主要職責
阿拉善盟氣象局（二）組織制定氣象事業的發展戰略和長遠規劃，負責組織全盟國家和地方氣象現代化系統的建設和管理，負責全盟大中型氣象項目的統一布局、立項和調整方案的審核、審定，負責對氣象行業的巨觀管理。
（三）執行國家制定的氣象法規、氣象工作管理行政規章、技術規範和標準，對執行氣象法律、法規和氣象行政規章、技術規範和標準實施監督檢查，並依法依規仲裁。
（四）會同各旗、縣人民政府對旗縣以下氣象部門實施以部門為主的雙重領導、健全和完善雙重領導管理體制。
（五）統一管理全盟天氣預報警報、氣候公報和氣候影響評價的發布、參與同氣象有關的防災減災決策，組織對重大災害性天氣跨地區、跨部門的氣象服務聯防。歸口管理全盟人工影響局部天氣的工作和全盟避雷針監測。
（六）管理與指導全盟同國民經濟各部門、各行業對氣候資源的開發、利用和保護工作，管理對氣候和氣候變化的診斷、評價、監測、預測工作。對國家重點建設工程、重大區域性經濟開發項目和城鄉規劃中的氣象條件評價的論證和審查。
（七）負責全盟專業（專項）氣象服務和氣象適用技術、氣象技術裝備社會化服務的管理、指導與協調，推進氣象科技產業的發展，對氣象科技市場實施指導和服務。
（八）負責組織氣象科技領域重大科技研究課題的攻關和成果的推廣套用、規劃、指導、協調氣象教育工作。負責組織宣傳、普及氣象科學知識、提高全民氣象防災減災和氣候資源意識。
（九）統一領導、分級管理全盟氣象部門的計畫財務、基本建設、國有資產、科研教育、業務建設、技術裝備、機構編制、人事、勞動等工作，協助配合地方人民政府指導全盟氣象職工隊伍的思想政治工作和精神文明建設工作。
（十）承辦自治區氣象局和盟委、公署交辦的其他事項。
組織機構
在全盟27萬平方公里的土地上，分布著9個基層局站：
額濟納旗國家基準氣候站、巴彥諾爾公國家基準氣候站、阿拉善左旗氣象局、阿拉善右旗氣象局、吉蘭太氣象站、拐子湖氣象站、阿拉善經濟開發區氣象局、雅布賴氣象站、孿井灘農牧業氣象實驗站。
其中3個在旗縣所在地，其它在鄉鎮蘇木一級；國家基準氣候站2個，國家基本氣象站4個，國家一般氣象站2個，國家牧業氣象試驗站1個；一類艱苦站5個，二類艱苦站1個，三類艱苦站2個，占全區艱苦台站的10%。
另：
1、按承擔的氣象探測任務分類：
國家基準氣候站：額濟納旗國家基準氣候站、巴彥諾爾公國家基準氣候站。
國家基本氣象站：阿拉善左旗氣象局、阿拉善右旗氣象局、吉蘭太氣象站、拐子湖氣象站。
國家一般氣象站：阿拉善經濟開發區氣象局、雅布賴氣象站。
國家牧業氣象試驗站：孿井灘農牧業氣象實驗站。
2、按台站類別分類：
一類艱苦站：巴彥諾爾公國家基準氣候站、拐子湖氣象站、孿井灘農牧業氣象實驗站、雅布賴氣象站、阿拉善經濟開發區氣象局。
二類艱苦站：吉蘭太氣象站。
三類艱苦站：阿拉善右旗氣象局、額濟納旗國家基準氣候站。
阿拉善盟氣象局內設機構
阿拉善盟氣象局局機關：辦公室、人事監察科、業務管理科（法規科）、計畫財務科（核算中心）。
直屬事業單位：氣象台、科技服務中心（阿拉善盟人工影響天氣辦公室）、後勤服務中心、大氣探測中心。
