滅菌接種
採用常壓滅菌，水燒開後保持開鍋6—8小時，再悶一夜，待袋內料溫降至25°C以下時,在無菌條件下接種菌種接於袋兩頭。接種應在無菌條件或接近無菌狀態的房種進行，菌種應選用生活力旺盛、健壯、無雜菌污染的適期菌種。
發菌期管理
接種後將栽培袋放入乾淨的培養室內發菌培養，室內溫度保持22—25°C，正常情況下，接種後10—15天菌絲可伸入培養基20—25mm。如果發菌順利，接種後20—25天菌絲可覆蓋整個料面，此階段要求挑出雜菌，並將發菌袋未滿袋的菌袋排在一起繼續發菌。
搔菌及催蕾
發菌結束後要立即進行搔菌，把接下去的菌種塊挖掉, 使子實體從培養基表面一齊發生，如果培養基表面很乾，可以採用刮搔，既把老菌種種皮和5—10mm 培養基一起成塊刮掉,菌絲受搔菌的機械刺激和低溫刺激就可形成原基，要保持空氣濕度90%—95%和加強通風，可抑制搔菌後袋錶面形成的氣生菌絲形成, 有利於催蕾出菇。此期應保持空氣相對濕度的95%左右為宜，溫度控制在10—15%°C為好，用報紙覆蓋或蓋膜保濕，以誘發出菇，一周后，陸續長出尖狀菌蕾，蕾頭白色為正常。
均育和抑制
均育是利用抑制工藝的低溫，使抵抗力弱的原基不至於枯死，增加抵抗力，能均勻發育。均育要求溫度約8°C，空氣濕度85%—90%，一般2—3天。抑制是為了抑制先伸長的金針菇的生育,促進後長的金針菇的伸長，使所有的菌柄長度整齊一致，抑制始期以菌柄長1mm,菌蓋直徑為1.5mm為適，抑制期溫度保持在3—5°C,溫度為85%—90%， CO2濃度在0.1%以下，抑制期7天左右。還可採用降溫、降濕，通風措施,延緩子實體形成，使其同步進行，以利出菇整齊，成批菜菇。
生育階段的管理
當菌柄長0.5 到1.0cm時,增加光照，有增產和提高品質的作用。由於金針菇子實體具有很強的向光性，從菇體長2—3cm時開始套紙筒到收穫，用一定的光照可引誘導菌柄向光伸長，因此，在床架上方每隔3—5cm吊一個15W燈泡，產生垂直光，促進菌柄伸長。此階段以溫度8— 15°C,空氣相對濕度85%—90%，菇房中CO2含量保持0.10%—0.15%為宜,這樣可達到抑制菌蓋開傘，促進菌柄伸長的目的。約15天,菌蓋直徑可達1—2cm，菌柄長可達8—15cm，即可進行採收。
適期採收
當菌柄長13—14cm，整齊，菌蓋直徑1cm左右,邊緣內卷,沒有畸變，菌柄菌蓋不呈吸水狀，菌柄根根分清，又圓又粗，全體純白色，菇體結實，含水量不過多時為採收期。採收前幾天要檢查菌蓋含水量，如果含有很多水分，採收前兩天要通風，促進水分蒸發。採收後把菌柄基部和培養基連線的部分培養基及生長不良的菇剔除，按市場要求進行小包裝，或用聚乙烯薄膜袋抽氣密封，低溫保藏。二潮菇後，為提高產量和品質，可將菌柱脫出調頭袋裝，也可封閉原出菇袋口，打開另一頭出菇。
