參加革命
1944年9月2日，新疆北部尼勒克縣烏拉斯台地區人民為反抗國民黨統治，舉行武裝暴動。不久，這場暴動發展到伊犁、塔城、阿勒泰地區，亦稱“三區革命”。
1945年7月，在伊寧以暴動隊伍組成的游擊隊指揮部為基礎，成立新疆民族軍，剛剛出獄的馬爾果夫·伊斯哈科夫投身革命，參加了民族軍。
1951年1月，民族軍在伊寧改編為中國人民解放軍第5軍，馬爾果夫·伊斯哈科夫在第5軍任職，後任新疆軍區副參謀長，1955年授銜被授予少將軍銜，時年32歲， 成為我軍第一次授銜時 最年輕的開國將軍 。
煽動暴亂
1962年4月，新疆軍區副參謀長祖農·太也夫少將和馬爾果夫·伊斯哈科夫少將以深入牧區為名，走村串戶做了大量的煽動工作，加之一大批“克格勃”分子又以探親訪友，貿易談判為由滲入中國境內，大肆活動，釀成了“伊塔事件”。
伊寧、塔城、阿勒泰、博爾塔拉、伊犁的政府和軍營都遭到了衝擊和包圍，從阿爾泰、塔城、博爾塔拉到伊犁四個地區，二十幾個縣，在三千多公里的中蘇邊境上，幾個重要的邊境口岸，滾滾的人流如潮水般涌動了三天三夜。
白天蘇聯當局用巨大的廣播聲指示方向，夜間則打開探照燈，一道道光柱射入中國境內幾公里遠，在此後的幾個月里，中國共有邊民六萬七千餘人逃到了蘇聯，有兩個縣跑得還剩幾百人。
事件發生之後，祖農·太也夫和馬爾果夫·伊斯哈科夫寫了報告，要求到蘇聯去。毛澤東主席知道後說：“人家把手都伸到我們軍隊中來了，我看願意走的不要硬留，我就不相信那邊就是天堂，我也不相信他們這樣做就是馬克思列寧主義！”周恩來總理說：“還有一些人也要走，我看是不是讓賽福鼎·艾則孜同志去做一下工作？” “我看不必了，這件事不是一兩句話可以說清的，究竟誰是誰非，現在講不清楚，過20年，也許30年，大家會明白的。”毛澤東答道，“願意走，可以歡送嘛！”
和祖農·太也夫、馬爾果夫·伊斯哈科夫一塊要求去蘇聯的還有40多名校、尉級軍官（批准回國是在1961年，新疆軍事志中二人的任職也到1961年）。
伊里旦·伊斯哈科夫同志（艾斯海提同志的長子）編寫的《來自伏爾加河畔》一書對馬爾果夫·伊斯哈科夫後來的結局有過敘述。
蘇聯解體後，有3萬餘人聚集在了霍爾果斯口岸以西的潘非洛夫，打著標語，喊著他們是中國人，結果被武警戰士全部擋在了國門之外。過去的中國人以維吾爾族、哈薩克族、俄羅斯族、回族居多，漢族也有，但是相當少。他們主要是居住在阿拉木圖、比什凱克而且多數是農民。
