醫院現有在職教授、副教授224人，有博士學位點25個，碩士學位點27個，並設有臨床醫學博士後流動站；有博士、碩士生導師100餘名，每年培養博士及碩士研究生150餘名。有一批國家“百千萬”人才計畫第一、二層次人選、國家傑出青年基金獲得者、國家有突出貢獻的中青年專家、國務院特殊津貼獲得者等知名專家。
醫院是國家藥物臨床試驗機構，下設9個專業組。重慶醫科大學病毒性肝炎研究所、重慶醫科大學超聲工程研究所、超聲影像學研究所、國家教育部與重慶市共建感染性疾病分子生物學重點實驗室設在本院。傳染病學為國家級重點學科，有婦產科學等12個重慶市重點學科、重慶市肝病治療研究中心等9個市級醫學中心。
近年來，醫院科研工作取得了長足進步，獲得國家自然科學“863計畫”、“973計畫”預研究和子課題等各級課題380餘項，共獲得科研經費3367萬元。獲國家技術發明二等獎、重慶市科技進步一等獎等科技獎68項。主辦了《中華肝臟病雜誌》、《臨床超聲醫學雜誌》及《肝博士》。
作為中國西部歷史最悠久的醫院之一，醫院正全力打造成為重慶CBD標誌性城市醫院，並正規劃建設江南國際醫院，向國內一流醫院的目標邁進。
歷史革沿：
1892年，美國基督教會馬加里醫生和一個倫敦布教會的醫生來到重慶，在重慶戴家巷建成一所教會醫院，10月2日正式收治病人。她擁有4幢建築，設病床30張，取名為“寬仁醫院”。為方便病人就醫，陸續在石板坡另設門診部，並在近郊開設3個診所。寬仁醫院一方面收治病人，一方面積極培養中國醫生，1897年首批3名醫學生畢業並舉行了畢業典禮，頒發畢業證書。1902年3月，寬仁女子醫院建成；1903年7月，寬仁男子醫院建成，寬仁男女醫院建成後，成為重慶綜合實力最強的醫院。1909年，馬加里醫生從美國休假回重慶，帶來藥劑師和男護士各1名，同時為醫院買來1艘機動船，1台蒸汽消毒機，1台發電機和1台抽水泵，併購置鍋爐1台，以保證病人用水、取暖、蒸飯、消毒和業務生活照明。這時醫院已初具規模，病床達200餘張，年門診病人2萬餘人次，年住院病人700餘人次。1910年馬加里醫生倡議成立重慶紅十字會，革命黨人楊滄白積極支持，1911年3月經清朝政府核准成立重慶紅十字分會。1911年秋，成都爆發推翻清王朝起義，迅速擴展到整個四川，女子醫院被關閉，男院爆滿。1916年劉伯承與王伯常、康雲程等組織成立了“四川護國軍第四支隊”並擔任軍事指揮。在攻打豐都的戰役中，年僅23歲的劉伯承身負重傷，失去了右眼。他來到寬仁醫院治療眼傷，為不影響大腦，他要求不使用麻醉劑，在3個多小時割除腐肉、理順血管的手術中，劉伯承端坐在椅子上，滿頭大汗，一聲不吭。這一壯舉，極大地鼓舞了所有醫護人員，被醫護人員稱為“軍神”。
1924年，寬仁醫院建立了護士學校，稱“私立寬仁高級護士培訓學校”，並在中華護理協會註冊，劉熾擔任第一任校長。1925年，美國人金初銳擔任醫院院長，他認為外國醫生不能長久在醫院工作，必須聘請中國醫生來管理，他先後聘請了北京、成都等地的中國醫生來院工作，並選派人員進修。著名的老一輩醫學專家如李之郁、賈志欽、李士希、熊學慧均是當時受聘的中國醫生。1932年，金初銳用給軍事要員、政府官員當家庭醫生和看病所得，加上美國人和地方捐款，為醫院購置第一台X光機投入臨床使用，此時國內X光機極其少見。到1936年，醫院年預算達10.5萬美元，年住院病人1360人次，門診5.2萬人次。1939年2月，陳獨秀因病到寬仁醫院住院時，周恩來、董必武與朱蘊山去醫院看望過他。1939年初，抗日戰爭打亂了醫院正常工作，醫院奉命疏散，戴家巷只留一支急救隊，約30張床。在陳家灣男子中學內設立一支手術隊，另在歌樂山上的吳家山設第三支醫療隊，這時中國人曾定夫為醫院院長，李之郁為院務主任和醫務主任。在抗戰期間，歌樂山上的醫療隊有150餘張病床，大部分病人在城內通過宋美齡贈送的救護車轉送到歌樂山治療。陳家灣的手術隊主要收治因日軍空襲致傷病員。抗戰結束後，搬遷重回戴家巷。在抗戰期間，寬仁醫院收治了大量傷員，其事跡被寫入眾多史書中，當時國民政府主席林森專門題寫了“寬仁醫院”院名。1948年，醫院重修門診部，並建立中心供應室、入院處、營養室。藥房已能自制無菌注射液，包括蒸餾水、葡萄糖鹽水等。
新中國成立之後，1950年7月，醫院改稱川東協辦寬仁醫院；1951年1月，稱為川東醫院，同年醫院設立中共黨支部。1953年1月更名為四川省川東人民醫院，直屬四川省衛生廳領導。
解放初期，在西南工作的鄧小平、胡耀邦、鄧穎超等領導多次來院治病和視察。
抗美援朝期間，醫院3次派出醫療隊赴朝鮮。1953年3月和7月，醫院組織醫護人員赴萬縣、璧山、自貢、瀘州、江津等地開展巡回醫療，救治了大批病人。1955年2月，醫院更名為重慶市第四人民醫院，並接收四川醫學院、貴陽醫學院等校學生實習。1962年8月，劃歸重慶醫學院管理，成為重慶醫學院附屬第二醫院。“文革”期間，醫療、教學、科研工作受到一定影響，1976年粉碎 “四人幫”後，醫院進行了全面整頓，工作秩序較快恢復。1985年醫院更名為重慶醫科大學附屬第二醫院，1993年醫院床位達500張，1994年評為國家三級甲等醫院。2008年，新住院、門診和醫技樓竣工後，醫院床位達到1300張，同年，擁有近千張床位的重慶醫科大學附屬第二醫院江南分院正式開工。
圖於劉伯承元帥