到明代，醫案有了進一步的發展，出現了許多專門記載醫案的著述，如薛已的《薛氏醫案》；江罐的《名醫類案》等等。對於醫案的格式、內容也提出了進一步的確切要求。明代醫家韓矜就在他的《韓氏醫通》中明確指出，寫醫案要有一定的式樣。即：“某處有某人，某年、月、日填寫醫案一宗，按次填寫望形色、聞聲音、問情狀、切脈理、論病原、治方術”。他並把這種式樣稱之為“六法兼施”。由此可見，明代的醫案已在醫著中占有了一定的地位，且已把它作為一門學問來加以研究了。
隨著醫學的發展，對醫案的要求也更高了。清初，當時的名醫喻嘉言在他寫的《寓意草》一書中，對醫案的寫法就提得更加具體、完整，並把它叫做“議病式”。他的“議病式”中包括：“某年某月，某地某人，年紀若干。形之肥瘦長短若何，色之黑白枯潤若何，聲之清濁長短若何，人之形態苦樂若何。病始何日，初服何藥，次後再服何藥，某藥稍效，某藥不效。時下晝夜孰重，寒熱孰多，飲食喜惡多寡，二便滑澀無有。脈之三部九候，何候獨異，二十四脈中何脈獨見，何脈兼見。其痘或內傷，或外傷，或兼內外。依經斷為何病，其標本先後何在。汗吐下和寒溫補瀉何施，其藥宜用七方中何方，十劑中何劑，五氣中何氣，五味中何味。以何湯名為加減和合，其效驗在於何時。一一詳明，務令纖毫不爽。"喻嘉言的”議病式“的確是相當的完善了。裡面不僅記有病人的姓名、年齡、地址、就診日期、人的長短肥瘦、皮膚的情況、聲音的高低、情緒的變化、發病的時間等。還有發病後的情況，用藥後的病情變化，以及飲食、大小便、脈象等情況。然後根據中醫基本理論進行辨證施治，選方投藥。最後還提出應在什麼時候來檢驗治療效果。
清代的醫案，不僅在質量上超過了前代，而且數量之多及形式的多樣化也是前所未有的。諸如《臨證指南醫案》、《柳選四家醫案》、《張聿青醫案》、《王孟英醫案》……，真是不勝枚舉。但其中影響最大的，當首推江南名醫葉天士的《臨證指南醫案》。在這部醫案里，詳細記有葉天士治療各種疾病的近二千多個醫案。這些醫案中的分析，理論相當精闢，有時論理雖僅幾句，但往往能在全案中起到畫龍點睛的作用，使人閱後讚賞不已。立法處方方面既有一定法度，又能靈活變化，選藥恰到好處。現列舉葉天士治療慢性菌痢的一則醫案如下：“許，二四，痢疾一年，已浮腫溺澀，古稱久痢必傷腎。月前用理陰煎不應，詢及食粥吞酸，色瘁脈儒。中焦之陽日備，水谷之濕不運。仍辛溫以蘇脾陽，佐以分利，用胃苓湯去甘草加益智。”這則醫案，筆墨雖少，卻非常精闢。患者姓名、年齡、病程、前醫用藥後的病情變化，目前症狀、辨證施治、處方用藥以及論理，都講得一清二楚。因此曾有人讚譽葉天土的醫案說：“若要金針暗度，全仗葉案搜尋”。
葉天士的醫案固然寫得非常出色，但與現在的中醫醫案相比，不免為之遜色。它不僅保持了中醫傳統的辨證施治的特點，而且增加了現代醫學技術的診斷結果。這對促進中西醫的結合，加快醫學發展的步伐，無疑起了很好的作用。
醫案不單純是中醫治病的原始記錄。更為重要的是醫案中保存著大量祖國醫學治療疾病的豐富經驗，是祖國醫學的一份寶貴遺產。正是由於醫案的存在，才能使歷代行之有效的治療方法得以流傳至今。也正是由於這些醫案的存在，得使後世醫家從中受到啟發，開闊思路，總結提高。
