早期經歷
馬經綸初入官場萬曆十七年（1589）考取進士，與河南睢州人袁可立同科。初任山東肥城知縣，將《仁贈編》（歷代先達治政言論集）帶至任所，作為治縣參考依據。下車伊始，即以召募代替徭役，以賦稅盈餘充作應繳稅糧，減輕當地百姓較多負擔。為加強防禦，指揮工匠民夫將土城改建為石城，修築堅固，竣工後請求朝廷減免應徵稅額甚多。又大力興辦教育，擇址創建“至道書院”，教授並考查士民。於二十三年（1595）升任監察御史。
就在他才上任之時，吏部尚書孫丕揚上奏明神宗，指斥浙江右參政丁此呂貪污放縱，而兵部戎政侍郎沈思孝上疏朝廷，陰謀予以解救。馬經綸堅持職守，不計己利，認為沈思孝包庇贓官，是罪魁禍首，立即向皇帝奏明，大意是容忍、辯解、包庇就是孕育禍胎，停止正人君子之禍就可以消滅宗廟社稷之禍。話很切直，多數官員給以肯定，所奏得以實行。
上書五策
馬經綸上述五策在東北建州女真部首領愛新覺羅努爾哈赤起兵統一族屬過程中，無時不威脅明廷安全，故明王朝在薊州駐防重兵，守衛京（北京）榆（山海關）一線，以防不虞。然而於女真部虎視眈眈之際，薊鎮防戍兵士發生騷亂，朝中大臣議論紛紛，並無良策。馬經綸即時上疏，大膽提出處置“五策”：將首惡斬首示眾、解散脅從、重新組編、給路費回鄉、徵用本地區民夫入伍；繼而起草奏摺，建議增強薊鎮邊防“五事”：裁撤庸碌無為的將領，選訓士卒，加強邊牆（長城）守備，去除軍事專權、拔除禍根。當時，明神宗以為兵部考察不當，波及諸臣，對言官惱怒，10日內貶斥監察御史34人，降級、革職者不等，中央與地方官員震驚恐懼。而馬經綸不顧個人安危與仕途風險，上疏直言抗爭，要神宗優待容讓言官，強調指出一味加罪言官是“損國體”、“累聖明”，“第一大虧損事”。神宗覽疏大怒，將他降三級，並調到地方任事。工科給事中林熙春等接連疏奏，為他抗辯道：經綸慷慨陳言，本該給以表彰，如今反責他“直言忤旨”，如此朝廷中阿諛奉承人將會越來越多。神宗更怒，再貶他為陝西米脂縣典史。後來，南京御史林培上疏評論朝政，以為馬經綸影響頗大，再被遷怒，他被削職為民。御史袁可立接連上疏營救，也被萬曆皇帝削職為民。李卓吾先生小友詹軫光贊之曰：“侍御立朝，直聲動天下，天下望而震焉！”
晚年經歷
馬經綸晚年馬經綸罷官家居十年，終日誦讀經書史籍，懷念己故清官諍友，曾遷葬工部左侍郎李欽，安葬老師李春雩、摯友李吉所與武含春等。又置立義地，葬埋窮人，而且每年要接濟貧士。三十年（1602），曾將好友李卓吾自河南接至自家別業蓮花寺，共同研究《易經》，終使李卓吾完成最後一部著作––––《九正易因》。李卓吾被捕入獄，他多方營救，死後又遵遺囑葬通州城北馬廠村西迎福寺側。還曾創立馬聞道書院，進行講學。
三十三年（1605），他病重在家，友人張祥來探視，他道：“學道有年，到此時才是學道。”於是正容端坐而卒，時年44歲。通州街巷聞他死訊，無不哭泣，肥城人也爭來弔喪。門人私謚他為“聞道先生”。天啟初期，朝廷恢復他的官職，並追贈他為太僕少卿，州人奉祀他在文廟鄉賢祠。
人物事跡
馬經綸仰慕進步思想家李贄(1527—1602年）的盛名，冒著風雪，長途跋涉三千里，至湖北黃柏山中，去救援李贄。此時的李贄，正受著麻城官府、道學家的嚴重迫害：給他扣上異端惑世、托講學宣淫的大帽子，將他所居房舍搗毀，從麻城驅逐出境，並拆掉他準備身後納骨之塔。李贄被迫亡命黃柏山中。其時已經七十五歲，衰老貧病，馬經綸當即決定將他帶到武昌去，後因故未去成，便“隨攜而北，以避楚難”。抵達通州後，馬經綸待李贄亦師亦友。李贄繼續寫作《易因》這本書，並與馬經綸共同讀《易》，“每卦千遍”。並常引蘇東坡的話，“經書不厭百回讀，熟讀深思子自知”。但不幸的是，一年後，李贄又大禍臨頭。萬曆三十年（1602年）二月，禮科都給事中張問達上疏劾李贄，極盡污衊之能事：
李贄壯歲為官，晚年削髮；近又刻《藏書》、《焚書》、《卓吾大德》等書，流行海內，惑亂人心。以呂不韋、李園為智謀，以李斯為才力，以馮道為吏隱，以卓文君為善擇佳偶……以孔子之是非為不足據，狂誕悖戾，未易枚舉，大都剌謬不經，不可不毀者也。尤可恨者，寄居麻城，肆行不簡，與無良輩游於庵，挾妓女，白晝同浴，勾引士人妻女入庵講法，至有攜衾枕而宿庵觀者，一境如狂。……至於明劫人財，強摟人婦，同於禽獸，而不之恤。……近聞贄且移至通州。通州離都下僅四十里，倘一入都門，招致盡惑，又為麻城之績（續）。望敕禮部檄行通州地方官，將李贄解發原籍治罪，仍檄行兩畿各省，將贄刊行諸書，並搜簡其家未刊者，盡行燒毀，毋令貽亂於後，世道行甚。
結果，萬曆皇帝朱翊鈞（1563—1620年）下令：“李贄敢猖（倡）亂道，惑世誣民，便令廠衛五城嚴拿治罪。其書籍已刊未刊者令所在官司，盡搜燒毀，不許存留。如有徒黨曲庇私藏，該科及各有司訪參奏束並治罪。”這樣，對李贄瘋狂的政治迫害便接踵而至。當逮逋李贄的錦衣衛成員到來時，正在病中的李贄急問馬經綸，他們是什麼人？馬經綸答道：“是錦衣衛的衛士到了。”李贄立刻明白是怎么回事，他不想連累好友馬經綸，強撐著爬起來，走了幾步，大聲說：“是為我也。為我取門片來！”遂躺在門片上，“快走！我是罪人，不宜留”。馬經綸甘冒極大的風險，要跟他一起走。李贄反對，說：“逐臣不入城，這是皇明祖制。而且您有老父親在，需要照顧。”馬經綸大義凜然地說：“朝廷以先生為妖人，那么我就是藏妖的人。要死就一起死，決不讓先生一個人去坐牢，我卻留在世上。”馬經綸陪同李贄進京。到了通州城外，京中一些勸告馬經綸不要隨李贄入京的好友紛紛而至，他家中的幾十個僕人，奉其老父之命，也哭著勸留。但馬經綸都不聽勸告，一路陪伴李贄入京。
李贄入獄後，馬經綸除千方百計設法照料他外，還上書有司，為他辯誣，指出“評史與論學不同，《藏書》品論人物，不過一史斷耳，即有偏僻，何妨折衷”。並替李贄申辯，“平生未嘗自立一門戶，自設一藩籬，自開一宗派，自創一科條，亦未嘗抗顏登壇，收一人為門弟子”。三月十五日，李贄在獄中用刀自刎，次日逝世。馬經綸此時剛好因家中有要事返回通州，聞訊後，痛悔不已地說：“吾護持不謹，以致於斯也。傷哉！”並失聲痛哭道：“天乎！先生妖人哉！有官棄官，有家棄家，有發棄發，其後一著書學究，其前一廉二千石也。”真是悲憤到了極點。馬經綸將李贄的遺骸葬於通縣北門外迎福寺側，並在他的墳上建造了浮屠。馬經綸對李贄救難、迎養、辯誣在前，歸葬於後，都是頂著巨大的政治壓力進行的，情義之重，堪稱義薄雲天。
《明史列傳第一百二十二 ·馬經綸 》：馬經綸，字主一，順天通州人。萬曆十七年進士。除肥城知縣，入為御史。二十三年冬，兵部考選軍政。帝謂中有副千戶者，不宜擅署四品職。責部臣徇私，兵科不糾發。降武選郎韓范、都給事中吳文梓雜職。鐫員外郎曾偉芳、主事江中信、程僖、陳楚產、給事中劉仕瞻三秩，調極邊。以御史區大倫、俞價、強思、給事中張同德言事常忤旨，亦鐫三秩。而五城御史夏之臣、朱鳳翔、塗喬遷、時偕行、楊述中籍中官客用家，不稱旨，並謫邊遠典史。又以客用貲財匿崇信伯費甲金家，刑部拷訊無實，謫郎中徐維濂於外。一時嚴旨頻下，且不得千戶主名，舉朝震駭。時東廠太監張誠失帝意。誠家奴錦衣副千戶霍文炳當遷指揮僉事，部臣先已奏請，而帝欲尋端罪言官，遂用是為罪。鏇移怒兩京科道，以為緘默，命掌印者盡鐫三秩。於是給事中耿隨龍、鄒廷彥、黎道昭、孫羽侯、黃運泰、毛一公，御史李宗延、顧際明、袁可立、綦才、吳禮嘉、王有功、李固本，南京給事中伍文煥、費必興、盧大中，御史柳佐、聶應科、李文熙等十九人俱調外，留者並停俸一年。又令吏部列上職名，再罷御史馮從吾、薛繼茂、王慎德、姚三讓四人。大學士趙志皋、陳於陛、沈一貫及九卿各疏爭，尚書石星請罷職以寬諸臣，皆不納。於陛又特疏申救。帝怒，命降諸人雜職，悉調邊方。尚書孫丕揚等以詔旨轉嚴，再疏乞宥。帝益怒，盡奪職為民。經綸憤甚，抗疏曰：頃屢奉嚴旨，斥逐南北言官。臣幸蒙恩，罰俸供職，今日乃臣諫諍之日矣。陛下數年以來，深居靜攝，君臣道否，中外俱抱隱憂。所恃言路諸臣，明目張胆為國家裁辨邪正，指斥奸雄。雖廟堂處分，未必盡協輿論，而縉紳公議，頗足維持世風，此高廟神靈實鑒佑之。所資台省耳目之用大矣，陛下何為一旦自塗其耳目邪？夫以兵部考察之故，而罪兵科是已。乃因而蔓及於他給事，又波連於諸御史。去者不明署其應得之罪，留者不明署其姑恕之由。雖聖意淵微，未易窺測，而道路傳說，嘖有煩言。陛下年來厭苦言官，動輒罪以瀆擾，今忽變而以箝口罪之。夫以無言罪言官，言官何辭。臣竊觀陛下所為罪言官者，猶淺之乎罪言官也。乃言官今日之箝口不言者，有五大罪焉。陛下不郊天有年矣，曾不能援故典排闥以諍，是陷陛下之不敬天者。罪一。陛下不享祖有年矣，曾不能開至誠牽裾以諍，是陷陛下之不敬祖者。罪二。陛下輟朝不御，停講不舉，言官言之而不能卒復之，是陷陛下不能如祖宗之勤政。罪三。陛下去邪不決，任賢不篤，言官言之而不能強得之，是陷陛下不能如祖宗之用人。罪四。陛下好貨成癖，御不少恩，肘腋之間，叢怨蓄變，言官俱慮之，而卒不能批鱗諫止，是陷陛下甘棄初政，而弗猶克終。罪五。言官負此大罪，陛下肯奮然勵精而以五罪罪之，豈不當哉！奈何責之箝口不言者，不於此而於彼也！日者廷臣交章論救，不惟不肯還職，而且落職為民。夫諸臣本出草莽，今還初服，亦復何憾。獨念朝廷之過舉不可遂，大臣之忠懇不可拂。陛下不聽閣疏之救，改降級而為雜職，則輔臣何顏？是自離其腹心也。不聽部疏之救，改雜職而為編氓，則九卿何顏？是自戕其股肱也。夫君臣一體，元首雖明，亦賴股肱腹心耳目之用。今乃自塞其耳目，自離其腹心，自戕其股肱，陛下將誰與共理天下事乎！夫人君受命於天，與人臣受命於君一也。言官本無大罪，一旦震怒，罪以失職，無一敢抗命者。既大失人心，必上拂天意。萬一上天震怒，以陛下之不郊不帝、不朝不講、不惜才、不賤貨，咎失人君之職，而赫然降非常之災，不知陛下爾時能抗天命否乎？臣不能抗君，君不能抗天，此理明甚，陛下獨不思自為社稷計乎？帝大怒，亦貶三秩，出之外。經綸既獲譴，工科都給事中海陽林熙春等上疏曰：“陛下怒言官緘默，斥逐三十餘人，臣等不勝悚懼。今御史經綸慷慨陳言，竊意必溫旨褒嘉，顧亦從貶斥。是以建言罪邪，抑以不言罪邪？臣等不能解也。前所罪者，既以不言之故，今所罪者又以敢言之故，令臣等安所適從哉？陛下誠以不言為溺職，則臣等不難進憂危之苦詞；誠以直言為忤旨，則臣等不難效喑默之成習。但恐廟堂之上，率諂佞取容，非君上之福也。臣等富貴榮辱之念豈與人殊，然寧為此不為彼者，毋亦沐二百餘年養士之恩，不負君父，且不負此生耳。陛下奈何深怒痛疾，而折辱至是哉！”帝益怒，謫熙春茶鹽判官，加貶經綸為典史。熙春遂引疾去。是日，御史定興鹿久徵等亦上疏，請與諸臣同罪，貶澤州判官。二疏列名凡數十人，悉奪俸。頃之，南京御史東莞林培疏陳時政。帝追怒經綸，竟斥為民。既歸，杜門卻掃凡十年。卒，門人私謚聞道先生。培由鄉舉為新化知縣。縣僻陋，廣置社學教之。民有死於盜者，不得。禱於神，隨蝴蝶所至獲盜，時驚為神。征授南京御史，劾罪誠意伯劉世延，置其爪牙於法。已，上書言徐維濂不當謫；陝西織花絨、購回青擾民，宜罷；湖廣以魚鮓、江南以織造並奪撫按官俸，蘇州通判至以織造故褫官，皆不可訓；並論及沈思孝等。帝怒，謫福建鹽運知事。告歸，卒。天啟初，復經綸官，贈太僕少卿。培贈光祿少卿，熙春亦還故職。屢遷大理卿，年老乞罷。時李宗延、柳佐輩鹹官於朝，頌其先朝建言事。詔加戶部右侍郎，致仕。
