市售酚中含有醌等氧化物,這些產物可引起磷酸二酯鍵的斷裂及導致RNA和DNA的交聯,應在160℃用冷凝管進行重蒸。重蒸酚加入0.1%的8-羥基喹啉(作為抗氧化劑),並用等體積的0.5mol/L Tris·Cl (pH8.0)和0.1mol/L Tris·Cl(pH8.0)緩衝液反覆抽提使之飽和並使其pH值達到7.6以上,為Tris飽和酚(pH7.8左右)。
用於RNA提取時,則要製備酸性酚,也就是水飽和酚,因為在酸性條件下,RNA被分配於水相,而DNA在有機相,從而達到分離獲得RNA的目的。水飽和酚同時能使蛋白質變性、沉澱,從核酸提取液中將蛋白質分離除去。因此,pH值不同,套用不同,切不可弄混,以免造成實驗失敗。