蛋白質分解菌
食品中由於細菌引起蛋白質的水解，可使食品產生各種異常氣味和風味的缺陷。常見的冷營腐敗菌，都是一些分解蛋白質能力很強的細菌，特別是當食品冷藏的時間很長，使這種細菌繁殖到很高的數量時，就會引起牛乳、肉類、家禽肉和海產品的變質。另一方面，有些細菌分解蛋白質的活性對於某些食品是很有用處的，例如它可以使乾酪成熟並使其結構成形和產生香味。關於蛋白質分解細菌的計數在評價冷藏乳品、肉類、家禽肉和水產品質量好壞的使用價值上是有不同意見的。
某些食品中所含蛋白質分解細菌數量的多少對冷藏期限的設計和對加工方法的評價也是有價值的。
分解蛋白質的細菌種類，在芽胞桿菌屬、梭菌屬、假單胞菌屬和變形桿菌屬中是常見的。
凡能使蛋白質水解和發酵產酸的細菌稱為酸性蛋白質分解菌，如糞鏈球菌液化變種( streptococcus faecalis var.liquefaciens)和溶乳酪微球菌( Micrococcus caseolyticus) 。
檢驗方法
牛乳瓊脂培養基
在不透明的脫脂牛乳瓊脂內酪蛋白的水解，常常被用來測定細菌對蛋白質的分解作用。由於蛋白質分解細菌可以使酪蛋白轉化為可溶性的含氮化合物，而使菌落周圍出現透明環。但是，在牛乳瓊脂平板上的透明環，亦可能是由於細菌對培養基內的碳水化合物發酵產酸所形成的。由於早期的蛋白分解在不透明的背境下不能被發現，因為在普通的牛乳瓊脂培養基上出現的透明環，只在酪蛋白比較完全分解的情況下才產生。
現在創用的一種改良的脫脂牛乳培養基是在標準方法瓊脂培養基中加入酪酸鈉(Sodium caseinate)、枸櫞酸三鈉和氯化鈣等成份而成。這種培養基的敏感性比較高，對於酪蛋白的早期水解亦能檢出，在透明的培養基內形成沉澱環(不溶性副酪蛋白)。這種培養基還有很好的緩衝作用，可以減少由於產酸而引起的假陽性環的發生。標準方法瓊脂培養基和酪酸鹽標準瓊脂培養基在生乳的細菌計數上沒有明顯的差異。後者還可以用來同時對細菌總數和蛋白質分解細菌數的測定。
明膠瓊脂培養基
有很多方法被用來檢出細菌對明膠的水解作用：如明膠液化(明膠穿刺)和在有或沒有化學的蛋白沉澱劑的瓊脂培養基內測定明膠的水解。Pitt和Dey二氏創用了一種不含蛋白沉澱劑的明膠瓊脂培養基以測定明膠液化酶。
軟瓊脂明膠覆蓋雙層培養基直接塗布平板法，可檢出弱的和強的蛋白質分解細菌。這種培養基的優點是：(1)蛋白分解酶通過軟瓊脂覆蓋層迅速擴散，產生大的透明環。(2)減少片狀菌落。(3)菌落的發育要比傾注平板快。如果要求做乳品或海產品的蛋白質分解菌計數，可在覆蓋層內加入脫脂乳或魚汁，不用化學沉澱劑，也能測出細菌分解蛋白質的作用。如果需要對菌落進一步的純化或鑑定，利用這個培養基也是有利的。
當培養基中含有一種或多種成份不適於測定細菌對蛋白質的水解作用時，這種雙層平板的方法也很適用。還有一種雙層平板。其下層為帶指示劑的牛乳瓊脂和上層為海產品瓊脂的平板，用來測定分解蛋白質的海洋細菌。用塗布平板的方法把樣品放在上層，測定蛋白質的分解作用時不需要加入化學沉澱劑。
醬醃菜在醃漬過程中的酸性蛋白質分解菌
腐敗細菌，其作用是分解蔬菜組織中蛋白質及其他含氮物質。凡能使蛋白質水解和發酵產酸的細菌稱為酸性蛋白質分解菌。這類菌污染醃製品產生腐敗時，生成吲哚、甲基吲哚、硫醇、硫化氫和胺，產生惡臭，有時還會生成一些有害物質。如胺可以和亞硝酸鹽生成致癌物質亞硝胺 。
