1906年（大清光緒三十二年，日本明治39年 ）9月1日，關東都督府於旅順成立，舊址位於旅順口區友好路59號。前關東總督大島義昌（日本語：おおしま よしまさ）任關東都督府都督，其職責為“掌握管轄關東州，保護管理南滿鐵路的有關事務”。關東都督處理外交事務時，受外務大臣的監督；處理軍政事務時，受陸軍大臣的監督；處理有關作戰事宜和軍隊教育問題時，分別受參謀總長和教育總監的監督。因此，關東都督府成立後，集軍政大權於一身的關東都督同外務省等各有關部門之間，因爭奪權勢而經常發生矛盾。
關東都督府成立以後，根據《關東都督府法》，建立了隸屬於關東都督府的關東州高等法院和地方法院。
關東都督府下設陸軍和民政兩部，陸軍部統率派駐在東北各地的日本軍隊，民政部掌管關東都督府轄區內除軍事事務以外的一切行政事務。
民政部統轄大連、金州、旅順3個民政署，以民政署長為行政區的地方行政長官。因金州行政區較大，金州民政署又細分為普蘭店、貔子窩2個民政支署。1908年10月，金州民政署降為民政支署，隸屬大連民政署。普蘭店、貔子窩民政支署降為出張所，隸屬金州民政支署。
1919年4月12日，日本政府以第94號敕令公布《關東廳官制》，成立關東廳（日本語：かんとうちょう）取代關東都督府，結束了10餘年的“半軍政統治”，開始了所謂“軍民分治。《關東廳官制》規定，關東廳轄區與關東都督府同，設關東長官1人，其職司為“管轄關東州及南滿洲的鐵道線路警務”，“監督南滿洲鐵道株式會社事務”。關東廳與關東都督府比較，職能相對縮小，相當乾關東都督府的民政部。?
