃乃裳在政府中及卸任返鄉後，推動了教育、水利、實業等諸多公益事業。比如在閩清籌資修築了長達26里的“福斗圳”灌溉工程。
禁菸
宣統年間，萬國禁菸會會長丁義華來福建鼓吹禁菸，黃乃裳召集閩中基督徒輔助禁菸，並聯合全省教會領袖致信英王，要求杜絕鴉片出口中國，以保全中華民國與英國邦交。
還有說法認為黃乃裳離開詩巫與他拒絕在詩巫開放鴉片貿易有關。
閩語
黃乃裳早年業餘從事用福州語翻譯舊約但以理書的工作。後來還主編了《福州音普通字教科書》2冊，將《戚林八音》中的15標音，36字母和17個拉丁字母相結合，再用拉丁字母拼寫福州語。黃乃裳也能說閩南語。
遺蹟
海內
1949年5月18日，閩清各界公葬黃乃裳於六都湖峰。1979年12月，中國福建閩清縣坂東湖頭黃乃裳紀念館落成，翌年，黃乃裳銅像完工。1991年，黃乃裳、黃乃模兄弟陵園被福建省列為省級文物保護單位，並於2001年成為為愛國主義教育基地。1995年，閩清坂東鎮湖頭街被命名為“乃裳街”；是年，閩清縣城台山公園內的黃乃裳紀念館落成，並於翌年成為愛國主義教育基地。2005年2月18日，黃乃裳雕像在閩清坂東鎮湖頭村落成。1947年5月13日，福州市參議會將台江區幫洲的萬侯街改名為乃裳路，以紀念黃乃裳曾在該路上的閩清會館講學，文化大革命期間該路一度更名樹新路，中共十一屆三中全會後重新恢復為乃裳路。
海外
1958年，馬來西亞詩巫市命名一條新街為乃裳路。1961年3月16日，詩巫舉行墾場六十周年紀念大會，為港主黃乃裳紀念像揭幕。1967年，黃乃裳中學在詩巫創辦。2001年的3月16日，詩巫福州墾場百年紀念之時，黃乃裳紀念公園和黃乃裳紀念碑開園揭碑。
