腐乳發酵固體培養
常用的固體培養基多用於擴大培養，以作成菌粉供生產接種用。一般用克氏瓶培養，取鮮豆腐渣與大米粉(或麵粉)混合(其配比為1：1)，裝入克氏瓶，其量不可過多，以20~30mm厚度為宜，可裝半斤左右，加棉塞、高壓滅菌1小時，冷至室溫接種，於20~25℃培養6~7天，風乾後，每瓶加4~5斤大米粉，混勻即成菌種粉。
毛坯生產
當白坯降溫至35℃即可進行接種，如為固體菌種粉可篩至碼好的白坯上，要求均勻，每面都應沾有菌粉。如為液態原菌，可採取噴霧法接種，或將白坯浸沾菌液。將原菌液加入4倍冷開水，兌成接種用菌液，一般盛在塘瓷盆中，用雙手抓起白坯浸沾菌液，沾勻菌液即刻離開菌液，以防水分浸入坯內，增大其含水量會影響毛霉的生長。噴霧法操作簡單，坯子吸水機會少，有利於原菌的生長，而不易做到六面都沾原菌。
接種好的白坯放在籠屜內，行間留間隔，以利通風調節溫度，碼好籠後，上下屜垛起，一般在最上層用布苫頂，以便保溫。
如用霉房保溫發霉，霉房溫度宜控制在20-25℃，最高28℃，乾濕差保持1°左右，夏季利用通風降溫設備進行降溫。為了調節各層籠屜中品溫均勻一致，進行倒籠、錯籠。一般在室溫25℃以下時，42小時倒一次籠，36-40小時倒第二次籠，這時菌絲生長旺盛，長度可達2~3分，如棉絮狀，在生長正常情況下，一般在84小時菌絲開始發黃，轉入衰老階段，這時即可錯籠，降溫，停止發霉。如室溫高，在30℃，要提前開始倒籠，各次倒籠時間都要提前，甚至要增加倒籠次數 。
發霉的時間由室溫及發霉程度決定，室溫在20℃以下，發霉需要72小時，20℃以上一般需48小時。夏季室溫較高時可能還短些，只要達到感觀質量要求，即應進行醃製，以防發霉過老，否則甚至會發生“臭籠現象”，即白坯發霉過度，黴菌生長旺盛，有不愉快的臭味。因此，發霉時間的長短應根據發霉時間來決定，一般生產臭豆腐時發霉要嫩些，當菌絲長好成白色棉絮狀時即可，這時毛霉的蛋白酶活性尚未達到最高峰，蛋白分解力尚低，這樣可以保證在後發酵時蛋白分解及發酵作用不致太旺盛，否則會導致豆腐破碎，甚至形狀完全破壞，成為醬狀。如果生產紅方，發霉的程度可以控制得老些，菌絲不但豐滿而且轉人灰櫥色時為適宜。
鹽坯的生產
鹽坯的生產包括搓毛、醃漬、後發酵等過程。
（1）搓毛
發霉好的毛坯要即刻進行搓毛，即將毛霉的菌絲用手搓倒，使其包住豆腐塊，成為外衣。同時要把毛霉間粘連的菌絲搓斷，分開豆腐坯。這一操作對成品塊狀外形有密切關係。
（2）醃漬
毛坯徑搓毛之後即行用鹽醃潰，將毛坯變成鹽坯。目的是脫除豆腐坯水分，以便後期發酵過程充分吸收副料的香味，使成品具有適當成味，並可防止菌類的繁殖。同時鹽可將結合於毛黴菌絲上的蛋白酶洗下，促進發酵作用。鹽漬前將搓過毛的毛坯豎立碼在鹽池內或缸內，夏季入池前要先將坯子攤子，散熱，否則坯子表面易於發黑變質。碼一層均勻地撒一層鹽，一般鹽量逐層加大，碼到池口5cm為止。最上層1~2厘米厚的鹽。鹽用量和醃漬時間因季韋而不同，春末、夏初、秋末每1000塊豆腐用鹽10-21.5斤，秋末、冬初和初春每1000塊豆腐用鹽11.3斤；臭豆腐坯子每1000塊豆腐用鹽7~8斤。春末、夏季、初秋一般醃4~5天，秋末、冬季、初春醃7天左右，當第一層豆腐坯子下面的鹽完全溶化時，即可打開池底通口，放出鹹湯。這些鹹湯可作洗罈子用，或作為臭豆腐後期發酵灌湯用。醃漬用鹽量不可過多，否則會使坯子發苦發脆；過少會使坯子脫水不夠，產品味道不足，也容易在發酵時滋長雜菌。
（3）後發酵
醃漬好的鹽湯放出後，取出鹽坯，要控一控，在木盒內過夜，裝壇時先將每塊坯子的各面沾上預先配好的湯料，如為紅方加紅曲，然後立著碼入壇內，灌入湯料沒過豆腐坯子約1.5-2厘米，如湯料少，沒不過豆腐塊就會生長各種雜菌如黴菌、酵母和細菌。再加上浮頭鹽(有頭不加)，封壇進行後發酵，即成待發酵的腐乳。青方腐乳裝壇時不灌湯料，每1000塊坯子加0.5兩花椒，再灌入鹽水(用豆腐黃漿水溶鹽或以醃製毛坯時流出的鹹湯)。生產紅方用的湯料配方多有不同，一般用紅曲，面醬混合後磨成糊狀，再加入黃酒，調成湯料。再加白酒，溶糖精，藥料，攪拌均勻即為紅方湯料。豆腐乳的發酵現用溫室保溫法和天然發酵法。
天然發酵法是利用氣溫較高季節的溫度使其發酵，常因地區氣溫而不同，北京地區多在四月到八月利用天然發酵，在南方地區則從二月到八月多採用天然發酵。豆腐乳封壇後就放在通風乾燥戶外，利用氣溫進行發酵，要避免雨淋和日光的曝曬，周期長的風味要好。紅方一般要經過3~5個月。例如北京地區四月份開始發酵的產品需要5個月，五月份開始發酵的需要4個月，六、七月份開始發酵的也要3個月，至於臭豆腐(青方)四月份發酵的要4個月，五月份發酵的要3個月，六、七月份的也要2個多月 。
配湯
紅方發酵正常與否與所用輔料的質量有關，其中黃酒質量最為重要，如黃酒質量不好，最易在發酵中變酸，發生產膜酵母，一般稱為“起花”；常見的有兩種顏色的菌膜；一為白色的，多為球形具有側生芽孢的酵母；一為粉紅色菌膜，多為檸檬形具有極生芽孢的酵母，黃酒變酸最易發生。產膜酵母滋長之後滋味變壞，甚至發生惡臭，所以很多廠自行生產黃酒，以保證產品質量。發生產膜酵母的補救辦法是將菌膜撈出，倒出湯，灌入新的黃酒沖洗，然後倒出黃酒，再加紅曲湯料和浮頭鹽密封。
灌加湯料時如加入質量好、發酵正常的發酵原湯，可以促其成熟，曾作試驗由原25~30天的發酵期縮短至10天。但應注意發酵原液的質量，如誤用“起花”或變酸的原湯會造成不應有的質量事故，這點是應特別注意的。
紹興腐乳分紅方、醉方、青方及棋方四種。醃漬前一階段除棋方外製造過程和方法都與前述大致相同，唯在壓榨和劃塊時腐乳坯的大小厚薄略有區別。醃漬時由於時間長短和鹽的用量不用，最重要的還是因配料不同，而有不同的品種名稱。
（1）紅方(太方和行大)。二者配料相同，都是紅方，唯腐乳塊有大小之分。太方醃漬時間10~20天，行大10~21天。裝壇前要麥曲(面醬)，黃酒和紅曲，經過8~10個月才能成熟。
（2）醉方。醃漬操作是將發霉完了的毛坯放入籮筐內撒鹽醃漬，鹽隨化隨淋，醃漬兩天后裝壇，灌入黃酒，酒液蓋沒腐乳塊為度，放置2~4個月即可成熟。
（3）青方。將毛坯裝進壇中，加鹽湯蓋沒，鹽湯濃度為1斤水5兩鹽(波美02~32。)或用醉方淋下鹽水，浸漬一星期後即成熟。
（4）棋方。不經過發霉的白坯切成棋子大小塊，放入開水中煮沸，白坯全部浮在水面上，用籮筐將它撈起，淋去水分，放冷後，白坯一斤用鹽6兩，醃10~31天，取出，淋丟鹽滷、再加麥曲(醬曲)和黃酒，經過夏天約10個月方成熟。
