德國海軍
戰爭起初德國海軍戰果頗多，擊沉不少同盟國商船，但因為希特勒對水面艦隊始終印象不佳，認為其建造緩慢且戰果小；而潛艇部隊建造速度快，還在法國陷落而取得西部港口後，對英國發動大規模的潛艇戰中取得一系列豐碩的戰果。德國海軍隨著戰事的進行，開始將戰力中心自水面艦移往潛艇部隊的“噸位戰”，而前者逐漸轉為存在艦隊的功能。德國海軍的潛艇數量在戰爭爆發時是當時世界海軍列強中最少者，但因為潛艇總司令卡爾·鄧尼茨以狼群戰術、先進的通信制度和戰略規劃而取得所有交戰國潛艇部隊里最大的戰績。到了1943年，德國潛艇在大西洋越來越力不從心，盟軍不但破解了密碼機和開發多種先進反潛武器，如更先進的聲納、雷達、深水炸彈，還投入了大量護衛航空母艦和反潛戰鬥群進行護航；同年5月，德國潛艇因為損失過高而放棄了狼群戰術，改採單艦巡弋。背景
蘇德戰爭開始後，1941年8月初，蘇聯最高統帥部。庫茲涅佐夫將一張特製的波羅的海地圖攤開在史達林面前。圖上，一條清晰的直線赫然畫在厄塞爾島與柏林之間。面對迷惑不解的史達林，他將自己的計畫和盤托出：使用海軍航空兵轟炸柏林！庫茲涅佐夫還沒說完，喜怒不形於色的史達林一臉驚訝：提出這一建議需要足夠的勇氣和膽識！庫茲涅佐夫當然也清楚，執行這樣的任務必須挑選最勇敢的飛行員，帶上足夠多的燃油，採取最有利的飛行高度，充分利用飛機的最大活動半徑，無論遇到什麼情況投彈後都要毫不遲疑地沿直線返航，否則就只能在敵領土降落……但是，一旦轟炸成功，其意義將不可估量。這樣的冒險，值！
在詳細聽取了庫茲涅佐夫的說明和論證之後，史達林銳利的目光掃視了這位年輕的海軍中將片刻，重重地點了點頭，囑咐說：“你要親自負責完成這個戰役！”
1941年8月7日夜。15架滿載油料和炸彈的飛機從厄塞爾島滑離跑道，直奔西南方向飛去。8日凌晨，第三帝國首都柏林沉浸在一片寂靜之中。被戈培爾的宣傳搞得暈頭暈腦的觀察哨值班員們，連做夢都沒有想過他們的頭頂上會出現蘇聯飛機，當他們喋喋不休地發出信號，詢問“你們是哪個部隊的飛機？”“飛到哪裡去？”時，15個“不速之客”已飛抵柏林市中心上空，將7500公斤炸彈投向了目標，隨即掉頭便走。返航途中，興奮的飛行員們已完全把敵人漫天搜尋的探照燈，四處飛舞的高射炮彈拋在腦後。
首次轟炸柏林成功。接著又是9次行動。正為戰場上的勝利而興奮不已的希特勒遭此打擊，發出了野獸般的嚎叫：“必須消滅蘇聯海軍！占領蘇聯所有海軍基地！”
防禦階段
蘇聯海軍沒有被消滅。北方、黑海、太平洋艦隊仍在繼續作戰，波羅的海艦隊則撤往喀琅施塔得。波羅的海艦隊只控制著列寧格勒沿岸的狹小海域。9月，庫茲涅佐夫來到列寧格勒看望艦隊官兵。此後，該艦隊的岸炮、艦炮、水兵都一起投入列寧格勒保衛戰。1941年10月5日，庫茲涅佐夫忍痛簽署解散經過英勇作戰而損失嚴重的平斯克區艦隊的命令。衛國戰爭使蘇聯海軍的作戰組織形式得到發展。作為海軍總司令，庫茲涅佐夫向最高統帥部提出堅守敖德薩的建議，組成“敖德薩防禦地域”。陸海空軍部隊在敖德薩堅守72天，10月中旬才撤退。接著，塞瓦斯托波爾防禦地域組成。史達林和庫茨涅佐夫簽署了保衛該城的訓令。根據海軍總司令的建議，黑海艦隊司令菲利普·謝爾蓋耶維奇·奧克佳布里斯基被任命為指揮官，負責指揮該地域內的陸海空軍，保衛塞瓦斯托波爾也成為整個黑海艦隊的事業。
庫茲涅佐夫的海軍人民委員部奉命撤出莫斯科，只留下最需要的人員。1941年10月18日 ，國防委員會決定組建25個海軍步兵旅。庫茲涅佐夫下令各艦隊抽調4萬人作為骨幹。12個海軍步兵旅、團迅即成為保衛莫斯科的重要力量之一。1942年春天，海軍陸戰隊正式成為蘇聯海軍的組成部分。
戰爭的第二年，戰局對蘇軍仍十分嚴峻。在北方，北方艦隊承擔著護運盟國艦隊的任務，經常與德國艦隊發生激戰。波羅的海艦隊在列寧格勒附近仍處於膠著狀態。在南方，塞瓦斯托波爾最終失守，但黑海的制海權仍掌握在黑海艦隊的手中。
反攻階段
1943年，蘇軍在史達林格勒取得轉折性的勝利，蘇聯海軍的任務也發生了變化。庫茲涅佐夫下令黑海艦隊打擊敵軍的交通線，保障蘇軍海上運輸。這年春天，庫茲涅佐夫兩次來到黑海，為反攻選擇適當的登入場。8月中旬，庫茲涅佐夫受史達林委派再次來到黑海考察，選擇新羅西斯克作為登入場。9月9日，登入成功。10月20日，庫茲涅佐夫受命來到黑海，組織海軍參加解放克里米亞的戰鬥。11月，刻赤解放。在戰爭爆發的兩年半中，蘇聯海軍又重新建立亞速海、奧涅加等7個區艦隊。海軍航空兵也做了改編：取消混編航空兵旅，組建殲擊航空兵師、轟炸航空兵師、強擊航空兵師和水（魚）雷航空兵師。這些措施提高了蘇聯海軍的戰鬥力，為粉碎敵人進攻做出了貢獻。
1944年初，德軍對列寧格勒的包圍被打破。為了鼓勵海軍將士，在庫茲涅佐夫的主持下，海軍人民委員部設立烏沙科夫勳章、納希莫夫勳章和獎章。此舉得到最高蘇維埃的批准。解放克里米亞的戰役於1944年4月8日開始。5月12日，塞瓦斯托波爾為蘇軍收復。庫茲涅佐夫再次來到黑海，檢閱了黑海艦隊。此時，蘇軍早已衝出國境，盟軍第二戰場也已開闢。卡累利阿被占領，蘇聯海軍也在乘勝前進。
