鐵路檢察機關的主要任務是在鐵路管轄範圍內獨立行使檢察權。具體職責為:
對以下案件行使偵查權:鐵路運輸系統國家工作人員的貪污、賄賂、挪用公款等職務犯罪案件;與鐵路人員共同犯罪的職務犯罪案件;其他危害鐵路資產安全、經營管理等秩序的職務犯罪案件;實行股份制的鐵路控股、參股的企事業單位鐵路委派人員的職務犯罪案件;鐵路運輸系統中國家機關工作人員瀆職犯罪和國家機關工作人員利用職權實施的非法拘禁、刑訊逼供、報復陷害、非法搜查、暴力取證、破壞選舉等侵權犯罪案件。同時還承擔在鐵路系統和鐵路重大工程建設項目中的職務犯罪預防工作。
對鐵路公安機關和鐵路檢察院偵查部門提請批准逮捕的案件審查決定是否逮捕,對提請延長偵查羈押期限的案件審查決定是否延長,對鐵路公安機關應當立案偵查而不立案偵查或不應當立案偵查而立案偵查及偵查活動是否合法實行監督。對鐵路公安機關和鐵路檢察院偵查部門移送起訴或不起訴的案件審查決定是否提起公訴或不起訴,出席法庭支持公訴,對鐵路法院審判活動實行監督,對確有錯誤的刑事判決裁定提出抗訴等。對當事人不服鐵路法院已經判決生效的民事判決、裁定依法實行監督,對確有錯誤的,依法提起抗訴。對刑事判決、裁定的執行和監管活動實行監督。
受理、接待報案、控告和舉報,接受犯罪人自首;受理不服鐵路檢察院不批准逮捕、不起訴、撤銷案件及其他處理決定的申訴;受理不服鐵路法院已經發生法律效力的刑事判決、裁定的申訴;受理鐵路檢察院負有賠償義務的刑事賠償案件等工作;參與社會治安綜合治理。